SK-Mel-28、UACC-62和HCT-116细胞稳定表达乱序shRNA和RAB7 shRNA的全基因组转录组分析
该数据集来自EBI Expression Atlas，属于肿瘤/黑色素瘤分类下的差异表达实验。可用于研究RAB7基因敲低对黑色素瘤及结直肠癌细胞基因表达的影响，支持差异表达分析和相关生物学机制探索（来源 ebi.ac.uk）
基本信息
资源简介
SK-Mel-28、UACC-62和HCT-116细胞稳定表达乱序shRNA和RAB7 shRNA的全基因组转录组分析
E-GEOD-42735 是一项全基因组转录组分析实验，研究对象为稳定表达乱序 shRNA 与 RAB7 shRNA 的 SK-Mel-28、UACC-62 和 HCT-116 细胞。该数据集收录于 EBI Expression Atlas，属于差异表达实验，物种为 Homo sapiens，在本站归入肿瘤 / 黑色素瘤分类。其核心价值在于通过比较 RAB7 基因敲低与对照条件下的基因表达谱，为研究 RAB7 在黑色素瘤及结直肠癌细胞中的表达调控作用提供转录组层面的数据支持，可用于差异表达分析和相关生物学机制的探索。
【数据集背景】
该数据集来源于 ebi.ac.uk，是 Expression Atlas 中的一项差异表达实验。Expression Atlas 是面向基因表达研究的公共资源，汇集了多种物种和实验条件下的表达数据，并提供差异表达分析结果。本实验聚焦于 RAB7 基因的敲低效应，选择 SK-Mel-28、UACC-62 和 HCT-116 三种细胞系作为研究对象。其中 SK-Mel-28 和 UACC-62 属于黑色素瘤细胞系，HCT-116 属于结直肠癌细胞系，因此该数据集在肿瘤 / 黑色素瘤分类下具有明确的研究背景。实验通过稳定表达乱序 shRNA 作为对照，与稳定表达 RAB7 shRNA 的实验组进行对比，从而在全基因组范围内评估 RAB7 敲低对转录组的影响。
【数据内容】
该数据集的内容为全基因组转录组表达谱，覆盖 SK-Mel-28、UACC-62 和 HCT-116 三种细胞系。实验条件包括稳定表达乱序 shRNA 的对照组和稳定表达 RAB7 shRNA 的敲低组。数据类型属于差异表达实验，主题标签为 Differential。数据集英文名称为 E-GEOD-42735: Genome-wide transcriptome profiling of SK-Mel-28, UACC-62 and HCT-116 cells stably expressing scrambled shRNA and RAB7 shRNA。源站描述表明，该实验旨在对上述细胞系在两种 shRNA 条件下的全基因组转录组进行 profiling。关于具体的基因数量、差异表达基因列表、表达量数值、统计学显著性指标等详细信息，源站未提供。
【采集与来源】
该数据集的来源站为 ebi.ac.uk，属于 EBI Expression Atlas 实验数据。物种为 Homo sapiens。实验涉及三种细胞系：SK-Mel-28、UACC-62 和 HCT-116。实验处理为稳定表达乱序 shRNA 和 RAB7 shRNA。关于样本采集的具体时间、地点、实验操作流程、测序平台、文库构建方法、重复数量等实验细节，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于研究 RAB7 基因敲低对黑色素瘤及结直肠癌细胞基因表达的影响。由于包含 SK-Mel-28、UACC-62 两种黑色素瘤细胞系和 HCT-116 结直肠癌细胞系，可用于比较 RAB7 敲低在不同肿瘤细胞背景下的转录组响应。该数据集支持差异表达分析，可用于探索 RAB7 相关的生物学机制。此外，作为 Expression Atlas 中的差异表达实验，它可用于基因表达数据的二次分析、跨数据集比较以及候选基因筛选等场景。关于具体的适用疾病类型、通路分析或临床相关性，源站未提供。
【使用方法】
该数据集可通过 ebi.ac.uk 来源站获取。作为 Expression Atlas 实验，用户可按照该平台的标准流程访问和下载数据。使用时可基于差异表达实验结果，比较乱序 shRNA 对照组与 RAB7 shRNA 敲低组之间的基因表达变化。关于具体的数据格式、下载方式、分析工具、参数设置等，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集来自 EBI Expression Atlas，属于公共表达数据资源。其物种为 Homo sapiens，实验类型为差异表达。关于样本量、重复数、测序深度、数据完整性、批次效应、标准化方法等质量相关信息，源站未提供。使用时应参考源站提供的原始描述和平台文档。该数据集仅涵盖 SK-Mel-28、UACC-62 和 HCT-116 三种细胞系，关于其结论能否推广至其他细胞系或体内模型，源站未提供。
【引用与许可】
该数据集的来源站为 ebi.ac.uk，属于 EBI Expression Atlas 实验。关于具体的引用文献、作者列表、发表期刊、许可协议、使用条款等信息，源站未提供。使用该数据集时，应遵循来源站的相关规定并引用原始出处。
下载信息
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提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
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使用方式
数据集获取
源站：https://ebi.ac.uk/gxa/experiments/E-GEOD-42735
标准获取流程：
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- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
Expression Atlas experiment (Differential). Species: Homo sapiens. Genome-wide transcriptome profiling of SK-Mel-28, UACC-62 and HCT-116 cells stably expressing scrambled shRNA and RAB7 shRNA
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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