PRJNA1418994：瘤内细菌来源的7,8,4-三羟基异黄酮驱动PTEN介导的非小细胞肺癌淋巴转移
该数据集来自 NCBI BioProject（ID 1418994），主题为瘤内细菌来源的 7,8,4-三羟基异黄酮驱动 PTEN 介导的非小细胞肺癌淋巴转移
基本信息
资源简介
PRJNA1418994：瘤内细菌来源的7,8,4-三羟基异黄酮驱动PTEN介导的非小细胞肺癌淋巴转移
该数据集对应 NCBI BioProject 编号 1418994，英文名称为“PRJNA1418994: Intratumor bacteria-derived 7,8,4-trihydroxyisoflavone drives PTEN-mediated lymphatic metastasis of non-small cell lung cancer”。从名称可以看出，其研究主题聚焦于瘤内细菌来源的 7,8,4-三羟基异黄酮，以及该物质如何驱动由 PTEN 介导的非小细胞肺癌淋巴转移。数据集在源站被归类为肿瘤 / 肺癌方向，主题标签为“Raw sequence reads”，说明其核心数据形式为原始序列读长。该数据集来自 NCBI BioProject，源站标题为“ID 1418994 - BioProject - NCBI”，整体属于生物项目记录，用于汇集与同一研究计划相关的多种数据类型，便于用户在一个入口下查找和访问该项目产生的数据。
【数据集背景】
该数据集所属的研究方向为非小细胞肺癌的淋巴转移机制，尤其关注瘤内细菌代谢产物与 PTEN 通路之间的关联。源站描述指出，BioProject 是围绕单一研究计划汇集生物数据的记录，这些数据来自单一机构或联合体；BioProject 记录为用户提供一个统一位置，以查找该项目所产生的不同类型数据。因此，该数据集并非单一实验的原始文件集合，而是一个项目级入口，用于组织与“瘤内细菌来源的 7,8,4-三羟基异黄酮驱动 PTEN 介导的非小细胞肺癌淋巴转移”这一研究主题相关的生物数据。其分类落在肿瘤 / 肺癌领域，主题标签为“Raw sequence reads”，表明项目包含原始测序读长数据。
【数据内容】
该数据集的主题标签为“Raw sequence reads”，说明其数据内容以原始序列读长为主。源站标题显示其为 NCBI BioProject 下的项目记录，编号为 1418994。除原始序列读长这一标签外，源站未提供更细的数据类型、样本数量、物种、测序平台、读长长度、文件格式或数据量等信息。数据集英文名称中提及的“7,8,4-trihydroxyisoflavone”“PTEN”“lymphatic metastasis”“non-small cell lung cancer”等关键词，反映了项目的研究主题，但源站未提供这些关键词对应的具体实验数据字段或结果指标。
【采集与来源】
该数据集来源于 NCBI BioProject，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。源站标题为“ID 1418994 - BioProject - NCBI”。根据源站描述，BioProject 记录来自单一机构或联合体，围绕单一研究计划汇集生物数据。除上述来源信息外，源站未提供该项目的具体提交机构、联合体名称、样本采集地点、采集时间、伦理审批信息或测序机构等细节。
【适用场景】
该数据集适用于需要查找与“瘤内细菌来源的 7,8,4-三羟基异黄酮驱动 PTEN 介导的非小细胞肺癌淋巴转移”相关原始序列读长的用户。由于其为 BioProject 项目记录，用户可将其作为入口，定位该项目下汇集的多种数据类型。其肿瘤 / 肺癌分类和“Raw sequence reads”标签，也使其可用于肺癌转移机制、瘤内细菌代谢产物与宿主信号通路交互等方向的生物信息学分析或数据检索。源站未提供更具体的适用场景说明。
【使用方法】
用户可通过 NCBI BioProject 记录 ID 1418994 访问该数据集，并借助 BioProject 提供的统一入口查找该项目关联的不同数据类型。由于主题标签为“Raw sequence reads”，使用者可能需要按照原始测序读长的常规处理流程进行后续分析，例如质控、比对或定量等。源站未提供该数据集的具体下载方式、文件组织方式、推荐分析流程或配套工具。
【质量与限制】
该数据集为 NCBI BioProject 项目记录，源站描述强调其作用是汇集与单一研究计划相关的生物数据，并提供查找不同数据类型的统一位置。其主题标签为“Raw sequence reads”，说明数据以原始序列读长为主，通常需要使用者自行完成后续处理与质量控制。源站未提供该数据集的质量评估指标、完整性说明、已知偏差、使用限制或技术验证信息。
【引用与许可】
源站未提供该数据集的引用方式、许可协议、使用条款或授权信息。用户如需引用或使用，应参考 NCBI BioProject 记录 ID 1418994 的官方页面及相关数据提交方的要求。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1418994
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
淋巴结（LN）转移是非小细胞肺癌（NSCLC）的主要不良预后因素。近年来，肿瘤内微生物群被认定为肿瘤微环境（TME）中影响肿瘤进展的关键组成部分，但其在淋巴结（LN）转移中的作用仍不清楚。研究对70例NSCLC患者的样本进行16S rRNA测序，以比较淋巴结阴性与阳性病例之间的肿瘤内微生物群。采用基于细胞的实验、类器官和小鼠腘窝淋巴转移模型，探讨肿瘤内微生物群对NSCLC淋巴转移的影响。利用代谢组学、小分子拉下实验、生物层干涉术（BLI）、RNA-seq和ChIP-qPCR阐明潜在机制。鞘氨醇单胞菌在淋巴结阴性肿瘤组织中富集，通过其代谢物7,8,4-三羟基异黄酮（THIF）抑制NSCLC迁移和侵袭。THIF与HDAC7结合，并使其在PTEN启动子处的去乙酰化酶活性失活。这导致PTEN持续表达，随后下调PI3K-Akt信号通路。结果，NSCLC细胞侵袭和淋巴播散被显著抑制。
结论：我们的研究揭示了NSCLC中一条新的微生物群-表观遗传-信号轴，即瘤内鞘氨醇单胞菌通过THIF介导的HDAC7抑制及随后的PTEN上调来抑制淋巴结转移。鞘氨醇单胞菌和THIF可能作为转移性NSCLC的潜在治疗候选物。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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