土耳其肺癌、非癌呼吸疾病与健康对照舌部微生物组16S rRNA测序

该数据集为 NCBI BioProject 项目 PRJNA1539026,收录来自土耳其的舌部微生物组 16S rRNA 测序数据,样本涵盖肺癌患者、非癌呼吸疾病患者与健康对照三类人群

sra
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基因组分类Raw sequence reads
PRJNA1539026: 16S rRNA sequencing of tongue microbiome in lung cancer, non cancer respiratory disease, and healthy controls from Turkey

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

土耳其肺癌、非癌呼吸疾病与健康对照舌部微生物组16S rRNA测序

PRJNA1539026 是一个收录于 NCBI BioProject 数据库的微生物组测序项目,全称为“16S rRNA sequencing of tongue microbiome in lung cancer, non cancer respiratory disease, and healthy controls from Turkey”。该项目聚焦舌部微生物组的 16S rRNA 测序,样本来自土耳其,涵盖肺癌患者、非癌呼吸疾病患者与健康对照三类人群。作为 BioProject 记录,它把围绕同一研究目标产生的多种数据类型汇集于一处,便于用户集中查找与该项目相关的原始序列读段等数据。该数据集在分类上归属于肿瘤 / 肺癌方向,主题标签为原始序列读段(Raw sequence reads),源站标题将其描述为人类口腔宏基因组项目(ID 1539026)。

【数据集背景】

BioProject 是 NCBI 用于组织生物学数据的记录形式,通常围绕某一项研究计划建立,来源于单一机构或联合体。一个 BioProject 记录为用户提供统一入口,用以发现该项目所产生的不同类型数据及其链接。PRJNA1539026 即属于此类记录,其研究关注点在于舌部微生物组,并以 16S rRNA 测序作为技术手段,研究对象覆盖肺癌、非癌呼吸疾病与健康对照三类人群,样本来源地为土耳其。该项目的源站标题将其归入口腔宏基因组范畴,本站分类则将其置于肿瘤 / 肺癌方向。

【数据内容】

该数据集的主题标签为原始序列读段,说明其核心数据形式为测序产生的原始读段。项目名称明确其测序对象为舌部微生物组的 16S rRNA。样本涵盖三类人群:肺癌患者、非癌呼吸疾病患者以及健康对照。除上述信息外,源站未提供关于样本数量、测序平台、读段长度、数据量等更细颗粒度的描述。

【采集与来源】

样本来自土耳其,采集部位为舌部,用于微生物组分析。项目来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,以 BioProject 形式发布,记录编号为 PRJNA1539026。关于采样时间、采样机构、伦理审批信息、受试者招募方式等,源站未提供。

【适用场景】

基于项目名称与主题标签,该数据集可用于涉及舌部微生物组的 16S rRNA 序列分析,例如比较肺癌患者、非癌呼吸疾病患者与健康对照之间的微生物组成差异。也可作为口腔微生物组相关研究的原始读段来源,用于方法学验证或与其他口腔微生物组数据联合分析。具体分析目标与适用范围应以源站记录为准,源站未提供关于适用场景的进一步说明。

【使用方法】

用户可通过 NCBI BioProject 记录 PRJNA1539026 获取该项目的数据入口,并依据记录中的链接访问其关联的原始序列读段等数据。关于数据处理流程、推荐分析工具、参数设置等,源站未提供。

【质量与限制】

源站未提供关于数据质量、测序深度、覆盖度、污染控制、批次效应等方面的具体信息。该记录为 BioProject 层面的汇总描述,不包含对样本质量或分析结论的评估。使用时应结合源站记录及关联数据自行判断适用性。

【引用与许可】

源站未提供该数据集的引用格式与许可条款信息。使用该数据集时,应遵循 NCBI 及 BioProject 记录中给出的相关要求,具体以源站记录为准。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1539026

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本项目包含来自土耳其肺癌患者、非癌症呼吸系统疾病患者和健康对照者的舌拭子样本的Illumina 16S rRNA扩增子测序数据。不包含人类基因组数据。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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