PRJNA1482717:Trimetrexate与BI-97C1处理的95-D肺癌细胞转录组分析

数据来源于NCBI,属于肿瘤/肺癌分类。可用于研究这两种药物对肺癌细胞基因表达的影响,支持差异表达分析、药物响应预测等转录组学相关研究(来源 NCBI)

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基因组预测Raw sequence reads
PRJNA1482717: Transcriptome profiling of 95-D lung cancer cells with Trimetrexate and BI-97C1 treatment

基本信息

模态
基因组
任务类型
预测
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

PRJNA1482717:Trimetrexate与BI-97C1处理的95-D肺癌细胞转录组分析

PRJNA1482717 是一个来源于 NCBI BioProject 数据库的转录组数据集,全称为“Transcriptome profiling of 95-D lung cancer cells with Trimetrexate and BI-97C1 treatment”。该数据集属于肿瘤/肺癌研究领域,主题标签为原始序列读段(Raw sequence reads)。从标题可以看出,该数据集围绕 95-D 肺癌细胞展开,涉及 Trimetrexate 与 BI-97C1 两种药物处理条件下的转录组表达谱分析。作为 BioProject 记录,它汇集了与单一研究计划相关的多种生物数据,为用户提供统一入口来查找该项目产生的各类数据。该数据集可用于研究这两种药物对肺癌细胞基因表达的影响,并支持差异表达分析、药物响应预测等转录组学相关研究。

【数据集背景】

该数据集来源于 NCBI 的 BioProject 数据库,源站标题为“ID 1482717 - BioProject - NCBI”。BioProject 是 NCBI 提供的一种资源组织方式,用于汇集与单一研究计划相关的生物数据,这些数据可能来自单一机构或联合体。一个 BioProject 记录为用户提供统一的位置,以便查找该项目产生的不同类型的数据。该数据集所属分类为肿瘤/肺癌,聚焦于 95-D 肺癌细胞在 Trimetrexate 和 BI-97C1 处理下的转录组分析。关于该研究计划的具体发起机构、资助信息、研究背景的详细描述,源站未提供。

【数据内容】

该数据集的主题标签为“Raw sequence reads”,表明其核心数据为原始序列读段。数据集标题明确指向 95-D 肺癌细胞在 Trimetrexate 与 BI-97C1 处理条件下的转录组表达谱分析。因此,数据内容应涉及这两种药物处理下肺癌细胞的基因表达信息,可用于后续的转录组学分析。关于具体的样本数量、测序平台、读段长度、数据量、实验设计细节(如处理时间、浓度、重复数等),源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来自 NCBI 的 BioProject 数据库,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。作为 BioProject 记录,其数据可能由单一组织或联合体提交,并汇集了与该项目相关的多种数据类型。数据集标题表明研究对象为 95-D 肺癌细胞,涉及 Trimetrexate 和 BI-97C1 两种处理。关于样本采集的具体方法、细胞培养条件、药物处理方案、测序建库流程等实验细节,源站未提供。

【适用场景】

根据该数据集的分类和标题,其适用场景包括:研究 Trimetrexate 和 BI-97C1 两种药物对肺癌细胞基因表达的影响;支持差异表达分析,以识别药物处理前后表达发生变化的基因;支持药物响应预测等转录组学相关研究。该数据集属于肿瘤/肺癌领域,可用于肺癌相关的转录组学研究。关于其他潜在应用场景,源站未提供。

【使用方法】

该数据集为 BioProject 记录,用户可通过 NCBI 的 BioProject 数据库访问该项目,并查找其关联的原始序列读段及其他数据类型。由于主题标签为“Raw sequence reads”,用户可能需要下载原始测序数据,并进行后续的生物信息学分析,如质量控制、比对、定量和差异表达分析等。关于具体的数据下载方式、分析流程或推荐工具,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来源于 NCBI BioProject 数据库,属于公开的生物数据资源。其主题标签为原始序列读段,表明数据可能未经进一步处理。关于数据质量的具体指标(如测序深度、覆盖度、重复性等)、样本量、实验设计的严谨性、数据完整性等信息,源站未提供。用户在使用时应自行评估数据质量,并注意该数据集仅针对 95-D 肺癌细胞及特定药物处理条件,结论可能不适用于其他细胞系或药物。

【引用与许可】

该数据集来源于 NCBI,源站为 ncbi.nlm.nih.gov。关于该数据集的引用方式、许可协议、使用限制等具体信息,源站未提供。用户在使用该数据集时,应参考 NCBI 的相关政策以及 BioProject 记录中可能提供的引用指南。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1482717

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

采用Illumina测序平台对人类转移性肺癌95-D细胞进行了转录组mRNA-seq。实验分为三组:未处理对照组、Trimetrexate处理组和BI-97C1处理组。此数据集旨在探究Trimetrexate和BI-97C1在肺癌细胞中引起的全转录组基因表达变化。物种:Homo sapiens。

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