基本信息

模态

基因组

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

人类肠道宏基因组原始序列读长

PRJNA1406661 是一个以“human gut metagenome Raw sequence reads”为英文名称的公开数据集条目，收录于 NCBI 的 BioProject 数据库，源站标题为“human gut metagenome (ID 1406661) - BioProject - NCBI”。该条目围绕人类肠道宏基因组（human gut metagenome）的原始测序读段（Raw sequence reads）组织，属于生物项目（BioProject）类型的记录。BioProject 是围绕某一项研究计划而建立的生物数据集合，通常由单一机构或联合体发起，其记录的作用是为用户提供一个集中入口，以便查找该项目所产生的多种类型数据及其相关链接。本站将该数据集归入肿瘤 / 肺癌分类，主题标签为原始测序读段。整体而言，该条目本身是一个项目级的索引与汇聚记录，而非单一的分析结果文件，用户可据此进一步定位该项目下的原始序列数据及相关资源。

【数据集背景】

该数据集对应的是一条 BioProject 记录，编号为 1406661，英文名称为“human gut metagenome Raw sequence reads”。BioProject 的定位是：围绕单一研究计划、由单一机构或联合体发起的一批生物数据的集合。它并不等同于某一个具体的测序样本或某一份分析报告，而是为该项目所生成的各种数据类型提供统一的查找入口。因此，该条目的背景意义在于项目层面的组织与索引，帮助使用者从项目维度理解数据的来源与归属。就本站分类而言，该数据集被归入肿瘤 / 肺癌方向，主题标签为原始测序读段，说明其数据形态以测序仪直接产出的读段为主。关于该项目的具体研究目标、发起机构名称、所属联合体构成等更细的背景信息，源站未提供。

【数据内容】

从名称与主题标签可以看出，该数据集的内容为人类肠道宏基因组的原始测序读段。原始测序读段通常指测序平台直接输出的碱基序列片段，尚未经过拼接、注释或生物学解读，属于下游分析的基础素材。宏基因组（metagenome）意味着样本中可能包含多种微生物的遗传物质，而非单一纯培养生物的基因组。该 BioProject 记录本身提供的是指向该项目所生成各类数据的链接入口，用户可由此找到与该项目相关的数据资源。关于具体的读段数量、测序读长、数据量大小、样本个数、测序平台型号等信息，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于 NCBI（美国国家生物技术信息中心）的 BioProject 数据库，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。BioProject 记录的产生方式，是围绕由单一机构或联合体发起的一项研究计划，汇集该项目所产生的多种数据类型。就本条目而言，其主题为人类肠道宏基因组，数据形态为原始测序读段。关于样本采集的具体地点、时间、人群特征、伦理审批信息，以及发起机构或联合体的名称，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于需要从项目层面获取人类肠道宏基因组原始测序读段的场景。例如，研究者若希望基于原始读段开展微生物群落组成分析、功能潜力挖掘或与其他宏基因组数据进行比较，可将该 BioProject 作为数据入口，进而定位其下的原始序列数据。由于本站将其归入肿瘤 / 肺癌分类，该数据也可能被用于与肿瘤或肺癌相关的微生物组研究背景中。此外，BioProject 记录本身也适合用于数据溯源与项目级引用，帮助使用者了解某一研究计划下数据类型的整体分布。关于该数据集是否已被用于特定疾病关联分析或特定研究成果，源站未提供。

【使用方法】

使用该数据集时，通常先访问 NCBI BioProject 数据库中编号为 1406661 的记录页面，即标题为“human gut metagenome (ID 1406661) - BioProject - NCBI”的条目。该记录提供指向该项目所生成各类数据的链接，用户可据此跳转至相应的原始测序读段数据资源。由于 BioProject 是项目级入口，实际的数据下载、格式转换与后续分析需在链接指向的具体数据页面中完成。关于下载方式、文件格式、是否需要专用工具或权限等操作细节，源站未提供。

【质量与限制】

该条目为 BioProject 项目级记录，其核心功能是汇集链接与提供入口，而非直接承载经过质控或分析的结果数据。因此，使用者在引用或分析前，需要自行前往其链接的具体数据资源处确认数据质量与完整性。原始测序读段本身通常需要经过质控、去接头、去宿主等处理后才适合下游分析。关于该项目的样本质量、测序质量、数据完整性、是否存在批次效应等具体质量指标，源站未提供。此外，本站将其归入肿瘤 / 肺癌分类，但该分类与项目实际研究内容的对应关系，源站未提供进一步说明。

【引用与许可】

该数据集来自 NCBI BioProject 数据库，源站为 ncbi.nlm.nih.gov，条目编号为 1406661。在学术使用中，引用此类 BioProject 记录时，通常应注明项目编号与数据库来源。关于该数据集的具体许可条款、使用限制、是否允许再分发或商业使用等信息，源站未提供。使用者在下载与使用相关数据前，应查阅源站页面及其链接资源所附的许可与使用政策。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJNA1406661

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1406661

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本研究主要关注肺癌患者与健康个体相比的肠道微生物组特征及变化分析，旨在识别潜在的特征性生物标志物。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别