越南肝细胞癌患者循环肿瘤DNA综合基因组分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1013715

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

肝细胞癌（HCC）是全球癌症相关死亡的第二大原因，且治疗选择有限。本研究评估了越南HCC患者的突变图谱。本研究招募了61例适合接受根治性意向手术的HCC患者。从原发FFPE组织和配对白细胞中提取的基因组DNA接受了包含95个癌症相关基因的靶向测序panel检测，以识别肿瘤来源的体细胞突变。我们在所有个体的HCC组织中发现了348个突变，平均每例患者4个突变。本队列中最常见的突变基因是TP53（42.6%）、TERT（39.3%）、AXIN1（23.0%）和CTNNB1（23.0%）。本研究还为越南HCC患者提供了全面的体细胞突变数据集。了解各个HCC的特定突变模式有望改善诊断和治疗方法。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。