C57BL/6小鼠皮下小细胞肺癌肿瘤经L. murinus@Mn-LDH治疗的RNA-seq
数据来源于 NCBI BioProject,可用于分析处理条件下肿瘤转录组变化,支持基因表达比较、差异表达分析及相关机制探索(来源 NCBI)

基本信息
资源简介
C57BL/6小鼠皮下小细胞肺癌肿瘤经L. murinus@Mn-LDH治疗的RNA-seq
PRJNA1483330 是一个收录于 NCBI BioProject 数据库的肿瘤转录组数据集,全称为“RNA-seq of subcutaneous SCLC tumors from C57BL/6 mice treated with L. murinus@Mn-LDH”。该数据集围绕皮下小细胞肺癌(SCLC)肿瘤展开,实验对象为 C57BL/6 小鼠,涉及 L. murinus@Mn-LDH 处理条件,数据主题标签为原始序列读段(Raw sequence reads)。作为 NCBI BioProject 体系中的一项记录,它为研究者提供了集中获取该项目所产生各类数据类型的入口,可用于分析特定处理条件下肿瘤转录组的变化,支持基因表达比较、差异表达分析及相关机制探索。整体而言,该数据集属于肿瘤/肺癌研究领域,来源于 ncbi.nlm.nih.gov,适合对处理条件下肿瘤转录组响应进行深入挖掘的研究人员使用。
【数据集背景】
该数据集对应的源站标题为“ID 1483330 - BioProject - NCBI”,属于 NCBI BioProject 数据库中的一项记录。BioProject 是围绕单一研究计划或倡议而组织起来的生物数据集合,这些数据可以来自一个机构,也可以来自一个联盟。BioProject 记录的核心作用是为用户提供一个统一的查找位置,使其能够便捷地链接到该项目所产生的多种数据类型。本数据集聚焦于肿瘤领域中的肺癌方向,具体涉及皮下 SCLC 肿瘤模型,并关联到 C57BL/6 小鼠以及 L. murinus@Mn-LDH 处理条件。这些背景信息共同界定了该数据集在肿瘤转录组研究中的基本定位。
【数据内容】
该数据集的主题标签为“Raw sequence reads”,表明其核心数据形式为原始序列读段。数据集英文名称明确指向“RNA-seq of subcutaneous SCLC tumors from C57BL/6 mice treated with L. murinus@Mn-LDH”,说明数据内容是对接受 L. murinus@Mn-LDH 处理的 C57BL/6 小鼠皮下 SCLC 肿瘤进行 RNA 测序所获得的原始读段。这些原始序列读段构成了后续转录组分析的基础,可用于基因表达比较、差异表达分析及相关机制探索。除上述信息外,关于样本数量、测序深度、读长、具体基因或转录本层面的定量结果等,源站未提供。
【采集与来源】
该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,属于 NCBI BioProject 数据库中的记录。其源站描述指出,BioProject 是围绕单一研究计划或倡议而组织起来的生物数据集合,可以来自一个机构或一个联盟;BioProject 记录为用户提供一个统一的位置,以便查找该项目所产生的多种数据类型。本站分类将其实为肿瘤 / 肺癌。数据集英文名称中提及的实验对象为 C57BL/6 小鼠,处理条件为 L. murinus@Mn-LDH,样本类型为皮下 SCLC 肿瘤。关于具体的采集时间、地点、实验操作流程、测序平台或建库方法等细节,源站未提供。
【适用场景】
根据侧写线索,该数据集来源于 NCBI BioProject,可用于分析处理条件下肿瘤转录组变化,支持基因表达比较、差异表达分析及相关机制探索。因此,其适用场景包括但不限于:对 L. murinus@Mn-LDH 处理条件下皮下 SCLC 肿瘤的转录组变化进行分析;比较不同处理或不同样本之间的基因表达差异;围绕差异表达结果探索潜在的生物学机制。由于数据主题标签为原始序列读段,该数据集也适合作为转录组分析流程的输入数据,用于开展标准化的 RNA-seq 数据处理与下游分析。其他具体应用方向,源站未提供。
【使用方法】
该数据集可通过 NCBI BioProject 数据库进行访问,源站标题为“ID 1483330 - BioProject - NCBI”。BioProject 记录为用户提供一个统一的位置,以便查找链接到该项目所产生的多种数据类型。使用者可以依据该记录获取与项目相关的数据入口,并结合主题标签“Raw sequence reads”定位原始序列读段数据。关于具体的下载方式、数据格式、分析工具或处理流程,源站未提供。
【质量与限制】
该数据集来源于 NCBI BioProject,属于公开的生物学数据项目记录。其主题标签为原始序列读段,说明数据以原始读段形式提供,后续分析需要使用者自行完成质量控制与数据处理。关于数据质量指标、测序深度、覆盖度、样本重复数、批次效应等信息,源站未提供。此外,该数据集仅涉及 C57BL/6 小鼠皮下 SCLC 肿瘤在 L. murinus@Mn-LDH 处理条件下的 RNA-seq 数据,其结论外推到其他物种、其他肿瘤模型或其他处理条件时需谨慎。其他质量与限制相关信息,源站未提供。
【引用与许可】
该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov,源站标题为“ID 1483330 - BioProject - NCBI”。关于该数据集的引用方式、许可条款、使用限制或授权信息,源站未提供。使用者在使用该数据集时,应参考 NCBI BioProject 数据库的相关政策与源站记录中的具体说明。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务(收技术服务费,非数据销售)
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1483330
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
为探究经Mn-LDH纳米片修饰的工程化Ligilactobacillus murinus(L. murinus@Mn)在小细胞肺癌(SCLC)中的抗肿瘤机制,我们对来自C57BL/6小鼠的皮下SCLC肿瘤进行了bulk RNA测序。肿瘤取自接受瘤内注射PBS(对照)、L. murinus、Mn-LDH或L. murinus@Mn的小鼠。
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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