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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

小柴胡汤与灯盏花乙素处理肝细胞癌小鼠模型的转录组分析

该数据集为 NCBI BioProject 收录的肝细胞癌小鼠模型转录组分析项目，编号为 PRJNA1537930，标题为“Transcriptomic profiling of hepatocellular carcinoma mouse models treated with Xiao-Chai-Hu-Tang and scutellarein”。项目聚焦于肝细胞癌这一肿瘤类型，围绕小柴胡汤与灯盏花乙素两种处理因素，对相关小鼠模型开展转录组层面的分析。其数据主题标签为“Raw sequence reads”，表明该 BioProject 汇集的是原始测序读长数据。数据集归属于肿瘤/肝癌分类，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为“ID 1537930 - BioProject - NCBI”。整体而言，该数据集为研究肝细胞癌小鼠模型在中药复方及单体成分干预下的基因表达变化提供了原始测序数据基础。

【数据集背景】

BioProject 是 NCBI 对与单一研究计划相关的生物学数据进行组织与汇总的记录形式，其数据可来自单一机构或联合体。一个 BioProject 记录为用户提供统一入口，以便查找该项目所产生的多种数据类型。本数据集即属于此类 BioProject 记录，编号 1537930，主题为肝细胞癌小鼠模型经小柴胡汤与灯盏花乙素处理后的转录组分析。该主题涉及肝细胞癌这一肿瘤类型，并同时涉及小柴胡汤与灯盏花乙素两种处理条件。项目以小鼠模型为研究对象，通过转录组分析手段获取基因表达相关信息。其主题标签为“Raw sequence reads”，说明该项目对外提供的数据类型以原始测序读长为主。

【数据内容】

该数据集的数据主题标签为“Raw sequence reads”，即原始序列读长。这意味着数据内容以测序仪直接产出的读长序列形式存在，而非经过比对、定量或差异表达分析后的加工结果。项目标题表明其内容为肝细胞癌小鼠模型在接受小柴胡汤与灯盏花乙素处理后的转录组分析，因此原始读长应来源于这些小鼠模型的转录组测序。除“Raw sequence reads”这一标签及项目标题所反映的处理与疾病背景外，源站未提供关于样本数量、测序平台、读长长度、数据量、文件格式等更具体的数据内容描述。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为“ID 1537930 - BioProject - NCBI”。其数据由 NCBI BioProject 数据库收录，BioProject 记录可汇集来自单一机构或联合体的生物学数据。项目英文名称为“PRJNA1537930: Transcriptomic profiling of hepatocellular carcinoma mouse models treated with Xiao-Chai-Hu-Tang and scutellarein”。关于样本采集的具体地点、时间、小鼠品系、处理剂量与周期、测序机构等采集细节，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于肝细胞癌相关转录组研究，尤其是涉及小柴胡汤与灯盏花乙素处理的实验场景。由于数据主题标签为“Raw sequence reads”，其典型用途包括：对原始读长进行质量控制、比对至参考基因组、转录本定量、差异表达分析、通路富集分析等下游分析流程。研究者可将其用于探索肝细胞癌小鼠模型在中药复方或单体成分干预下的基因表达变化。此外，该数据也可作为方法学参考，用于比较不同处理条件下的转录组特征。但具体适用场景需结合项目原始设计及样本信息判断，源站未提供更详细的适用建议。

【使用方法】

使用该数据集时，通常需要从 NCBI BioProject 记录（ID 1537930）出发，查找其关联的原始序列数据。由于主题标签为“Raw sequence reads”，用户应预期获取的是原始测序读长文件，而非已加工的表达矩阵。典型使用流程包括：下载原始读长，进行质量评估与过滤，比对至相应参考基因组，进行转录本或基因水平定量，进而开展差异表达与功能分析。若需复现该项目的小柴胡汤与灯盏花乙素处理相关分析，应依据项目记录中关联的样本元数据对处理组与对照组进行正确分组。关于具体下载方式、数据量及分析参数，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为 NCBI BioProject 收录的原始测序读长数据，其质量取决于原始测序实验与数据处理流程，但源站未提供具体的质量指标、测序深度、覆盖度或污染评估信息。限制方面，由于仅提供“Raw sequence reads”标签，用户需自行完成后续分析，无法直接获得已注释或已统计的表达结果。此外，项目标题虽提及小柴胡汤与灯盏花乙素处理，但源站未提供样本分组、处理剂量、给药方式、模型构建细节等关键实验信息，可能影响数据重用的准确性与可重复性。关于该数据集的伦理审批、动物实验许可等信息，源站未提供。

【引用与许可】

该数据集的引用方式应参考 NCBI BioProject 记录 ID 1537930 及其项目名称“PRJNA1537930: Transcriptomic profiling of hepatocellular carcinoma mouse models treated with Xiao-Chai-Hu-Tang and scutellarein”。关于该数据集的许可条款、使用限制、是否允许再分发或商业使用等信息，源站未提供。用户在引用或使用前，应自行查阅 NCBI BioProject 页面及相关数据关联页面以确认最新许可与引用要求。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJNA1537930

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使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1537930

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

肝细胞癌（HCC）是全球最常见且致死率最高的恶性肿瘤之一，因此亟需探索有效的治疗策略及其潜在的分子机制。本研究对接受小柴胡汤（XCHT）、其活性黄酮单体野黄芩素或溶剂对照治疗的肝细胞癌小鼠模型的肿瘤组织进行了高通量RNA测序（RNA-seq）。本研究旨在阐明这些干预措施所诱导的全基因组转录改变，比较中药复方的多靶点整体作用与野黄芩素的特异性调控效应，并确定负责肿瘤抑制的关键生物学通路和分子靶点。该数据集为理解小柴胡汤和野黄芩素在肝细胞癌治疗中的抗肿瘤机制提供了全面的转录组资源。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别