HTAN MSK 肿瘤微环境中调节性T细胞转录连接性数据集
该数据集来自 HTAN 联盟，采集肺癌样本并开展单细胞 RNA-seq，用于评估各患者样本中 Treg 的存在情况及其与髓系、成纤维细胞和内皮谱系中 mRNA 表达因子使用的关系
基本信息
资源简介
HTAN MSK 肿瘤微环境中调节性T细胞转录连接性数据集
该数据集来自 HTAN 联盟，采集肺癌样本并开展单细胞 RNA-seq，用于评估各患者样本中 Treg 的存在情况及其与髓系、成纤维细胞和内皮谱系中 mRNA 表达因子使用的关系。样本涵盖肺腺癌与正常组织，涉及左右肺多个肺叶，检测平台包括 10x 3' v2、10x 3' v3 和 Visium Spatial Gene Expression V1。数据可用于研究 Treg 与炎症、VEGF 信号基因程序的关联，并探索新的联合癌症治疗策略（来源 cellxgene.cziscience.com）。
【数据内容】
源站描述（机器翻译，仅供参考）：作为 HTAN 联盟的一部分，收集了肺癌样本并进行了单细胞 RNA-seq。这些样本用于评估每位患者样本中 Treg 的存在情况，以及其与髓系、成纤维细胞和内皮谱系中 mRNA 表达因子使用（通过 scHPF 得出）的关系。在人类样本中，较低的 Treg 水平与炎症和 VEGF 信号基因程序相关，这些程序是在 Treg 清除后的小鼠肺腺癌模型中被鉴定出的。疾病：肺腺癌、正常。组织：左肺、左肺下叶、右肺下叶、肺、右肺中叶、右肺、左肺上叶、右肺上叶。检测：10x 3' v2、10x 3' v3、Visium Spatial Gene Expression V1。单细胞数据集（CZ CELLxGENE）。
【主题与分类】
主题标签：lung adenocarcinoma、normal。本站分类：肿瘤/肺癌。
【获取与许可】
源站页面：https://cellxgene.cziscience.com/collections/efd94500-1fdc-4e28-9e9f-a309d0154e21
下载信息
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数据集获取
源站：https://cellxgene.cziscience.com/collections/efd94500-1fdc-4e28-9e9f-a309d0154e21
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- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
作为HTAN联盟的一部分，收集了肺癌样本并进行了单细胞RNA测序。这些样本用于评估每位患者样本中Tregs的存在情况，以及这与髓系、成纤维细胞和内皮谱系中mRNA表达因子使用（通过scHPF得出）的关系。在人类样本中，较低的Tregs水平与在Treg耗竭后的小鼠肺腺癌模型中发现的炎症和VEGF信号基因程序相关。疾病：肺腺癌，正常。组织：左肺，左肺下叶，右肺下叶，肺，右肺中叶，右肺，左肺上叶，右肺上叶。检测方法：10x 3‘ v2，10x 3’ v3，Visium Spatial Gene Expression V1。单细胞数据集（CZ CELLxGENE）。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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