A549细胞经Oridonin处理24小时后的RNA-seq变化

数据以 Raw sequence reads 形式提供,可用于分析药物处理前后转录组层面的基因表达改变,帮助研究 Oridonin 对肺癌细胞的作用机制及相关差异表达基因(来源 NCBI)

sra
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基因组回归Raw sequence reads
PRJNA1478929: The RNA-seq changes in A549 cells after 24 hours of treatment with Oridonin.

基本信息

模态
基因组
任务类型
回归
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

A549细胞经Oridonin处理24小时后的RNA-seq变化

PRJNA1478929 是一个围绕 A549 细胞在 Oridonin 处理 24 小时后转录组变化而建立的 RNA-seq 数据集。该数据集以原始测序读段(Raw sequence reads)的形式提供,可用于分析药物处理前后转录组层面的基因表达改变,帮助研究 Oridonin 对肺癌细胞的作用机制及相关差异表达基因。数据集归属于肿瘤 / 肺癌这一分类方向,来源为 NCBI 的 BioProject 数据库,项目编号为 1478929。整体而言,该数据集为探索 Oridonin 在肺癌细胞模型中引发的基因表达响应提供了原始测序数据基础,适合开展转录组层面的差异表达分析与机制探索。

【数据集背景】

该数据集对应的项目聚焦于 A549 细胞在 Oridonin 处理 24 小时后的 RNA-seq 变化。A549 是肺癌研究中常用的细胞模型,Oridonin 是一种用于处理该细胞的药物。项目旨在通过 RNA-seq 手段捕捉处理前后转录组层面的改变,从而为理解 Oridonin 对肺癌细胞的作用机制提供数据支撑。数据集在分类上归属于肿瘤 / 肺癌方向,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。

【数据内容】

该数据集的主题标签为 Raw sequence reads,即数据以原始测序读段的形式提供。这些读段可用于分析药物处理前后转录组层面的基因表达改变,帮助研究 Oridonin 对肺癌细胞的作用机制及相关差异表达基因。除上述内容外,关于样本数量、测序平台、读长、数据量等具体细节,源站未提供。

【采集与来源】

数据集来源于 NCBI 的 BioProject 数据库,项目编号为 1478929,源站标题为“ID 1478929 - BioProject - NCBI”。BioProject 是围绕单一研究计划、来自单一组织或联盟的生物数据集合,其记录为用户提供查找该项目所生成各类数据的统一入口。该数据集即通过这一入口对外提供。关于具体的采集时间、实验地点、操作人员等信息,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于分析药物处理前后转录组层面的基因表达改变,可用于研究 Oridonin 对肺癌细胞的作用机制及相关差异表达基因。基于原始测序读段,研究者可开展转录组层面的差异表达分析等探索性工作。关于更具体的适用场景,源站未提供。

【使用方法】

该数据集以 Raw sequence reads 形式提供,使用者可基于原始测序读段开展转录组层面的分析,例如分析药物处理前后基因表达的改变、识别相关差异表达基因,进而研究 Oridonin 对肺癌细胞的作用机制。关于具体的处理流程、软件参数或分析步骤,源站未提供。

【质量与限制】

关于该数据集的质量评估信息与使用限制,源站未提供。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式与许可条款,源站未提供。

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数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1478929

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  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
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    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本项目旨在探究天然化合物冬凌草甲素对非小细胞肺癌(NSCLC)的作用及其潜在的分子机制。我们将使用冬凌草甲素处理A549细胞24小时,随后通过RNA-seq分析,检查处理前后细胞转录组的整体变化,并识别差异表达基因及相关信号通路,从而为冬凌草甲素作为抗非小细胞肺癌新型候选药物提供理论依据。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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