基本信息

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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA1463976：肝细胞癌中ITGB5过表达与对照HepG2细胞的比较转录组分析

PRJNA1463976 是一个围绕肝细胞癌展开的比较转录组分析项目，研究对象为 ITGB5 过表达与对照条件下的 HepG2 细胞。该项目通过转录组测序获取原始读段，覆盖 ITGB5 过表达组与对照组两类样本，可用于比较两组细胞在转录水平上的差异，进而分析 ITGB5 过表达对 HepG2 细胞基因表达的影响，服务于肝癌相关机制研究。该数据集归属于肿瘤 / 肝癌分类，来源为 NCBI，主题标签为原始序列读段，适合作为肝癌细胞转录调控与基因表达差异研究的原始数据资源。

【数据集背景】

该数据集对应 NCBI BioProject 编号 1463976，英文名称为“PRJNA1463976: Comparative transcriptome analysis of ITGB5 overexpressing and control HepG2 cells in hepatocellular carcinoma”。从名称可以看出，该项目聚焦于肝细胞癌背景下 ITGB5 过表达与对照 HepG2 细胞之间的比较转录组分析。BioProject 作为生物数据的集合，通常围绕某一具体研究计划组织，来源于单一机构或联合体，并为用户提供访问该项目所生成多种数据类型链接的统一入口。该数据集在分类上属于肿瘤 / 肝癌，主题标签为原始序列读段，说明其核心数据形态为测序产生的原始读段，而非经过高度加工后的汇总结果。

【数据内容】

数据覆盖 ITGB5 过表达组与对照组两类样本的转录组测序原始读段。原始序列读段意味着数据以测序仪直接产出的读段形式存在，通常可用于后续的比对、定量和差异表达分析。由于项目名明确指向“比较转录组分析”，其数据内容的核心用途在于支撑两组细胞之间的转录水平比较。该数据集的主题标签同样为原始序列读段，进一步表明其数据内容以原始测序读段为主。除上述信息外，源站未提供更细粒度的样本数量、测序平台、读长、数据量或具体文件格式等信息。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为“ID 1463976 - BioProject - NCBI”。其描述指出，BioProject 是围绕单一研究计划组织的生物数据集合，可来自单一组织或联合体，并为用户提供查找该项目所生成多种数据类型链接的统一位置。该数据集属于肿瘤 / 肝癌分类，主题标签为原始序列读段。关于样本采集的具体地点、时间、伦理审批信息、细胞培养条件或建库方法，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于肝癌相关机制研究，尤其是围绕 ITGB5 过表达对 HepG2 细胞基因表达影响的比较转录组分析。研究人员可利用 ITGB5 过表达组与对照组的原始测序读段，开展转录水平差异比较，进而探索 ITGB5 在肝细胞癌中的潜在表达调控作用。其适用方向包括但不限于：差异表达分析、转录组整体表达模式比较、候选基因或通路筛选等。由于数据主题标签为原始序列读段，也适合需要从原始读段开始进行统一处理流程的分析场景。具体研究结论需结合实验设计与后续分析确定，源站未提供相关结论。

【使用方法】

使用者可通过 NCBI BioProject 记录入口查找该项目所链接的多种数据类型。由于该数据集提供的是原始序列读段，常规使用方式包括获取原始读段后开展质量控制、比对、转录本或基因水平定量以及差异表达比较等分析步骤。项目名称已表明其设计为 ITGB5 过表达与对照 HepG2 细胞的比较转录组分析，因此在使用时可将两类样本进行对照比较，以分析 ITGB5 过表达对基因表达的影响。关于具体的下载路径、文件命名、分析参数或推荐流程，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来源于 NCBI BioProject，属于围绕单一研究计划组织的生物数据集合。其主题标签为原始序列读段，说明数据以原始读段形式提供，后续分析结果依赖于所采用的处理流程与参数。当前可确认的信息包括数据集名称、分类、来源、主题标签以及其覆盖 ITGB5 过表达组与对照组两类样本的转录组测序原始读段。关于样本重复数、测序深度、数据完整性、批次效应、质量控制指标及潜在偏差，源站未提供。因此，在解释或复用该数据集时，应结合源站记录进一步核实相关技术细节。

【引用与许可】

该数据集来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为“ID 1463976 - BioProject - NCBI”。关于该数据集的引用方式、许可条款、使用限制或授权信息，源站未提供。使用者如需引用或再利用，应前往 NCBI BioProject 对应记录页面查看最新说明，并遵循源站的相关政策与要求。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJNA1463976

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1463976

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

肝细胞癌（HCC）是全球癌症相关死亡的主要原因。本研究旨在探讨ITGB5在调节HCC转录组变化中的作用。通过RNA测序（RNA-seq）分析ITGB5过表达和对照HCC细胞中的全局表达谱。进行差异表达分析以及编码和非编码RNA（mRNA、lncRNA和circRNA）的整合分析，以识别与ITGB5相关的关键调控网络和信号通路。该数据集为探索ITGB5介导的信号传导和HCC进展的分子机制提供了宝贵的资源。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别