cfDNA检测前瞻性观察性验证用于早期癌症检测与微小残留病灶

数据集获取

源站：https://clinicaltrials.gov/study/NCT05366881

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

疾病：脑癌、乳腺癌、膀胱癌、宫颈癌、结直肠癌、子宫内膜癌、食管癌、胃癌。这是一项观察性病例对照研究，纳入癌症患者和未发现癌症的个体。所有参与者在入组后都将接受临床随访。一部分癌症患者还将接受纵向血液采样，以评估全基因组甲基化组富集平台检测微小残留病灶的能力。这包括I-III期肺癌患者（一级癌症）。在基线时，所有参与者都将提供血液样本和适用的临床数据。一级癌症参与者在完成一线治疗后将接受临床随访和抽血，一线治疗后第一年每3个月一次，之后再随访2年，每6个月一次。所有其他病例可在入组后每年接受一次临床随访，持续3年。对照参与者将从入组起每6个月接受一次临床随访，最长持续3年，以评估癌症状态。

本研究将采用的血液检测是一种高灵敏度的、基于表观基因组学的全基因组甲基化组富集平台。该检测包括对少量游离DNA（cfDNA）进行无亚硫酸氢盐、非降解性的全基因组DNA甲基化谱分析。由cfDNA构建的文库富集甲基化CpG，并保留天然片段长度。随后进行高通量测序。对于所有检测，来自癌症参与者和非癌症参与者的样本将一起运行，以使用申办方确定的方法减少批次效应。液体活检检测的结果将不会返回给临床医生或参与者。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。