早期肝细胞癌粪便微生物群与胆汁酸谱鸟枪法宏基因组测序匹配病例对照研究
该数据集来自 NCBI BioProject（ID 1232706），围绕早期肝细胞癌开展匹配病例对照研究，采集粪便样本并利用鸟枪法宏基因组测序获取微生物群与胆汁酸相关数据
基本信息
资源简介
早期肝细胞癌粪便微生物群与胆汁酸谱鸟枪法宏基因组测序匹配病例对照研究
该数据集为 NCBI BioProject 收录的编号 1232706 项目，英文名称为“PRJNA1232706: Fecal Microbiota and Bile Acid Profiles in Early-Stage Hepatocellular Carcinoma using Shotgun metagenomic sequencing: A Matched Case-Control Study”。项目围绕早期肝细胞癌，采用匹配病例对照研究设计，采集粪便样本，通过鸟枪法宏基因组测序获取微生物群与胆汁酸相关数据。其主题标签为“Raw sequence reads”，本站将其归入肿瘤 / 肝癌分类。该数据集可用于探索早期肝细胞癌患者粪便微生物群和胆汁酸谱特征，为相关研究提供原始序列读取数据。
【数据集背景】
该数据集来自 NCBI BioProject，源站标题为“ID 1232706 - BioProject - NCBI”。BioProject 是围绕单一研究计划汇集生物数据的集合，这些数据来自单一组织或联盟。BioProject 记录为用户提供一个统一入口，以便查找该项目产生的多种数据类型。该项目的英文名称表明其研究主题为早期肝细胞癌中的粪便微生物群与胆汁酸谱，采用鸟枪法宏基因组测序，并采用匹配病例对照研究设计。本站分类为肿瘤 / 肝癌，主题标签为“Raw sequence reads”。
【数据内容】
该数据集的主题标签为“Raw sequence reads”，即原始序列读取数据。项目围绕早期肝细胞癌，采集粪便样本，利用鸟枪法宏基因组测序获取微生物群与胆汁酸相关数据。源站描述指出，BioProject 记录提供用户一个单一位置，以查找为该项目生成的不同数据类型。除上述信息外，源站未提供关于样本数量、测序平台、数据文件格式、数据量大小等更具体的数据内容描述。
【采集与来源】
该数据集来源于 NCBI BioProject，源站为 ncbi.nlm.nih.gov，项目编号为 1232706。研究采集粪便样本，采用鸟枪法宏基因组测序，研究对象为早期肝细胞癌，研究设计为匹配病例对照研究。源站未提供关于采样地点、采样时间、样本纳入排除标准、病例与对照匹配条件、测序具体流程等更详细的采集信息。
【适用场景】
该数据集适用于与早期肝细胞癌相关的粪便微生物群和胆汁酸谱研究，尤其是基于鸟枪法宏基因组测序的匹配病例对照研究。其原始序列读取数据可用于微生物群落组成分析、功能潜力分析以及胆汁酸相关代谢通路的探索。由于本站分类为肿瘤 / 肝癌，该数据集也可作为肝癌相关微生态研究的参考数据。源站未提供关于具体分析工具、分析流程或验证用途的说明。
【使用方法】
该数据集为 NCBI BioProject 记录，用户可通过 BioProject 编号 1232706 在 NCBI 网站查找该项目及其关联的数据类型。源站描述指出，BioProject 记录提供用户一个单一位置，以查找为该项目生成的不同数据类型。用户可根据项目页面提供的链接访问原始序列读取数据及其他相关数据。源站未提供关于数据下载、预处理、质量控制或分析步骤的具体指导。
【质量与限制】
该数据集为 BioProject 记录，主题标签为“Raw sequence reads”，属于原始序列读取数据。源站未提供关于数据质量评估、测序深度、覆盖度、污染控制、批次效应或统计功效等信息。由于采用匹配病例对照研究设计，其结论可能受匹配因素、样本量和人群特征影响，但源站未提供相关细节。用户在使用时应参考原始项目页面获取最新信息，并注意源站未提供质量与限制的具体说明。
【引用与许可】
源站未提供该数据集的引用方式、许可协议或使用限制。用户如需引用或使用该数据集，应访问 NCBI BioProject 页面（ID 1232706）查看相关说明。源站未提供关于数据共享政策、隐私保护或商业使用许可的具体信息。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1232706
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
该数据集包含肝硬化受试者（伴或不伴肝细胞癌(HCC)）粪便样本的鸟枪法宏基因组测序数据。研究旨在探究肠道微生物群组成和功能的差异，同时考虑肝硬化严重程度，因为受试者是按Child-Turcotte-Pugh (CTP)分级进行匹配的。测序在基于Illumina的平台上进行，生成的数据用于探索可能与HCC风险相关的微生物特征。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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