PRJNA1367908:piRNA 在头颈部鳞状细胞癌进展中机制的初步探索

该数据集来自 NCBI,围绕头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)中 piRNA 的作用机制开展初步探索。研究对 HNSCC 患者的肿瘤组织及配对癌旁非肿瘤组织进行 piRNA 转录组分析,转录组结果显示肿瘤组织与配对癌旁正常组织之间 piRNA 表达存在显著差异

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基因组分类Raw sequence reads
PRJNA1367908: Preliminary exploration of the mechanism of pirna in the progression of head and neck squamous cell carcinoma

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

PRJNA1367908:piRNA 在头颈部鳞状细胞癌进展中机制的初步探索

PRJNA1367908 数据集来自 NCBI,围绕头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)中 piRNA 的作用机制开展初步探索。研究对 HNSCC 患者的肿瘤组织及配对癌旁非肿瘤组织进行 piRNA 转录组分析,转录组结果显示肿瘤组织与配对癌旁正常组织之间 piRNA 表达存在显著差异。该数据集的主题标签为 Raw sequence reads,属于肿瘤研究领域,可为 HNSCC 中 piRNA 表达特征及相关机制研究提供原始测序数据基础。

【数据集背景】

头颈部鳞状细胞癌是头颈部区域最常见的恶性肿瘤,也是全球第六大常见癌症。piRNA 在肿瘤组织中存在失调现象,既可作为癌基因发挥作用,也可作为抑癌因子发挥作用。已有研究证实,piRNA 在多种体细胞肿瘤中具有促进或抑制癌症的双重作用,例如肺癌、乳腺癌、肾癌和肝癌。piRNA 被认为会影响治疗结果,部分 piRNA 已显示出作为诊断或预后生物标志物的潜力。在此背景下,该数据集针对 HNSCC 患者开展 piRNA 转录组分析,以初步探索 piRNA 在 HNSCC 进展中的机制。

【数据内容】

该数据集的主题标签为 Raw sequence reads,即原始序列读段。数据来源于对 HNSCC 患者肿瘤组织及配对癌旁非肿瘤组织进行的 piRNA 转录组分析。转录组结果揭示了肿瘤组织与配对癌旁正常组织之间 piRNA 表达的显著差异。数据集英文名称为“PRJNA1367908: Preliminary exploration of the mechanism of pirna in the progression of head and neck squamous cell carcinoma”,反映了其研究主题为 piRNA 在头颈部鳞状细胞癌进展中的机制初步探索。

【采集与来源】

该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov。研究采集了诊断为 HNSCC 的患者的肿瘤组织及配对的癌旁非肿瘤组织,并对其进行 piRNA 转录组分析。除上述组织类型与来源站点外,样本数量、采集地点、采集时间等具体信息源站未提供。

【适用场景】

基于其原始序列读段的内容与 HNSCC 中 piRNA 转录组分析的研究设计,该数据集适用于探索 HNSCC 肿瘤组织与配对癌旁正常组织之间 piRNA 表达差异的研究场景,也可为 piRNA 作为 HNSCC 诊断或预后生物标志物的潜力研究提供数据基础。此外,鉴于 piRNA 在多种肿瘤中具有促进或抑制癌症的双重作用,该数据集可用于与肺癌、乳腺癌、肾癌、肝癌等其他肿瘤中 piRNA 功能进行比较性研究的场景。具体分析类型与适用范围源站未提供。

【使用方法】

该数据集提供原始序列读段,使用时可围绕肿瘤组织与配对癌旁非肿瘤组织的 piRNA 转录组数据开展表达差异分析。关于数据下载方式、文件格式、预处理流程、分析工具及参数设置等具体使用方法,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为初步探索性研究,其转录组结果仅显示肿瘤组织与配对癌旁正常组织之间 piRNA 表达存在显著差异。样本量、测序深度、数据质控指标、批次效应及验证实验等信息源站未提供。使用时应考虑其初步研究性质及缺乏完整质量指标的限制。

【引用与许可】

该数据集来自 NCBI,其英文名称中包含项目编号 PRJNA1367908。关于引用方式、文献出处、许可协议及使用限制等信息,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1367908

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)是头颈部区域最常见的恶性肿瘤,也是全球第六大常见癌症。piRNA在肿瘤组织中表达失调,可作为癌基因或抑癌基因发挥作用。已证实piRNA在多种体细胞肿瘤(如肺癌、乳腺癌、肾癌和肝癌)中具有促进或抑制癌症的双重作用。piRNA被认为会影响治疗结局,部分piRNA已显示出作为诊断或预后生物标志物的潜力。我们对确诊为HNSCC患者的肿瘤组织及配对的癌旁非肿瘤组织进行了piRNA转录组分析。转录组结果显示,肿瘤组织与配对癌旁正常组织之间的piRNA表达存在显著差异。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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