PRJNA1417543:异银杏素靶向MTHFD2诱导非小细胞肺癌ROS介导凋亡
数据以 Raw sequence reads 形式提供,属于肿瘤/肺癌研究范畴。可用于探索异银杏素通过 MTHFD2 影响活性氧水平并触发凋亡的分子机制,支持转录组或测序层面的差异表达、通路富集与靶点验证等分析,为肺癌治疗潜在靶点研究提供原始测序数据基础(来源 NCBI)

基本信息
资源简介
PRJNA1417543:异银杏素靶向MTHFD2诱导非小细胞肺癌ROS介导凋亡
PRJNA1417543 数据集围绕异银杏素(isoginkgetin)靶向 MTHFD2 诱导非小细胞肺癌中活性氧介导的凋亡这一研究方向展开,属于肿瘤/肺癌领域。该数据集以原始测序读段(Raw sequence reads)的形式提供数据,来源于 NCBI 的 BioProject 数据库,项目编号为 1417543。其核心价值在于为探索异银杏素通过 MTHFD2 影响活性氧水平并触发凋亡的分子机制提供原始测序数据基础,可支撑转录组或测序层面的差异表达分析、通路富集分析以及潜在靶点验证等工作,服务于肺癌治疗潜在靶点的研究。
【数据集背景】
该数据集对应的研究主题为异银杏素靶向 MTHFD2 诱导非小细胞肺癌中活性氧介导的凋亡。非小细胞肺癌是肺癌的主要类型之一,寻找有效的治疗靶点与阐明药物作用机制是该领域的重要方向。MTHFD2 作为研究中的关键靶点,与活性氧水平及细胞凋亡过程相关联。该数据集由 NCBI 的 BioProject 收录,项目编号为 1417543,其英文标题为“Effect of isoginkgetin on targeting MTHFD2 to induce ROS-mediated apoptosis in non-small cell lung cancer”。BioProject 是围绕单一研究计划、来自单一组织或联合体的一组生物学数据的集合,为用户提供查找该项目所产生的多种数据类型链接的统一入口。
【数据内容】
该数据集的主题标签为“Raw sequence reads”,即数据以原始测序读段的形式提供。这意味着数据内容属于测序产生的原始序列读取结果,而非经过加工处理的表达矩阵或注释文件。基于这一数据形式,该数据集可用于转录组或测序层面的差异表达分析、通路富集分析以及靶点验证等分析工作。数据集所属分类为肿瘤/肺癌,与异银杏素、MTHFD2、活性氧及凋亡等研究要素相关。除上述信息外,源站未提供更详细的数据内容说明。
【采集与来源】
该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,源站标题为“ID 1417543 - BioProject - NCBI”。数据由 NCBI 的 BioProject 数据库收录并提供访问。BioProject 记录的作用是提供一个统一位置,使用户能够找到为该项目生成的多种数据类型所对应的链接。该项目的英文名称明确指向异银杏素靶向 MTHFD2 诱导非小细胞肺癌中活性氧介导凋亡的研究。关于具体的样本采集方式、实验流程、测序平台及组织来源等信息,源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于肿瘤/肺癌相关研究,尤其是围绕异银杏素通过 MTHFD2 影响活性氧水平并触发凋亡这一分子机制的探索。具体而言,可用于转录组或测序层面的差异表达分析,以识别在药物处理或靶点干预条件下发生表达变化的基因;可用于通路富集分析,以揭示与活性氧及凋亡相关的生物学通路;还可用于靶点验证等分析,为肺癌治疗潜在靶点的研究提供原始测序数据基础。由于数据以原始测序读段形式提供,使用者可根据自身分析需求进行相应的数据处理与挖掘。
【使用方法】
该数据集以原始测序读段形式提供,使用者通常需要先对原始读段进行质量控制、比对或组装等预处理,再开展后续的差异表达、通路富集或靶点验证分析。由于数据来源于 NCBI 的 BioProject 数据库,用户可通过该项目的 BioProject 记录获取指向相关数据类型的链接,进而下载所需数据。关于具体的分析流程、软件参数及操作步骤,源站未提供。
【质量与限制】
该数据集以原始测序读段形式提供,属于未经加工的原始数据,其后续分析结果依赖于使用者的处理流程与参数选择。该数据集所属分类为肿瘤/肺癌,研究主题聚焦于异银杏素靶向 MTHFD2 诱导非小细胞肺癌中活性氧介导的凋亡。关于数据的具体质量指标、测序深度、重复次数、样本量及潜在偏差等信息,源站未提供。
【引用与许可】
该数据集来源于 NCBI 的 BioProject 数据库,项目编号为 1417543,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。关于该数据集的具体引用方式、许可条款及使用限制,源站未提供。
下载信息
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需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
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提供高速下载与技术交付服务(收技术服务费,非数据销售)
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使用方式
数据集获取
源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1417543
标准获取流程:
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- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
目的:本研究探讨了异银杏双黄酮在非小细胞肺癌中的抗肿瘤活性,并探索了其分子靶点及潜在机制。方法:采用基于细胞的实验评估异银杏双黄酮对非小细胞肺癌细胞生长、迁移、凋亡及上皮-间质转化(EMT)的影响。通过转录组分析和氧化还原分析评估机制通路。靶点鉴定涉及计算机模拟筛选、细胞热位移实验,并通过亚甲基四氢叶酸脱氢酶2(MTHFD2)过表达进行功能验证。在非小细胞肺癌异种移植模型中进一步检测了抗肿瘤疗效。
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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