NSCLC 血浆 ctDNA 基因组生物标志物数据集
该数据集来自 NCBI BioProject（ID 1424539），主题为 NSCLC 血浆 ctDNA 基因组生物标志物，属于肿瘤/肺癌方向，包含 Raw sequence reads 类型的原始测序数据
基本信息
资源简介
NSCLC 血浆 ctDNA 基因组生物标志物数据集
该数据集为 NCBI BioProject 收录的一项生物研究项目，项目编号为 1424539，英文名称为 PRJNA1424539: plasma ctDNA genomic biomarkers in NSCLC。其主题聚焦于非小细胞肺癌（NSCLC）患者血浆循环肿瘤 DNA（ctDNA）中的基因组生物标志物，属于肿瘤/肺癌研究方向。数据集包含原始测序读段（Raw sequence reads）类型的生物数据，来源于 ncbi.nlm.nih.gov 的 BioProject 数据库。BioProject 作为生物数据的集合记录，旨在为单一研究计划或联盟所产生的多种数据类型提供统一的检索入口，方便用户获取与该计划相关的各类数据链接。该数据集可用于探索 NSCLC 血浆 ctDNA 的基因组特征，为肺癌相关研究提供原始测序数据支持。
【数据集背景】
该数据集对应的 BioProject 记录编号为 1424539，其英文名称为 PRJNA1424539: plasma ctDNA genomic biomarkers in NSCLC。从名称可以看出，该研究计划关注的是非小细胞肺癌（NSCLC）中血浆循环肿瘤 DNA（ctDNA）的基因组生物标志物。BioProject 是 NCBI 提供的一种资源组织方式，用于汇集与单一研究计划相关的生物数据，这些数据可能来自一个组织或一个联盟。每个 BioProject 记录为用户提供一个集中位置，以查找该项目所产生的多种数据类型。该数据集属于肿瘤/肺癌分类，主题标签为“Raw sequence reads”，表明其核心数据类型为原始测序读段。
【数据内容】
该数据集包含的数据类型为原始测序读段（Raw sequence reads）。这些读段来源于对 NSCLC 血浆 ctDNA 的测序分析，旨在研究其中的基因组生物标志物。原始测序读段通常以 FASTQ 等格式提供，包含碱基序列及其对应的质量分数，是后续生物信息学分析的基础。该 BioProject 记录本身并不直接存储所有数据文件，而是提供指向不同数据类型的链接，用户可以通过这些链接访问具体的测序数据。关于测序的具体平台、读长、覆盖度、样本数量等详细技术参数，源站未提供。
【采集与来源】
该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，具体为 NCBI 的 BioProject 数据库。BioProject 记录由单一组织或联盟提交，用于描述一个研究计划。该数据集的源站标题为“ID 1424539 - BioProject - NCBI”，表明其标识符为 1424539。关于样本采集的具体地点、时间、受试者信息、伦理审批等细节，源站未提供。数据由原始研究团队提交至 NCBI，并通过 BioProject 系统进行公开或受控访问。
【适用场景】
该数据集适用于肺癌相关的基础与转化研究，尤其是非小细胞肺癌（NSCLC）的液体活检领域。研究人员可以利用这些原始测序读段进行ctDNA突变检测、拷贝数变异分析、甲基化模式探索或肿瘤负荷评估等。此外，该数据集也可用于开发和验证基于血浆ctDNA的基因组生物标志物，例如用于早期诊断、疗效监测或耐药机制研究。由于数据为原始读段，适合具备生物信息学分析能力的用户进行二次分析。该数据集还可用于方法学比较、流程基准测试或与其他NSCLC ctDNA数据集进行整合分析。
【使用方法】
用户可通过 NCBI BioProject 数据库访问该记录（ID 1424539），并从中获取指向原始测序读段的链接。通常，原始读段数据会存储在 NCBI 的序列读取存档（SRA）中，用户可以使用 SRA Toolkit 等工具下载 FASTQ 或 SRA 格式文件。下载后，用户可按照标准流程进行质量控制、比对、变异 calling 等分析。具体分析步骤取决于研究目的，例如使用 GATK、MuTect2、VarScan 等工具进行体细胞突变检测。由于该数据集为原始读段，用户需要自行完成数据处理和解释。关于数据的具体下载方式、文件大小、访问权限等，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集的质量取决于原始测序数据的质量，包括测序深度、读长、碱基质量分数等。由于是原始读段，可能包含接头污染、低质量碱基、重复序列等，需要用户进行预处理。此外，该数据集仅包含原始测序读段，不包含经过处理的变异列表或临床注释，用户需自行完成分析。关于样本量、测序平台、覆盖度、是否包含对照样本等信息，源站未提供。因此，用户在使用时应评估数据是否满足其研究需求，并注意可能存在的批次效应或技术偏差。该数据集不提供临床元数据，如患者年龄、性别、分期、治疗信息等，源站未提供。
【引用与许可】
使用该数据集时，应引用对应的 BioProject 记录（ID 1424539）以及原始研究团队的相关发表物。关于该数据集的具体引用格式、许可协议、使用限制等，源站未提供。用户应遵循 NCBI 的数据使用政策和原始数据提交者的要求。通常，NCBI 的数据是公开可用的，但某些受控访问数据可能需要申请授权。建议用户在使用前仔细阅读 BioProject 页面上的相关说明，并遵守学术规范。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1424539
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
免疫检查点抑制剂（ICIs）改善了晚期非小细胞肺癌（NSCLC）的治疗效果，但预测性生物标志物仍不尽理想。基于血液的肿瘤突变负荷（bTMB）捕捉到了部分信号，但其临床表现并不一致。通过自动化、人工智能驱动的平台（AIRGenomics）对血浆来源的ctDNA进行全外显子组测序（WES）分析，可能揭示与免疫治疗应答或耐药相关的更广泛基因组模式。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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