林奇综合征错配修复缺陷新抗原数据集
包含林奇综合征患者结直肠癌和癌前病变的转录组数据，用于错配修复缺陷肿瘤新抗原和免疫浸润研究。由The University of Texas MD Anderson Cancer Center提供，来自GEO，数据格式为表格，包含34条数据记录，适用于分类任务。
基本信息
资源简介
林奇综合征错配修复缺陷新抗原数据集
【数据集背景】
本数据集源站标题为《Identification and Validation of Frameshift Neoantigens for Mismatch-Repair Deficient Lynch Syndrome》。源站首次发布：Feb 07 202。
【数据内容】
源站原始描述：Lynch syndrome (LS) patients develop DNA mismatch repair deficient tumors which generate high loads of neoantigens (neoAgs), thus constituting a well-defined population that can benefit from cancer immune-interception strategies, including neoantigen-based vaccines. Using paired whole-exome sequencing and mRNAseq of colorectal cancers (CRC) (n=13) and pre-cancers (n=61) from our LS patient cohort (N=46), we performed in-silico prediction and immunogenicity ranking of highly recurrent frameshift-…
【数据结构与技术规格】
文件数 1 个。
【主题与分类】
主题标签：Expression profiling by high throughput sequencing、GPL24676、9606。
【适用方向】
结构化表格数据可直接用于统计建模、特征工程与队列分析。
【获取与许可】
源站页面：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE224707
【使用注意】
· 源站最后修改于 Mar 25 202，引用时请注意版本时效。
下载信息
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使用方式
数据集获取
源站：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE224707
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据集大小约 0.01 GB。
数据说明
包含林奇综合征患者结直肠癌和癌前病变的转录组数据，用于错配修复缺陷肿瘤新抗原和免疫浸润研究。
数据加载示例（表格/文本类）
import pandas as pd, glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.csv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tsv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.xlsx"), recursive=True))
print("数据文件:", files)
df = pd.read_csv(files[0])
print(df.shape); print(df.columns.tolist()); print(df.head(3))
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