PRJNA1406830:人类肠道微生物组

该数据集为 NCBI BioProject 编号 PRJNA1406830 的人类肠道微生物组项目,主题标签为 Raw sequence reads,本站将其归入肿瘤/肺癌分类

sra
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基因组分类Raw sequence reads
PRJNA1406830: human gut microbiome

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

PRJNA1406830:人类肠道微生物组

PRJNA1406830 是一个收录于 NCBI BioProject 数据库的人类肠道微生物组项目,其源站标题标注为 ID 1406830 - BioProject - NCBI,主题标签为 Raw sequence reads。该项目在本站被归入肿瘤 / 肺癌分类。BioProject 是围绕某一项研究计划而汇集的一组生物学数据,这些数据来自单一机构或某个联合体;每条 BioProject 记录为用户提供一个统一入口,用以查找该项目所产生的多种类型数据之间的链接。就本项目而言,其核心指向人类肠道微生物组的原始序列读段数据,可通过 NCBI 的 BioProject 记录获取相关数据的访问线索。

【数据集背景】

该数据集对应的是一项以人类肠道微生物组为对象的研究计划,在 NCBI 中以 BioProject 的形式登记,编号为 PRJNA1406830。BioProject 的定位是围绕单一研究计划汇集生物学数据,其来源可以是单一组织,也可以是某个联合体。此类记录并不直接承载全部实验数据,而是作为索引与入口,帮助使用者定位该项目所生成的不同类型数据。本站将该数据集归入肿瘤 / 肺癌分类,说明其在站内的组织体系中与肿瘤、肺癌这一主题方向相关联。关于该研究计划的具体发起机构、所属联合体、资助来源以及研究背景的详细说明,源站未提供。

【数据内容】

该数据集的主题标签为 Raw sequence reads,即原始序列读段。这表明项目所涉及的数据类型以测序产生的原始读段为主。结合项目名称中的人类肠道微生物组指向,这些原始序列读段应来自对人类肠道微生物组样本的测序。关于具体的测序平台、读长、样本数量、数据量、目标基因或区域、以及是否包含组装或注释结果等信息,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov,即 NCBI 的 BioProject 数据库。其源站描述说明了 BioProject 的一般性质:它是与单一研究计划相关的生物学数据的集合,来自单一组织或联合体,并为用户提供查找该项目所生成多种数据类型链接的统一位置。关于本项目样本采集的地理位置、人群特征、采样时间、伦理审批以及具体提交机构等信息,源站未提供。

【适用场景】

基于其作为 BioProject 记录以及主题标签为原始序列读段的性质,该数据集可用于查找和获取与人类肠道微生物组相关的原始测序数据。使用者可借助该记录定位项目所关联的数据类型与资源入口。由于本站将其归入肿瘤 / 肺癌分类,该数据集也可能被用于与肿瘤、肺癌方向相关的数据检索与整合场景。关于该数据集在具体研究中的适用性、可支持的特定分析类型或结论,源站未提供。

【使用方法】

使用者可通过 NCBI BioProject 记录访问该项目,利用 BioProject 提供的统一入口查找该项目所生成的不同类型数据及其链接。由于主题标签为 Raw sequence reads,获取的数据形式以原始序列读段为主,后续通常需要结合相应的生物信息学流程进行处理与分析。关于本项目数据的具体下载方式、文件格式、处理流程或推荐工具,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集以 BioProject 记录形式存在,其作用是汇集与索引某一研究计划相关的数据,而非直接提供完整的实验描述或分析结论。因此,使用者在依赖该记录时,需注意其本身并不等同于完整的数据与分析文档。关于该数据集的数据质量、覆盖度、批次效应、样本代表性以及使用上的具体限制,源站未提供。

【引用与许可】

该数据集来源于 NCBI BioProject,编号为 PRJNA1406830。关于该数据集的引用方式、许可条款、使用限制以及数据再分发规定,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1406830

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本研究主要关注肺癌患者与健康个体相比的肠道微生物组特征及变化分析,旨在识别潜在的特征性生物标志物。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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