Oncopanel 试点（TOP）研究

数据集获取

源站：https://clinicaltrials.gov/study/NCT02171286

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

条件：转移性结直肠癌、晚期非小细胞肺癌、晚期黑色素瘤、胃肠道间质瘤、已被诊断患有恶性肿瘤并正在考虑进行临床试验的患者。实体瘤中的体细胞突变是表征恶性肿瘤预后、诊断和治疗目的的一种既定手段。EGFR、KRAS、BRAF以及KIT和PDGFRA基因的突变分别指导晚期肺癌、结直肠癌、黑色素瘤和GIST肿瘤患者的治疗。其他基因中的已知或新突变也可能具有临床意义，但目前的基因分型服务并未向BC Cancer Agency (BCCA)的患者提供这些检测。此外，许多候选基因已被认为是实体瘤患者潜在的预后和预测生物标志物。因此，Oncopanel是一种正在开发中的临床检测方法，旨在确定一组前瞻性定义的基因的基因型状态。Oncopanel包括以下临床相关基因和外显子集合：KRAS、EGFR、BRAF、NRAS和HRAS、PIK3CA信号转导通路基因、RAS-RAF-MEK-MAPK通路、HER2、IDH1和IDH2、ALK、TP53、c-KIT、STAT1&3和PDGFRA。

对肿瘤材料进行的额外检测还将包括分析与不良事件或治疗反应相关的特定基因变异。大量研究已记录了在晚期和早期恶性肿瘤患者中存在循环肿瘤DNA（ctDNA）（20-22）。通过基于血液的检测（“液体活检”）来诊断标准癌症突变的能力尚未确立，但其优势显而易见。在转移性肿瘤中或在整个治疗过程中出现的“耐药”突变已有充分文献记载（21，22）。血液活检可能比存档DNA样本更准确地确定肿瘤的遗传特征。对于某些已确诊恶性肿瘤的患者，尤其是肺癌患者，获取足够的组织标本可能很困难。血液活检可能代表一种侵入性更小且更及时的手段，用于诊断标准癌症突变和转化性癌症突变。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。