基本信息

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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

NRasG12V/myrAKT驱动肝癌Sepp1敲低与补硒单细胞转录组

PRJNA1405944 数据集聚焦于 Ras/AKT 驱动的小鼠肝细胞癌（HCC）模型，在 Sepp1 敲低与补硒两种条件下开展单细胞转录组测序。研究采用 10x Genomics Chromium 平台，对肿瘤组织及其相关肿瘤微环境进行表达谱刻画，并重点关注肿瘤浸润中性粒细胞群体。肝细胞癌的免疫微环境受中性粒细胞功能异质性影响显著，而硒代谢经由硒蛋白 P（Sepp1）参与肝脏氧化还原稳态与免疫调节。该数据集为系统解析硒代谢相关的中性粒细胞转录状态及免疫调控通路提供了原始测序数据资源，属于肿瘤/肝癌方向的基础研究数据。

【数据集背景】

肝细胞癌的免疫微环境受到肿瘤浸润中性粒细胞的强烈影响，但这些细胞的功能异质性与调控机制尚未被完全阐明。硒代谢由硒蛋白 P（Sepp1）介导，在肝脏的氧化还原稳态和免疫调节中发挥重要作用。为在单细胞层面考察这一联系，研究构建了 Ras/AKT 驱动的小鼠 HCC 模型，并在 Sepp1 敲低背景下设置对照与补硒两种条件，对肿瘤组织及伴随的肿瘤微环境进行转录组 profiling，尤其聚焦中性粒细胞群体。

【数据内容】

该数据集的主题标签为 Raw sequence reads，即原始测序读段数据。数据来源于 10x Genomics Chromium 平台的单细胞 RNA 测序，覆盖 Sepp1 敲低小鼠 HCC 模型在对照或补硒条件下的肿瘤组织与相关肿瘤微环境。数据可用于系统分析与硒代谢及免疫调控通路相关的中性粒细胞转录状态，为研究 Sepp1 改变如何影响 HCC 微环境提供资源。样本数量、细胞数、测序深度等具体指标源站未提供。

【采集与来源】

数据来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，数据集英文名称为 PRJNA1405944: Single-cell transcriptomic profiling of NRasG12V/myrAKT-driven hepatocellular carcinoma with Sepp1 knockdown and selenium supplementation。模型为 NRasG12V/myrAKT 驱动的小鼠肝细胞癌，实验条件包括 Sepp1 敲低以及对照或补硒处理，测序平台为 10x Genomics Chromium。其余采集地点、时间与操作细节源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于肝癌免疫微环境研究，特别是肿瘤浸润中性粒细胞的异质性与调控机制分析；可用于考察硒代谢（Sepp1）相关基因表达变化与免疫调控通路的关联；也可作为 Ras/AKT 驱动 HCC 模型中补硒干预效应研究的单细胞转录组参考资源。具体分析方向应结合原始数据实际内容确定。

【使用方法】

使用时应以原始测序读段为起点，按 10x Genomics Chromium 单细胞数据的常规流程进行比对、细胞条形码与 UMI 计数、质控、聚类与细胞类型注释，并重点提取中性粒细胞群体开展差异表达与通路分析。分析中需按 Sepp1 敲低与补硒条件进行分组比较。详细流程参数源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为原始测序读段，未提供预处理后的表达矩阵或质控报告；样本量、细胞数、测序深度、批次信息及具体质控指标源站未提供。数据基于小鼠 HCC 模型，向人类临床的推广需谨慎。使用前应自行完成质控与批次评估。

【引用与许可】

源站未提供引用方式与许可信息。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE317333

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使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1405944

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

肝细胞癌（HCC）的免疫微环境受肿瘤浸润中性粒细胞的强烈影响，而后者在功能异质性和调控机制方面仍未完全明确。由硒蛋白P（Sepp1）介导的硒代谢在肝脏的氧化还原稳态和免疫调节中发挥重要作用。本研究在对照或补硒条件下构建了Sepp1敲低的Ras/AKT驱动小鼠HCC模型。采用10x Genomics Chromium平台进行单细胞RNA测序，对肿瘤组织及相关肿瘤微环境进行分析，重点关注中性粒细胞群体。该数据集可用于系统分析HCC中与硒代谢及免疫调节通路相关的中性粒细胞转录状态。这些数据为在单细胞分辨率下研究Sepp1表达改变和硒可利用性如何塑造肿瘤-免疫相互作用提供了资源。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别