PRJNA1035974:非酒精性脂肪性肝炎向肝细胞癌转变的全转录组测序

该数据集为 NCBI BioProject ID 1035974 的全转录组测序项目,主题标签为 Raw sequence reads,聚焦非酒精性脂肪性肝炎向肝细胞癌转变过程

sra
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基因组分类Raw sequence reads
PRJNA1035974: Whole transcriptome sequencing for the transition from non-alcoholic steatohepatitis to hepatocellular carcinoma

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

PRJNA1035974:非酒精性脂肪性肝炎向肝细胞癌转变的全转录组测序

PRJNA1035974 是一个收录于 NCBI BioProject 数据库的全转录组测序项目,项目编号为 1035974,主题标签为 Raw sequence reads,研究内容聚焦于非酒精性脂肪性肝炎向肝细胞癌转变的过程。该数据集在本站归入肿瘤 / 肝癌分类,数据来源站点为 ncbi.nlm.nih.gov。作为一项以转录组测序为核心的数据资源,它为研究者提供了从非酒精性脂肪性肝炎进展至肝细胞癌这一病理转变过程的原始序列读长数据,可用于探索该转变过程中基因表达层面的变化。以下从数据集背景、数据内容、采集与来源、适用场景、使用方法、质量与限制、引用与许可等方面进行介绍。

【数据集背景】

该数据集对应的是一项围绕非酒精性脂肪性肝炎向肝细胞癌转变过程开展的全转录组测序研究。非酒精性脂肪性肝炎是慢性肝病的重要类型,其向肝细胞癌的转变涉及复杂的分子机制,转录组层面的系统观测有助于刻画这一转变过程中的基因表达特征。该项目以 BioProject 形式组织,按照 NCBI 对 BioProject 的定位,一个 BioProject 是与单一研究计划相关的生物数据的集合,来源于单一机构或联合体,并为用户提供查找该项目所产生的各类数据类型的统一入口。因此,PRJNA1035974 可被视为该研究方向下相关测序数据的汇总性记录。

【数据内容】

该数据集的主题标签为 Raw sequence reads,即原始序列读长。这表明项目所提供的数据类型以测序产生的原始读长为主,属于转录组测序的原始数据层面,而非经过比对、定量或差异分析后的加工结果。数据内容围绕非酒精性脂肪性肝炎向肝细胞癌转变过程的全转录组测序展开。关于样本数量、测序平台、读长长度、数据量等具体参数,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于 NCBI BioProject 数据库,源站为 ncbi.nlm.nih.gov,项目记录标识为 ID 1035974。按照 BioProject 的一般组织方式,该记录汇集了来自单一研究计划或联合体的生物数据,并提供指向该项目所产生各类数据的链接。关于样本采集的具体地点、时间、人群特征、机构信息以及测序服务的具体提供方,源站未提供。

【适用场景】

基于其主题与数据类型,该数据集适用于与非酒精性脂肪性肝炎向肝细胞癌转变相关的转录组研究场景,例如对该转变过程中基因表达变化进行再分析、作为相关研究的对照或验证数据、以及用于转录组数据处理流程的构建与测试。由于数据以原始序列读长形式提供,使用方可根据自身研究设计开展从原始读长起始的处理与分析。关于该数据集在其他具体应用方向上的适用性,源站未提供。

【使用方法】

该数据集以 NCBI BioProject 记录的形式提供访问入口,用户可通过项目编号 1035974 在 NCBI BioProject 中定位该记录,并借助记录中的链接查找该项目所产生的各类数据。由于主题标签为 Raw sequence reads,使用方通常需要自行完成原始读长的获取与后续处理。关于具体的下载方式、文件格式、数据组织结构和配套分析工具,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为 BioProject 汇总性记录,其描述侧重于项目层面的数据组织与链接入口,而非对数据质量的评价。关于测序质量值分布、数据过滤情况、样本重复设置以及潜在的技术偏差,源站未提供。使用方在开展分析时,应结合原始读长数据自身的特征进行评估。此外,该数据集聚焦于非酒精性脂肪性肝炎向肝细胞癌转变这一特定过程,其结论的外推范围需结合研究设计加以判断,源站未提供相关说明。

【引用与许可】

该数据集来自 NCBI BioProject,项目编号为 1035974。关于该数据集的引用方式、许可条款与使用限制,源站未提供。使用方在引用或再利用该数据时,应遵循 NCBI 及数据提交方所规定的相关要求。

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源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1035974

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  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
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    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

由非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)引起的肝细胞癌(HCC)患病率明显呈上升趋势。全球有四分之一的人口患有NAFLD,其中约20%存在非酒精性脂肪性肝炎(NASH),后者可进展为肝硬化和进一步的HCC。NASH是代谢综合征的肝脏表现,与肥胖、胰岛素抵抗和血脂异常相关。本研究旨在通过全转录组测序发现NASH向HCC转变过程中的重要基因,进而探究所鉴定基因的作用机制,以开发有效的治疗策略来预防NASH向HCC的进展。

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