基本信息

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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

KIFC1敲低后NIH-H146小细胞肺癌细胞转录组分析

该数据集为 NCBI BioProject 收录的 PRJNA1417272 项目，英文名称为 Transcriptome profiling of NIH-H146 small-cell lung cancer cells after KIFC1 knockdown。项目针对 NIH-H146 小细胞肺癌细胞在 KIFC1 敲低后的转录组进行测序分析，数据类型为原始序列读长（Raw sequence reads）。本站将其归类为肿瘤 / 肺癌方向。BioProject 是围绕单一研究计划汇集生物数据的记录形式，来源于单一机构或联合体，并为用户提供统一入口，以查找该项目所产生的多种数据类型。该数据集的核心价值在于为研究 KIFC1 敲低对 NIH-H146 小细胞肺癌细胞转录组的影响提供原始测序数据基础。

【数据集背景】

该数据集对应 NCBI BioProject 数据库中的 PRJNA1417272 项目。BioProject 作为生物数据集合，通常围绕一个明确的研究计划组织，来源可以是单一组织，也可以是一个联合体。其记录形式旨在为用户提供一个统一的位置，以发现和访问同一项目下产生的不同类型数据。本项目聚焦于小细胞肺癌相关细胞系，具体为 NIH-H146 细胞，并围绕 KIFC1 敲低这一实验条件展开转录组层面的测序分析。本站将该数据集归入肿瘤 / 肺癌分类，主题标签为原始序列读长。关于该项目的具体研究机构、资助来源、实验设计细节及生物学假设，源站未提供。

【数据内容】

该数据集的数据类型为原始序列读长（Raw sequence reads），即转录组测序产生的原始读长数据。项目英文名称表明其内容为 NIH-H146 小细胞肺癌细胞在 KIFC1 敲低后的转录组分析。因此，数据内容在概念上对应 KIFC1 敲低条件下 NIH-H146 细胞的转录组测序读长。关于样本数量、测序平台、读长长度、测序深度、文件格式、数据量大小、是否包含对照组或重复样本等信息，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于 NCBI BioProject，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。项目编号为 PRJNA1417272，源站标题为 ID 1417272 - BioProject - NCBI。BioProject 记录通常汇集与单一研究计划相关的生物数据，这些数据可能来自单一组织或联合体。关于样本采集的具体方法、细胞培养条件、KIFC1 敲低的具体手段、RNA 提取与建库流程、测序仪器型号及测序服务提供方等信息，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于与小细胞肺癌转录组相关的研究场景，尤其是涉及 NIH-H146 细胞系以及 KIFC1 基因敲低影响的探索性分析。原始序列读长可用于转录组数据的重新分析、基因表达定量、差异表达分析、通路富集分析等常见下游任务。此外，该数据也可作为小细胞肺癌分子机制研究中与 KIFC1 相关的数据资源，用于方法比较、数据整合或元分析等用途。关于该数据集是否适用于临床诊断、药物开发或特定转化医学场景，源站未提供。

【使用方法】

该数据集以原始序列读长形式提供，用户通常需要从 NCBI BioProject 对应记录出发，查找并获取该项目关联的原始测序数据。常见使用流程包括：下载原始读长文件，进行质量控制与过滤，比对到参考基因组或转录组，进而开展表达定量与差异分析等。由于该数据集属于 BioProject 记录，用户可通过其提供的统一入口定位到项目所生成的不同数据类型。关于具体的下载链接、数据访问方式、是否需要特殊权限、推荐分析流程或配套工具，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集的主题标签为原始序列读长，表明其提供的是未经处理的测序读长，而非已定量或已注释的表达矩阵。原始读长的质量取决于建库与测序过程，但关于该项目的具体质量指标、污染评估、批次效应、重复性、对照设置及数据完整性等信息，源站未提供。此外，该数据集仅针对 NIH-H146 小细胞肺癌细胞在 KIFC1 敲低后的转录组进行测序分析，其结论是否可推广至其他细胞系、其他基因敲低条件或其他肺癌亚型，源站未提供。用户在使用时应结合自身研究目的评估适用性。

【引用与许可】

该数据集来自 NCBI BioProject，项目编号为 PRJNA1417272。关于该数据集的引用方式、许可协议、使用条款、是否允许再分发或商业使用等信息，源站未提供。用户在使用该数据集时，应参考 NCBI BioProject 及相应数据记录中可能附带的引用与许可要求。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE318538

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1417272

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本项目包含来自人小细胞肺癌细胞系（NCI-H146）的RNA测序数据，该细胞系分别转染了阴性对照siRNA或靶向KIFC1的siRNA。转染后两天提取总RNA。本研究旨在探究与KIFC1敲低相关的转录变化。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别