C57BL/6小鼠皮下小细胞肺癌肿瘤经L. murinus@Mn-LDH治疗的RNA-seq

数据来源于 NCBI BioProject,可用于分析处理条件下肿瘤转录组变化,支持基因表达比较、差异表达分析及相关机制探索(来源 NCBI)

sra
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基因组分类Raw sequence reads
PRJNA1483330: RNA-seq of subcutaneous SCLC tumors from C57BL/6 mice treated with L. murinus@Mn-LDH

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

C57BL/6小鼠皮下小细胞肺癌肿瘤经L. murinus@Mn-LDH治疗的RNA-seq

PRJNA1483330 是一个收录于 NCBI BioProject 数据库的肿瘤转录组数据集,全称为“RNA-seq of subcutaneous SCLC tumors from C57BL/6 mice treated with L. murinus@Mn-LDH”。该数据集围绕皮下小细胞肺癌(SCLC)肿瘤展开,实验对象为 C57BL/6 小鼠,涉及 L. murinus@Mn-LDH 处理条件,数据主题标签为原始序列读段(Raw sequence reads)。作为 NCBI BioProject 体系中的一项记录,它为研究者提供了集中获取该项目所产生各类数据类型的入口,可用于分析特定处理条件下肿瘤转录组的变化,支持基因表达比较、差异表达分析及相关机制探索。整体而言,该数据集属于肿瘤/肺癌研究领域,来源于 ncbi.nlm.nih.gov,适合对处理条件下肿瘤转录组响应进行深入挖掘的研究人员使用。

【数据集背景】

该数据集对应的源站标题为“ID 1483330 - BioProject - NCBI”,属于 NCBI BioProject 数据库中的一项记录。BioProject 是围绕单一研究计划或倡议而组织起来的生物数据集合,这些数据可以来自一个机构,也可以来自一个联盟。BioProject 记录的核心作用是为用户提供一个统一的查找位置,使其能够便捷地链接到该项目所产生的多种数据类型。本数据集聚焦于肿瘤领域中的肺癌方向,具体涉及皮下 SCLC 肿瘤模型,并关联到 C57BL/6 小鼠以及 L. murinus@Mn-LDH 处理条件。这些背景信息共同界定了该数据集在肿瘤转录组研究中的基本定位。

【数据内容】

该数据集的主题标签为“Raw sequence reads”,表明其核心数据形式为原始序列读段。数据集英文名称明确指向“RNA-seq of subcutaneous SCLC tumors from C57BL/6 mice treated with L. murinus@Mn-LDH”,说明数据内容是对接受 L. murinus@Mn-LDH 处理的 C57BL/6 小鼠皮下 SCLC 肿瘤进行 RNA 测序所获得的原始读段。这些原始序列读段构成了后续转录组分析的基础,可用于基因表达比较、差异表达分析及相关机制探索。除上述信息外,关于样本数量、测序深度、读长、具体基因或转录本层面的定量结果等,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,属于 NCBI BioProject 数据库中的记录。其源站描述指出,BioProject 是围绕单一研究计划或倡议而组织起来的生物数据集合,可以来自一个机构或一个联盟;BioProject 记录为用户提供一个统一的位置,以便查找该项目所产生的多种数据类型。本站分类将其实为肿瘤 / 肺癌。数据集英文名称中提及的实验对象为 C57BL/6 小鼠,处理条件为 L. murinus@Mn-LDH,样本类型为皮下 SCLC 肿瘤。关于具体的采集时间、地点、实验操作流程、测序平台或建库方法等细节,源站未提供。

【适用场景】

根据侧写线索,该数据集来源于 NCBI BioProject,可用于分析处理条件下肿瘤转录组变化,支持基因表达比较、差异表达分析及相关机制探索。因此,其适用场景包括但不限于:对 L. murinus@Mn-LDH 处理条件下皮下 SCLC 肿瘤的转录组变化进行分析;比较不同处理或不同样本之间的基因表达差异;围绕差异表达结果探索潜在的生物学机制。由于数据主题标签为原始序列读段,该数据集也适合作为转录组分析流程的输入数据,用于开展标准化的 RNA-seq 数据处理与下游分析。其他具体应用方向,源站未提供。

【使用方法】

该数据集可通过 NCBI BioProject 数据库进行访问,源站标题为“ID 1483330 - BioProject - NCBI”。BioProject 记录为用户提供一个统一的位置,以便查找链接到该项目所产生的多种数据类型。使用者可以依据该记录获取与项目相关的数据入口,并结合主题标签“Raw sequence reads”定位原始序列读段数据。关于具体的下载方式、数据格式、分析工具或处理流程,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来源于 NCBI BioProject,属于公开的生物学数据项目记录。其主题标签为原始序列读段,说明数据以原始读段形式提供,后续分析需要使用者自行完成质量控制与数据处理。关于数据质量指标、测序深度、覆盖度、样本重复数、批次效应等信息,源站未提供。此外,该数据集仅涉及 C57BL/6 小鼠皮下 SCLC 肿瘤在 L. murinus@Mn-LDH 处理条件下的 RNA-seq 数据,其结论外推到其他物种、其他肿瘤模型或其他处理条件时需谨慎。其他质量与限制相关信息,源站未提供。

【引用与许可】

该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov,源站标题为“ID 1483330 - BioProject - NCBI”。关于该数据集的引用方式、许可条款、使用限制或授权信息,源站未提供。使用者在使用该数据集时,应参考 NCBI BioProject 数据库的相关政策与源站记录中的具体说明。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1483330

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

为探究经Mn-LDH纳米片修饰的工程化Ligilactobacillus murinus(L. murinus@Mn)在小细胞肺癌(SCLC)中的抗肿瘤机制,我们对来自C57BL/6小鼠的皮下SCLC肿瘤进行了bulk RNA测序。肿瘤取自接受瘤内注射PBS(对照)、L. murinus、Mn-LDH或L. murinus@Mn的小鼠。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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