MES-MM 98与REN间皮瘤细胞系miR-24-3p表达调控的RNA-seq分析
数据覆盖间皮瘤细胞系的转录组表达变化,可用于研究miR-24-3p调控下的差异表达基因及相关分子机制(来源 ebi.ac.uk)

基本信息
资源简介
MES-MM 98与REN间皮瘤细胞系miR-24-3p表达调控的RNA-seq分析
E-MTAB-7079 是一项针对人间皮瘤细胞系的 RNA-seq 转录组研究,聚焦于 miR-24-3p 表达调控所引发的基因表达变化。该数据集以 MES-MM 98 和 REN 两株间皮瘤细胞系为研究对象,通过高通量测序手段获取差异表达信息,属于 Expression Atlas 中的 Differential 类实验。整体而言,该数据为探索 miR-24-3p 在间皮瘤中的调控作用及下游分子机制提供了转录层面的实验依据,适合用于差异表达基因识别、miRNA 功能研究以及间皮瘤相关分子通路分析等方向。
【数据集背景】
间皮瘤是一种起源于间皮组织的肿瘤,其分子层面的调控机制是肿瘤研究关注的内容之一。微小 RNA(miRNA)作为基因表达的重要调控因子,能够通过转录后调控影响靶基因的表达水平。miR-24-3p 是本研究关注的核心调控分子,该数据集正是围绕这一 miRNA 在间皮瘤细胞系中的表达调控效应而设计,旨在从转录组层面观察其扰动后细胞基因表达谱的变化。
【数据内容】
该数据集为 RNA-seq 分析数据,研究对象为 MES-MM 98 与 REN 两株间皮瘤细胞系,实验条件涉及对 miR-24-3p 表达的调控。数据以差异表达(Differential)为主题标签,反映的是在 miR-24-3p 表达被调节后,细胞转录组中基因表达水平的变化情况。数据物种为人(Homo sapiens)。除上述信息外,样本数量、测序深度、差异基因数目等具体指标源站未提供。
【采集与来源】
该数据集来源于 EBI(ebi.ac.uk),属于 Expression Atlas 中的实验数据,实验类型标注为 Differential。其源站描述明确指向对 MES-MM 98 和 REN 间皮瘤细胞系在 miR-24-3p 表达调控条件下的 RNA-seq 分析。数据归类于肿瘤 / 间皮瘤方向。关于具体的建库方法、测序平台、试剂与处理流程等实验细节,源站未提供。
【适用场景】
基于其研究设计,该数据可用于间皮瘤细胞系中 miR-24-3p 调控相关的差异表达基因分析,帮助研究者识别受该 miRNA 影响的候选靶基因与表达变化模式;也可用于 miRNA 功能研究、间皮瘤分子机制探索以及与其他转录组数据的比较分析。由于数据涉及两株细胞系,亦可用于观察不同细胞系背景下的表达响应差异。具体分析用途需结合研究者自身问题确定。
【使用方法】
该数据为 Expression Atlas 实验数据,通常可通过来源站点获取并用于差异表达分析流程。使用者可依据实验分组信息对 miR-24-3p 调控组与对照条件进行比较,识别差异表达基因,并结合功能富集等通用分析方法进行下游解读。关于数据文件格式、下载方式与具体处理参数,源站未提供。
【质量与限制】
该数据集来源于 EBI Expression Atlas,具备明确的实验类型与物种信息。其局限在于:数据仅覆盖 MES-MM 98 与 REN 两株细胞系,结论外推至其他细胞系或临床样本需谨慎;关于重复数、测序质量指标、归一化方法及统计阈值等信息源站未提供,使用时应结合原始数据自行评估。
【引用与许可】
该数据集来自 ebi.ac.uk,引用方式与许可条款源站未提供,使用前应查阅来源站点的相关说明并遵循其要求。
下载信息
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使用方式
数据集获取
源站:https://ebi.ac.uk/gxa/experiments/E-MTAB-7079
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- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
Expression Atlas experiment (Differential). Species: Homo sapiens. RNA-seq analysis of MES-MM 98 and REN mesothelioma cell lines modulated for miR-24-3p expression
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