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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA1482741：Ilexgenin A 处理的 HepG2 肝癌细胞

PRJNA1482741 是一个围绕 HepG2 肝细胞癌细胞、以 Ilexgenin A 处理为研究情境的 BioProject 记录，属于肿瘤 / 肝癌方向。该记录由 NCBI 收录，源站标题为“ID 1482741 - BioProject - NCBI”，主题标签为“Raw sequence reads”。BioProject 作为一种项目级记录，旨在汇集与同一研究计划相关的多种生物数据，并集中提供指向这些数据的链接，使用户能够在一个入口处检索和获取同一项目产生的不同类型数据。就本数据集而言，其可用于转录组等原始测序读长的分析，帮助研究 Ilexgenin A 对 HepG2 细胞基因表达的影响以及相关肝癌机制。

【数据集背景】

该数据集对应的是一项以 HepG2 肝细胞癌细胞为对象、使用 Ilexgenin A 进行处理的研究项目。HepG2 是肝癌研究中常用的细胞模型，而 Ilexgenin A 是该研究中的处理因素。项目通过 BioProject 形式组织，目的是将同一研究计划下产生的多种数据类型集中关联，便于后续检索与使用。该记录所属分类为肿瘤 / 肝癌，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。除上述信息外，关于该研究的具体立项背景、研究机构、项目周期等，源站未提供。

【数据内容】

该 BioProject 的主题标签为“Raw sequence reads”，表明其关联的数据类型涉及原始测序读长。结合其研究情境，这些原始测序读长可用于转录组等分析，从而考察 Ilexgenin A 处理对 HepG2 细胞基因表达的影响，并进一步探讨相关肝癌机制。BioProject 记录本身并不等同于单一数据集，而是提供指向同一项目所产生的多种数据类型的链接，因此用户可通过该记录集中发现和获取项目相关的数据资源。关于样本数量、测序平台、读长长度、数据量、具体组别设计等信息，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，记录标题为“ID 1482741 - BioProject - NCBI”，英文名称为“PRJNA1482741: HepG2 hepatocellular carcinoma cells treated with Ilexgenin A”。BioProject 记录来源于单一组织或联盟发起的单一研究计划，并作为该项目相关生物数据的集中入口。关于样本采集地点、采集时间、伦理审批、细胞培养与处理的具体实验条件等信息，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于需要获取和分析原始测序读长的研究场景，尤其是围绕 HepG2 肝细胞癌细胞在 Ilexgenin A 处理下基因表达变化的研究。用户可借助该 BioProject 记录定位同一项目下的多种数据类型，用于转录组等原始测序数据的分析，进而探索 Ilexgenin A 对肝癌细胞基因表达的影响及相关机制。此外，该记录也可作为项目级索引，帮助研究者集中检索与获取同一研究计划产生的数据。关于其他具体应用场景，源站未提供。

【使用方法】

用户可通过 NCBI 的 BioProject 记录入口访问该数据集，利用记录中提供的链接查找同一项目产生的多种数据类型，并获取原始测序读长等数据用于后续分析。由于 BioProject 旨在集中呈现同一项目的多类型数据链接，使用者可先通过该记录确认项目范围，再进入具体数据资源进行下载或分析。关于具体的下载流程、分析工具、参数设置等信息，源站未提供。

【质量与限制】

该记录为 BioProject 项目级条目，主要提供数据链接与项目组织信息，而非直接的质量评估报告。其主题标签为“Raw sequence reads”，说明关联数据涉及原始测序读长，但关于数据质量、覆盖度、重复性、批次效应、样本量是否充分等信息，源站未提供。此外，该记录未提供实验设计细节、数据处理流程或统计分析方法，因此在使用时需结合具体数据资源进一步判断。关于该数据集的局限性，源站未提供更多说明。

【引用与许可】

该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov，记录标题为“ID 1482741 - BioProject - NCBI”，英文名称为“PRJNA1482741: HepG2 hepatocellular carcinoma cells treated with Ilexgenin A”。关于该数据集的引用方式、许可条款、使用限制等信息，源站未提供。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJNA1482741

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1482741

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

Ilexgenin A是一种从冬青属植物中提取的具有生物活性的三萜类化合物，已有报道显示其具备抗炎和抗肿瘤活性。为了探究肝癌HepG2细胞对Ilexgenin A的时间依赖性转录响应，将细胞用50微摩尔Ilexgenin A（溶于DMSO）处理48小时。从生物学重复样本中提取总RNA，并进行链特异性mRNA测序。利用DESeq2鉴定差异表达基因（DEGs）（|log2FC| ≥ 1，校正P值 < 0.05），并对其富集的通路（KEGG、GO）进行分析。该数据集为理解Ilexgenin A在肝癌细胞中诱导基因表达变化的时间动态提供了全面的资源。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别