转移性癌症患者输注表达新抗原反应性T细胞受体的基因工程自体T细胞

数据集获取

源站：https://clinicaltrials.gov/study/NCT03412877

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

疾病：内分泌肿瘤、非小细胞肺癌、卵巢癌、乳腺癌、胃肠道/泌尿生殖系统癌症、神经内分泌肿瘤、多发性骨髓瘤。
背景：

• 给予自体肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）可使20-25%的转移性黑色素瘤受试者获得完全且持久的消退。近期研究表明，这些TIL主要识别由该癌症表达、且其他黑色素瘤并不共享的独特突变新抗原。
• 将未经分选（bulk）的自体TIL输注给患有多种其他实体瘤（包括胃肠道和泌尿生殖道癌症）的受试者，几乎没有治疗作用，甚至可能全无治疗作用。
• National Cancer Institute Surgery Branch (NCI-SB) 的近期研究表明，来自非黑色素瘤实体瘤的TIL也可能含有可对肿瘤中表达的非共享独特突变新抗原或致癌病毒新抗原产生反应的T细胞。这些T细胞的频率非常低（通常<0.1%），因此难以将突变反应性T细胞分离并扩增至有效治疗所需的水平。
• 在一例化疗难治性转移性胆管癌患者中，我们能够扩增出相对纯的新抗原反应性TIL群体，输注这些细胞介导了所有转移病灶的近乎完全消退，且该消退现已持续2.5年。
• 我们已开发出方法，可从常见的非黑色素瘤癌症中鉴定这些罕见的新抗原反应性T细胞，分离其T细胞受体（TCR），并通过基因工程高效改造自体外周血淋巴细胞（PBL）以表达这些TCR。经新抗原TCR基因修饰的细胞可在体外识别并杀伤自体癌细胞。
• 除了对非同义突变产生的新抗原具有反应性外，T细胞还可识别HPV诱导癌症受试者中的人乳头瘤病毒（HPV）表位。这些反应性细胞的TCR可被分离，并通过逆转录病毒以高效率转导至自体PBL中。
• 利用这些技术，我们已分离出若干TCR，其选择性识别共享的突变癌基因

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。