基本信息

模态

基因组

任务类型

预测

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA1403600：微生物组生物标志物预测晚期非小细胞肺癌免疫治疗反应

该数据集对应 NCBI BioProject 编号 1403600，英文名称为“MICROBIOTA BIOMARKERS AS PREDICTORS OF IMMUNOTHERAPY RESPONSE IN PATIENTS WITH ADVANCED NON-SMALL CELL LUNG CANCER”。从名称可以看出，该项目的核心关注点是微生物组生物标志物与晚期非小细胞肺癌患者免疫治疗反应之间的预测关系。数据集在分类上归属于肿瘤 / 肺癌方向，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，主题标签为“Raw sequence reads”。整体而言，这是一个围绕肺癌免疫治疗与微生物组关联研究而组织的生物项目数据集合，适合对该方向感兴趣的科研人员进一步查阅和利用。

【数据集背景】

该数据集来自 NCBI BioProject，源站标题为“ID 1403600 - BioProject - NCBI”。BioProject 是围绕某一项研究计划或倡议而汇集生物数据的集合，这些数据通常来自单一机构或联合体。BioProject 记录为用户提供一个统一入口，以便查找该项目所产生的多种类型数据。就本项目而言，其研究主题聚焦于晚期非小细胞肺癌患者接受免疫治疗时，微生物组生物标志物是否能够作为治疗反应的预测因子。这一主题属于肿瘤学与微生物组交叉的研究方向，本站将其归类为肿瘤 / 肺癌。

【数据内容】

该数据集的主题标签为“Raw sequence reads”，表明其数据内容涉及原始测序读段。项目英文名称明确指向微生物组生物标志物与晚期非小细胞肺癌免疫治疗反应预测，因此这些原始测序读段应服务于该研究主题。除主题标签和项目名称所反映的信息外，关于具体样本数量、测序平台、读段长度、数据量、文件格式等细节，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于 NCBI BioProject，源站为 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为“ID 1403600 - BioProject - NCBI”。BioProject 记录本身是围绕单一研究计划或倡议组织起来的生物数据集合，可能来自单一机构或联合体。关于本项目的具体采集地点、采集时间、受试者招募方式、样本类型、机构名称或联合体成员等采集层面的详细信息，源站未提供。

【适用场景】

基于项目名称和主题标签，该数据集适用于与晚期非小细胞肺癌免疫治疗反应预测相关的研究场景，尤其是涉及微生物组生物标志物探索、原始测序读段分析的方向。研究人员可将其作为该 BioProject 所组织数据的入口，查找与该项目相关的多种数据类型。关于更具体的适用场景，如是否可用于特定队列验证、是否适合某类分析流程等，源站未提供。

【使用方法】

该数据集可通过 NCBI BioProject 记录进行访问，用户可借助 BioProject 提供的统一入口查找该项目所生成或关联的多种数据类型。由于主题标签为“Raw sequence reads”，使用过程中可能涉及对原始测序读段的获取与处理。关于具体的下载方式、数据处理步骤、分析工具或流程要求，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来自 NCBI BioProject，属于围绕单一研究计划组织的生物数据集合。其主题标签为“Raw sequence reads”，项目名称指向微生物组生物标志物与晚期非小细胞肺癌免疫治疗反应预测。关于数据质量评估指标、覆盖度、完整性、批次效应、样本代表性或使用限制等具体信息，源站未提供。

【引用与许可】

该数据集来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为“ID 1403600 - BioProject - NCBI”。关于该数据集的引用方式、许可条款、使用协议或授权要求，源站未提供。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJNA1403600

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1403600

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本研究旨在描述晚期非小细胞肺癌（NSCLC）患者肿瘤内微生物群的特征，以评估其对免疫治疗结局的预测价值。研究队列由41例接受抗PD-1或抗PD-L1免疫检查点抑制剂（ICIs）治疗的患者组成，治疗方式为单药治疗或联合化疗。在方法学方面，采用基于柱式纯化试剂盒提取DNA后，通过Ion Torrent技术进行16S扩增子测序分析微生物群。主要目标是将特定的肿瘤内细菌特征与临床终点相关联，包括总生存期（OS）、无进展生存期（PFS）和客观缓解率（ORR）。本研究识别出新的微生物评分（KBUBe和OSAA），可作为治疗疗效的潜在生物标志物。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别