土耳其肺癌、非癌呼吸疾病与健康对照舌部微生物组16S rRNA测序
该数据集为 NCBI BioProject 项目 PRJNA1539026,收录来自土耳其的舌部微生物组 16S rRNA 测序数据,样本涵盖肺癌患者、非癌呼吸疾病患者与健康对照三类人群

基本信息
资源简介
土耳其肺癌、非癌呼吸疾病与健康对照舌部微生物组16S rRNA测序
PRJNA1539026 是一个收录于 NCBI BioProject 数据库的微生物组测序项目,全称为“16S rRNA sequencing of tongue microbiome in lung cancer, non cancer respiratory disease, and healthy controls from Turkey”。该项目聚焦舌部微生物组的 16S rRNA 测序,样本来自土耳其,涵盖肺癌患者、非癌呼吸疾病患者与健康对照三类人群。作为 BioProject 记录,它把围绕同一研究目标产生的多种数据类型汇集于一处,便于用户集中查找与该项目相关的原始序列读段等数据。该数据集在分类上归属于肿瘤 / 肺癌方向,主题标签为原始序列读段(Raw sequence reads),源站标题将其描述为人类口腔宏基因组项目(ID 1539026)。
【数据集背景】
BioProject 是 NCBI 用于组织生物学数据的记录形式,通常围绕某一项研究计划建立,来源于单一机构或联合体。一个 BioProject 记录为用户提供统一入口,用以发现该项目所产生的不同类型数据及其链接。PRJNA1539026 即属于此类记录,其研究关注点在于舌部微生物组,并以 16S rRNA 测序作为技术手段,研究对象覆盖肺癌、非癌呼吸疾病与健康对照三类人群,样本来源地为土耳其。该项目的源站标题将其归入口腔宏基因组范畴,本站分类则将其置于肿瘤 / 肺癌方向。
【数据内容】
该数据集的主题标签为原始序列读段,说明其核心数据形式为测序产生的原始读段。项目名称明确其测序对象为舌部微生物组的 16S rRNA。样本涵盖三类人群:肺癌患者、非癌呼吸疾病患者以及健康对照。除上述信息外,源站未提供关于样本数量、测序平台、读段长度、数据量等更细颗粒度的描述。
【采集与来源】
样本来自土耳其,采集部位为舌部,用于微生物组分析。项目来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,以 BioProject 形式发布,记录编号为 PRJNA1539026。关于采样时间、采样机构、伦理审批信息、受试者招募方式等,源站未提供。
【适用场景】
基于项目名称与主题标签,该数据集可用于涉及舌部微生物组的 16S rRNA 序列分析,例如比较肺癌患者、非癌呼吸疾病患者与健康对照之间的微生物组成差异。也可作为口腔微生物组相关研究的原始读段来源,用于方法学验证或与其他口腔微生物组数据联合分析。具体分析目标与适用范围应以源站记录为准,源站未提供关于适用场景的进一步说明。
【使用方法】
用户可通过 NCBI BioProject 记录 PRJNA1539026 获取该项目的数据入口,并依据记录中的链接访问其关联的原始序列读段等数据。关于数据处理流程、推荐分析工具、参数设置等,源站未提供。
【质量与限制】
源站未提供关于数据质量、测序深度、覆盖度、污染控制、批次效应等方面的具体信息。该记录为 BioProject 层面的汇总描述,不包含对样本质量或分析结论的评估。使用时应结合源站记录及关联数据自行判断适用性。
【引用与许可】
源站未提供该数据集的引用格式与许可条款信息。使用该数据集时,应遵循 NCBI 及 BioProject 记录中给出的相关要求,具体以源站记录为准。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务(收技术服务费,非数据销售)
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1539026
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
本项目包含来自土耳其肺癌患者、非癌症呼吸系统疾病患者和健康对照者的舌拭子样本的Illumina 16S rRNA扩增子测序数据。不包含人类基因组数据。
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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