基本信息

模态

基因组

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

中国首例完全植入式静脉输液港中由皮尔逊泛菌引起的导管相关软组织感染

该数据集对应 NCBI BioProject 编号 1489473，标题为“Catheter-Associated Soft Tissue Infection Caused by Pantoea piersonii in a Totally Implantable Venous Access Port: The First Report from China”。从标题可知，该 BioProject 收录与一例完全植入式静脉输液港中由 Pantoea piersonii 引起的导管相关软组织感染相关的生物数据，并且该病例为中国首例报告。数据集在来源站被归类为肿瘤 / 肺癌方向，主题标签为“Raw sequence reads”，表明其核心数据形式为原始测序读段。BioProject 作为 NCBI 的一项资源，旨在将围绕同一研究计划产生的多种类型生物数据集中呈现，便于用户从一个入口找到与该项目相关的数据链接。

【数据集背景】

该 BioProject 所关联的研究背景是一例完全植入式静脉输液港中由 Pantoea piersonii 引起的导管相关软组织感染。根据标题信息，该病例为中国首例报告。完全植入式静脉输液港是一种长期留置的静脉通路装置，常用于需要反复静脉给药或采血的患者，而导管相关软组织感染是其可能出现的临床问题之一。Pantoea piersonii 作为该感染病例的病原体，其相关生物数据被纳入本 BioProject 进行组织与公开。该数据集在来源站被归入肿瘤 / 肺癌分类，提示其可能与肿瘤患者临床诊疗场景相关，但源站未提供更具体的背景说明。

【数据内容】

该 BioProject 的主题标签为“Raw sequence reads”，说明其收录的数据类型为原始测序读段。源站描述指出，BioProject 记录为用户提供一个单一入口，用以查找为该项目生成的多种数据类型所对应的链接。因此，该数据集的内容围绕与上述感染病例相关的测序数据展开，具体的数据量、测序平台、读长、样本数量、基因组组装信息等，源站未提供。除“Raw sequence reads”这一主题标签外，源站未提供其他关于数据文件格式或数据规模的细节。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为“ID 1489473 - BioProject - NCBI”。BioProject 记录通常来源于单一组织或联盟所发起的研究计划，并汇集与该计划相关的生物数据。就本数据集而言，其采集对象与一例完全植入式静脉输液港中由 Pantoea piersonii 引起的导管相关软组织感染病例相关，该病例为中国首例报告。关于具体的采样地点、采样时间、样本类型、患者信息、伦理审批信息以及数据提交机构等，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于与导管相关软组织感染、完全植入式静脉输液港相关感染、Pantoea piersonii 病原体研究以及原始测序读段分析相关的场景。由于该病例被描述为中国首例报告，相关数据可用于对该病原体及其感染案例的进一步分析。同时，该数据集在来源站被归入肿瘤 / 肺癌分类，可能适用于肿瘤患者静脉通路相关感染的研究背景。但源站未提供该数据集在具体研究设计中的适用方式，也未提供其可支持的具体分析类型或结论。

【使用方法】

该 BioProject 记录为用户提供一个单一入口，用以查找为该项目生成的多种数据类型所对应的链接。用户可通过 NCBI BioProject 编号 1489473 访问该记录，并经由记录中的链接获取与该项目相关的数据。由于主题标签为“Raw sequence reads”，获取的数据可能以原始测序读段形式呈现，后续分析方式取决于用户自身的研究目的。关于具体的下载方式、数据处理流程、推荐分析工具或参考数据库，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来源于 NCBI BioProject，属于公开的生物数据资源记录。其标题明确指向一例由 Pantoea piersonii 引起的导管相关软组织感染，并注明为中国首例报告。然而，源站未提供关于数据质量评估、测序深度、覆盖度、数据完整性或验证情况的具体信息。此外，该数据集在来源站被归类为肿瘤 / 肺癌，但源站未提供该分类与感染病例之间的具体关联说明。使用者在利用该数据集时，应结合源站记录中的实际链接与数据内容进行判断，源站未提供其他质量与限制方面的说明。

【引用与许可】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为“ID 1489473 - BioProject - NCBI”。关于该数据集的引用方式、许可条款、使用限制或数据共享政策，源站未提供。使用者如需引用或使用该数据集，应参考 NCBI BioProject 记录页面中可能提供的相关说明，但源站未提供具体内容。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJNA1489473

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使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1489473

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

Pantoea piersonii（曾用名Kalamiella piersonii）是一种近期被重新分类的环境革兰阴性杆菌，属于欧文菌科。由该菌引起的人类感染极为罕见。本文报告一例由P. piersonii引起的植入式静脉输液港相关软组织感染，患者为49岁免疫功能低下的女性肺癌患者。病原菌从输液港部位的脓性分泌物中分离获得，并经基质辅助激光解吸/电离飞行时间质谱（MALDI-TOF MS）鉴定。全基因组测序通过平均核苷酸一致性（ANI）分析和系统发育基因组重建，确认了种水平的鉴定结果。该分离株对所测试的抗菌药物表现出广泛的敏感性。在完全移除装置并给予经验性抗菌治疗后，患者顺利康复。本研究报道了中国首例有文献记录的P. piersonii感染病例，并对一株新分离的临床菌株提供了全面的临床和基因组学特征描述。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别