HER2突变非小细胞肺癌新辅助治疗中德曲妥珠单抗引起的肿瘤基因组与微环境改变
该 BioProject（ID 1426580）收录与 Trastuzumab Deruxtecan 作为 HER2 突变非小细胞肺癌新辅助治疗相关的肿瘤基因组与微环境改变研究数据，主题标签为 Raw sequence reads，属于肿瘤/肺癌分类
基本信息
资源简介
HER2突变非小细胞肺癌新辅助治疗中德曲妥珠单抗引起的肿瘤基因组与微环境改变
PRJNA1426580 是一个收录于 NCBI BioProject 数据库的研究项目，其英文全称为 Tumor Genome and Microenvironment Alteration by Trastuzumab Deruxtecan as Neoadjuvant Therapy for HER2 Mutant NSCLC。该项目的主题标签为 Raw sequence reads，本站将其归类于肿瘤 / 肺癌方向。从标题可以看出，该项目围绕 Trastuzumab Deruxtecan 作为 HER2 突变非小细胞肺癌新辅助治疗时，对肿瘤基因组与肿瘤微环境所产生改变的研究展开。BioProject 作为生物数据集合的记录形式，旨在将同一项研究计划下产生的多种数据类型汇聚于一处，方便用户集中查找与访问。该项目即属于此类记录，其数据内容以原始测序读段为主，服务于相应的肿瘤基因组与微环境研究。
【数据集背景】
该项目来源于 NCBI 的 BioProject 数据库，源站标题为 ID 1426580 - BioProject - NCBI。BioProject 是一种针对单一研究计划而建立的生物数据集合，通常由单一机构或联合体发起。一个 BioProject 记录为用户提供了一个统一入口，用以发现该项目所产生的不同类型的数据。本项目聚焦于 HER2 突变非小细胞肺癌（NSCLC）的新辅助治疗场景，研究药物为 Trastuzumab Deruxtecan，研究关注点在于该治疗对肿瘤基因组以及肿瘤微环境所带来的改变。本站将其归入肿瘤 / 肺癌分类，主题标签为 Raw sequence reads，表明其数据形态以原始序列读段为主。
【数据内容】
该数据集的主题标签为 Raw sequence reads，说明其收录的数据类型为原始测序读段。这些读段与 Trastuzumab Deruxtecan 作为 HER2 突变非小细胞肺癌新辅助治疗相关的肿瘤基因组与微环境改变研究相对应。除原始序列读段这一主题标签外，源站未提供更细粒度的数据内容说明，例如具体样本数量、测序平台、读长、覆盖度或数据文件格式等信息均未给出。
【采集与来源】
该数据集来自 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为 ID 1426580 - BioProject - NCBI。其数据归属于一个 BioProject 记录，该记录由单一机构或联合体发起，用于汇集同一研究计划下的多种数据类型。关于具体的采集地点、采集时间、样本处理流程、测序机构等细节，源站未提供。
【适用场景】
基于其主题标签与分类，该数据集适用于与 HER2 突变非小细胞肺癌相关的肿瘤基因组及肿瘤微环境研究，尤其是涉及 Trastuzumab Deruxtecan 作为新辅助治疗时分子层面改变的分析场景。由于数据形态为原始序列读段，也可用于需要从原始读段出发进行重新比对、变异检测或表达分析的研究工作。其他具体适用场景，源站未提供。
【使用方法】
该数据集以 BioProject 记录的形式提供统一访问入口，用户可通过该入口查找该项目下产生的各类数据。由于主题标签为 Raw sequence reads，使用时可围绕原始测序读段开展后续分析。关于具体的下载方式、数据处理步骤、推荐工具或分析流程，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集为 BioProject 记录，其设计目的是汇集同一研究计划下的多种数据类型，并提供统一查找入口。当前可确认的数据形态为原始序列读段。关于数据质量评估指标、可能的批次效应、样本代表性、数据完整性等具体限制，源站未提供。
【引用与许可】
该数据集来源于 NCBI BioProject，源站标题为 ID 1426580 - BioProject - NCBI。关于具体的引用格式、许可条款或使用限制，源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1426580
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
在携带HER2外显子20插入的局部晚期非小细胞肺癌（NSCLC）患者中，我们给予了新辅助T-DXd治疗。治疗前后分别采集肿瘤组织及癌旁正常组织进行全基因组测序。此外，还获取了治疗后肿瘤样本以及近邻组织（距肿瘤边缘3 cm）和远邻组织（距肿瘤边缘15 cm）进行转录组测序，每种样本类型设三个生物学重复。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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