表达EBV EBER1的转基因小鼠淋巴增生与淋巴瘤数据集

该数据集来自 plos.figshare.com,配套论文发表于 PLoS ONE(2010 年),围绕表达 Epstein-Barr 病毒小非编码 RNA EBER1 的转基因小鼠模型,包含 9 个补充文件(图与表),涉及淋巴增生及 B 细胞恶性肿瘤的表型观察

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2023-06-01 更新
浏览 3
基因组分类lymphoidhyperplasialymphomatransgenicmiceexpressingnon-codingeber1epstein-barr
Lymphoid Hyperplasia and Lymphoma in Transgenic Mice Expressing the Small Non-Coding RNA, EBER1 of Epstein-Barr Virus

基本信息

模态
基因组
大小
0.002214293 GB
任务类型
分类
许可
CC BY 4.0
创建/更新时间
2023-06-01
版本
v1

资源简介

表达EBV EBER1的转基因小鼠淋巴增生与淋巴瘤数据集

Lymphoid Hyperplasia and Lymphoma in Transgenic Mice Expressing the Small Non-Coding RNA, EBER1 of Epstein-Barr Virus

该数据集来自 plos.figshare.com,配套论文发表于 PLoS ONE(2010 年),围绕表达 Epstein-Barr 病毒小非编码 RNA EBER1 的转基因小鼠模型,包含 9 个补充文件(图与表),涉及淋巴增生及 B 细胞恶性肿瘤的表型观察。数据覆盖淋巴瘤相关实验材料,可用于研究 EBER1 在病毒致病机制中的作用及淋巴增生向恶性转化过程(来源 figshare,CC BY 4.0 许可)。

【数据集背景】

配套论文《Lymphoid Hyperplasia and Lymphoma in Transgenic Mice Expressing the Small Non-Coding RNA, EBER1 of Epstein-Barr Virus》发表于 PLoS ONE(2010),DOI:10.1371/journal.pone.0009092。源站首次发布:2010-02-08。

【数据内容】

源站描述(机器翻译,仅供参考):背景 非编码 RNA 在多种生物过程中具有关键功能,尤其是在基因调控方面。病毒与其宿主细胞一样,利用这类功能性 RNA,与人类癌症相关的 Epstein-Barr 病毒(EBV)也不例外。几乎所有 EBV 相关肿瘤都表达 EBV 小非编码 RNA(EBERs)1 和 2,但它们在病毒致病机制中的作用仍很大程度上不清楚。方法/主要发现 为了研究 EBER1 在体内的作用,我们利用小鼠免疫球蛋白重链内含子增强子 Eμ,构建了十个在淋巴区室表达 EBER1 的转基因小鼠品系。其中若干 EμEBER1 品系的小鼠发生了淋巴增生,部分病例进展为 B 细胞恶性肿瘤。该转基因表型的标志是脾脏和肠系膜淋巴结增大,部分病例中胸腺、肝脏也增大。

【数据结构与技术规格】

文件数 9 个,合计 2.21 MB。数据集 DOI:10.1371/journal.pone.0009092。

【主题与分类】

源站学科分类:Medicine、Genetics、Cancer。主题标签:lymphoid、hyperplasia、lymphoma、transgenic、mice、expressing、non-coding、eber1、epstein-barr。本站分类:肿瘤/淋巴瘤。

【适用方向】

源站学科分类标注为 Medicine、Genetics、Cancer。

【获取与许可】

源站页面:https://plos.figshare.com/articles/dataset/Lymphoid_Hyperplasia_and_Lymphoma_in_Transgenic_Mice_Expressing_the_Small_Non_Coding_RNA_EBER1_of_Epstein_Barr_Virus/144684

使用许可:CC BY 4.0(https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/)。

规范引用:E. Repellin, Claire; M. Tsimbouri, Penelope; W. Philbey, Adrian; B. Wilson, Joanna (2016). Lymphoid Hyperplasia and Lymphoma in Transgenic Mice Expressing the Small Non-Coding RNA, EBER1 of Epstein-Barr Virus. PLOS ONE. Dataset

【使用注意】

· 源站最后修改于 2023-06-01,引用时请注意版本时效。

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文件清单

  • Figure_S1.ppt(226.82 KB)
  • Figure_S2.ppt(1.49 MB)
  • Figure_S3.ppt(121.86 KB)
  • Figure_S4.ppt(150.53 KB)
  • Table_S1.ppt(26.62 KB)
  • Table_S2.pdf(47.40 KB)
  • Table_S3.pdf(67.19 KB)
  • Table_S4.ppt(46.08 KB)
  • Table_S5.ppt(33.28 KB)

文件总体积 2.21 MB(源站 API 实测)。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

数据说明

背景
非编码RNA在多种生物过程中具有关键功能,尤其是在基因调控方面。病毒如同其宿主细胞一样,利用这类功能性RNA,而与人类癌症相关的人类疱疹病毒4型(EBV)也不例外。几乎所有EBV相关肿瘤均表达EBV小非编码RNA(EBERs)1和2,然而它们在病毒发病机制中的作用仍 largely 不清楚。

方法/主要发现
为研究EBER1在体内的作用,我们利用小鼠免疫球蛋白重链内含子增强子Eμ,构建了十个在淋巴区室表达EBER1的转基因小鼠品系。其中几个EμEBER1品系的小鼠出现了淋巴组织增生,部分病例进展为B细胞恶性肿瘤。转基因表型的标志是脾脏和肠系膜淋巴结肿大,部分病例还出现胸腺、肝脏和外周淋巴结肿大。这些肿瘤被证实起源于B细胞,并显示出克隆性IgH重排。

为探究EBER1是否与c-Myc(在伯基特淋巴瘤中失调)协同加速淋巴瘤发生,我们采用EμEBER1与EμMyc小鼠进行了杂交育种研究。虽然在双转基因小鼠中未观察到淋巴瘤发病潜伏期的显著缩短,但在部分EμEBER1单转基因肿瘤中检测到了c-Myc的诱导,提示存在功能性协同作用。结论/意义
本研究首次描述了聚合酶III非编码病毒基因的体内表达,并证明了其致癌潜力。数据表明,EBER1在EBV相关恶性疾病中发挥致癌作用。

许可

CC BY 4.0

引用

学术使用请引用 DOI 10.1371/journal.pone.0009092(source: https://plos.figshare.com/articles/dataset/Lymphoid_Hyperplasia_and_Lymphoma_in_Transgenic_Mice_Expressing_the_Small_Non_Coding_RNA_EBER1_of_Epstein_Barr_Virus/144684)。

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