基本信息

模态

时间序列

任务类型

回归

创建/更新时间

2026-10-21

资源简介

PRJNA1400248：Homo sapiens 原始序列读段

PRJNA1400248 是一个公开于 NCBI 的 Homo sapiens 原始序列读段数据集，按本站分类归属于肿瘤 / 肺癌方向。根据源站描述，该数据集围绕 A549 肺癌细胞展开，通过 RNA-seq 技术对 TGF-beta 诱导以及 TXNRD1 缺失条件下的表达谱进行检测，因此其核心内容是一批来源于人肺癌细胞系的原始测序读段。该数据集的主题标签为 Raw sequence reads，表明其提供的是未经深度加工的高通量测序原始数据，适合有生物信息学分析能力的用户自行完成比对、定量与差异表达等后续处理。整体而言，该数据集可用于探索肺癌细胞中 TGF-beta 信号通路与 TXNRD1 基因功能之间的转录组关联。

【数据集背景】

该数据集来自 NCBI，属于肿瘤 / 肺癌分类。源站描述指出其研究背景为 A549 肺癌细胞中 TGF-beta 诱导与 TXNRD1 缺失的 RNA-seq 表达谱分析。TGF-beta 是一种在肿瘤发生、发展和转移中具有复杂作用的信号分子，而 TXNRD1 是硫氧还蛋白还原酶家族成员，参与细胞内氧化还原平衡调控。该数据集正是围绕这两个因素在 A549 肺癌细胞中的转录组响应而生成。关于该研究的具体立项背景、实验假设及更详细的生物学机制，源站未提供。

【数据内容】

该数据集的内容为 Homo sapiens 的原始序列读段，主题标签为 Raw sequence reads。源站描述明确其属于 RNA-seq profiling，即 RNA 测序表达谱分析，涉及 TGF-beta 诱导和 TXNRD1 缺失两种实验条件。因此，数据内容应包含对应条件下 A549 肺癌细胞的 RNA-seq 原始读段。关于样本数量、测序平台、读长、测序深度、文件格式与数据量等具体信息，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于 NCBI，源站为 ncbi.nlm.nih.gov。其英文名称为 PRJNA1400248: Homo sapiens Raw sequence reads。生物样本为 Homo sapiens，细胞模型为 A549 肺癌细胞。关于样本采集时间、地点、伦理审批信息、实验操作流程及测序服务提供方等，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于肿瘤 / 肺癌方向的转录组研究，尤其是关注 TGF-beta 信号通路与 TXNRD1 基因功能的研究者。用户可利用这些原始序列读段开展质控、比对、表达定量、差异表达分析、可变剪接分析以及通路富集等生物信息学工作，从而探索 TXNRD1 缺失是否影响 A549 细胞对 TGF-beta 诱导的转录响应。此外，该数据集也可作为肺癌细胞系 RNA-seq 分析的参考数据之一。关于该数据集是否适用于其他特定研究目的，源站未提供。

【使用方法】

由于该数据集提供的是原始序列读段，使用者通常需要自行完成一系列标准分析流程，包括原始数据质控、去除低质量读段与接头、比对到人类参考基因组、转录本定量以及后续的差异表达与功能富集分析。具体使用时应结合实验设计，区分 TGF-beta 诱导与 TXNRD1 缺失的不同条件，并进行相应的统计比较。关于源站是否提供配套的分析流程、预处理数据或标准操作指南，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为原始序列读段，其质量取决于测序过程本身，用户需自行进行质控评估。由于源站未提供样本数量、测序深度、重复设置、批次信息及详细的实验条件说明，使用者在解释结果时需谨慎，避免过度推断。此外，该数据集基于 A549 细胞系，属于体外模型，其结果不能直接等同于临床肺癌组织的真实情况。关于该数据集的具体质量指标与已知限制，源站未提供。

【引用与许可】

该数据集来自 NCBI，源站为 ncbi.nlm.nih.gov。关于该数据集的引用方式、许可协议、使用条款及是否允许商业用途等，源站未提供。建议使用者在使用前访问 NCBI 源站页面，查阅相关的数据使用政策与引用要求。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJNA1400248

访问原始数据

官方服务

专家保障全链路合规授权与标注交付

陕川双基地 × 超十家三甲医院直连

从合规授权、采集治理、专业标注到数据集交付，我们提供全链路闭环服务，让高质量临床数据即拿即用。

⚡️ 需要原始数据或标注支持？联系我们获取定制方案。

帮我联系

下载信息

注册下载

需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。

暂未开放

公开下载

无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。

免登录

有偿下载

公开数据集受托下载与技术交付服务。

提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）

暂未开放

当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1400248

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

RNA-seq profiling of TGF-beta induction and TXNRD1 loss in A549 lung cancer cells.

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别