BN-7处理NCI-H460与A549肺癌细胞系的RNA测序转录组分析

数据来源于NCBI,本站归类为肿瘤/肺癌。可用于研究BN-7对两种肺癌细胞系转录组的影响,支持差异表达分析、转录调控机制探索及肺癌相关生物标志物挖掘等方向(来源 NCBI)

sra
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基因组分类Raw sequence reads
PRJNA1474274: Transcriptome analysis of BN-7 treated NCI-H460 and A549 lung cancer cell lines by RNA sequencing

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

BN-7处理NCI-H460与A549肺癌细胞系的RNA测序转录组分析

该数据集为 NCBI BioProject 编号 PRJNA1474274,英文全称为 Transcriptome analysis of BN-7 treated NCI-H460 and A549 lung cancer cell lines by RNA sequencing,源站标题为 ID 1474274 - BioProject - NCBI,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。本站将其归类为肿瘤 / 肺癌,主题标签为 Raw sequence reads。整体来看,该数据集围绕 BN-7 处理后的 NCI-H460 与 A549 两种肺癌细胞系展开转录组测序分析,属于 RNA 测序产生的原始序列读长数据。其核心价值在于为研究 BN-7 对上述两种肺癌细胞系转录组的影响提供数据基础,可支撑差异表达分析、转录调控机制探索以及肺癌相关生物标志物挖掘等研究方向。该数据来源于 NCBI,属于生物项目记录所关联的原始测序数据,适合在肺癌转录组与药物处理相关研究场景中作为数据资源使用。

【数据集背景】

该数据集来自 NCBI 的 BioProject 体系。BioProject 是围绕某一项单一研究计划或倡议而汇集的一组生物学数据,这些数据通常来自一个机构或一个联合体。BioProject 记录为用户提供一个统一入口,用以查找该项目所产生的多种数据类型及其相关链接。该数据集对应的项目聚焦于 BN-7 处理后的 NCI-H460 和 A549 肺癌细胞系,采用 RNA 测序方法进行转录组分析。本站将其归入肿瘤 / 肺癌分类,主题标签为 Raw sequence reads,表明其数据形态以原始序列读长为主,属于转录组测序的原始产出层面。

【数据内容】

该数据集的内容为 RNA 测序产生的原始序列读长,即 Raw sequence reads。其研究对象为 BN-7 处理后的 NCI-H460 与 A549 两种肺癌细胞系,实验设计指向转录组分析。数据所覆盖的生物学问题围绕 BN-7 处理对这两种细胞系转录组的影响展开。除上述信息外,关于样本数量、测序平台、读长长度、测序深度、重复设置、对照组安排等具体内容,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,源站标题为 ID 1474274 - BioProject - NCBI,数据集英文名为 PRJNA1474274: Transcriptome analysis of BN-7 treated NCI-H460 and A549 lung cancer cell lines by RNA sequencing。其数据产生于对 BN-7 处理后的 NCI-H460 和 A549 肺癌细胞系进行 RNA 测序的转录组分析项目。关于样本采集地点、采集时间、处理浓度、处理时长、细胞培养条件、建库方法、测序仪器型号等具体采集与实验细节,源站未提供。

【适用场景】

该数据集可用于研究 BN-7 对两种肺癌细胞系转录组的影响,支持差异表达分析、转录调控机制探索及肺癌相关生物标志物挖掘等方向。具体而言,基于 RNA 测序的原始序列读长,研究者可在获得相应数据后开展转录本水平或基因水平的表达比较,识别 BN-7 处理前后或不同细胞系之间的表达变化,并进一步探索潜在的转录调控关系。该数据也可作为肺癌相关生物标志物挖掘的候选数据资源。除上述方向外,其他具体应用场景源站未提供。

【使用方法】

该数据集的主题标签为 Raw sequence reads,表明其提供的是原始序列读长。常规使用方式包括对原始读长进行质量控制、比对或定量分析,进而开展差异表达与转录调控相关研究。关于该数据集的具体下载方式、文件格式、参考基因组版本、分析流程与参数建议等,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来源于 NCBI BioProject,属于围绕单一研究计划汇集的生物学数据记录。其主题标签为 Raw sequence reads,说明数据以原始序列读长形式存在,后续分析需依赖适当的质控与处理流程。关于数据质量评分、污染评估、批次效应、样本量充分性、测序深度是否满足特定分析需求等质量指标,源站未提供。关于该数据集在细胞系代表性、处理条件外推性等方面的限制,源站未提供。

【引用与许可】

该数据集来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,源站标题为 ID 1474274 - BioProject - NCBI,数据集英文名为 PRJNA1474274: Transcriptome analysis of BN-7 treated NCI-H460 and A549 lung cancer cell lines by RNA sequencing。关于该数据集的引用格式、许可条款、使用限制与授权要求,源站未提供。

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源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1474274

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  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
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    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本项目研究BN-7处理非小细胞肺癌细胞系A549和NCI-H460所诱导的转录组变化。通过RNA测序识别差异表达基因,并探索BN-7经由TNFRSF19介导的内质网应激诱导副凋亡的机制。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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