非小细胞肺癌细胞系HCC44与H1792转录组图谱

该数据集为 NCBI BioProject 收录的 PRJNA1452521,主题为非小细胞肺癌细胞系 HCC44 与 H1792 的转录组图谱分析,数据以 Raw sequence reads 形式提供

sra
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基因组分类Raw sequence reads
PRJNA1452521: Transcriptomic Profiling of Non-Small Cell Lung Cancer Cell Lines HCC44 and H1792

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

非小细胞肺癌细胞系HCC44与H1792转录组图谱

PRJNA1452521 是 NCBI BioProject 收录的一个生物项目,主题为非小细胞肺癌细胞系 HCC44 与 H1792 的转录组图谱分析。该数据集归属于肿瘤 / 肺癌分类,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,主题标签为 Raw sequence reads,即数据以原始序列读段的形式提供。BioProject 是围绕某一项研究计划汇集生物数据的记录形式,通常来自单一机构或联合体,并为用户提供统一入口,以便查找该项目所产生的多种数据类型。因此,该数据集可作为获取 HCC44 与 H1792 两株非小细胞肺癌细胞系转录组原始测序数据的入口,服务于转录组层面的分析需求。

【数据集背景】

该数据集对应 NCBI BioProject 编号 PRJNA1452521,英文名称为 Transcriptomic Profiling of Non-Small Cell Lung Cancer Cell Lines HCC44 and H1792。从名称与分类来看,其研究主题聚焦于非小细胞肺癌细胞系的转录组图谱分析。非小细胞肺癌是肺癌的主要类型之一,细胞系模型常用于肿瘤生物学研究。BioProject 作为生物数据的集合记录,旨在将同一研究计划下产生的不同数据类型集中呈现,便于用户从单一入口获取相关数据。该项目的源站标题为 ID 1452521 - BioProject - NCBI,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。

【数据内容】

该数据集的主题标签为 Raw sequence reads,表明其提供的数据形式为原始序列读段。项目围绕 HCC44 与 H1792 两株非小细胞肺癌细胞系展开转录组图谱分析。除上述信息外,源站未提供关于样本数量、测序平台、读长、数据量、文件格式等更具体的数据内容说明。

【采集与来源】

该数据集来源于 NCBI BioProject,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,源站标题为 ID 1452521 - BioProject - NCBI。BioProject 记录通常来自单一机构或联合体,用于汇集与某一研究计划相关的生物数据。关于本项目具体的提交机构、样本采集方式、细胞系来源、培养条件及测序实验流程等信息,源站未提供。

【适用场景】

基于该数据集为非小细胞肺癌细胞系 HCC44 与 H1792 的转录组原始序列读段,其潜在适用场景包括转录组层面的数据处理与分析,例如基因表达定量、转录本组装、差异表达研究等。由于数据以原始读段形式提供,使用者可根据自身分析流程进行比对、注释与下游挖掘。此外,该数据集也可用于与非小细胞肺癌相关的转录组比较研究或方法学验证。以上为基于数据类型的通用用途说明,源站未针对该数据集列出具体的应用案例或推荐场景。

【使用方法】

该数据集以 Raw sequence reads 形式提供,用户可通过 NCBI BioProject 记录 PRJNA1452521 查找并链接到该项目产生的相关数据。BioProject 记录的设计目的即为用户提供单一入口,以发现同一项目下不同类型的数据。关于具体的下载方式、数据文件组织、配套分析工具或推荐处理流程,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为 NCBI BioProject 收录的项目记录,主题标签为 Raw sequence reads。关于数据质量指标、测序深度、覆盖度、重复性、批次效应以及使用上的技术限制,源站未提供。使用者应注意,原始序列读段通常需要经过质量控制与预处理后方可用于下游分析,但源站未就本项目的具体质控情况作出说明。

【引用与许可】

该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov 的 BioProject 记录,编号为 PRJNA1452521。关于该数据集的引用方式、许可条款、使用限制或授权要求,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1452521

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本研究采用RNA测序技术,对经FK866、AMG510及其联合处理后的两种非小细胞肺癌(NSCLC)细胞系(HCC44和H1792)的转录组进行了分析,并与DMSO对照组进行了比较。旨在系统解析药物联合诱导的基因表达变化、信号通路改变及潜在协同机制。此数据集为理解药物相互作用的分子基础及发现肺癌新型治疗靶点提供了全面的资源。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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