基本信息

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基因组

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分类

创建/更新时间

2026-10-07

资源简介

E-GEOD-55048：CTNNB1突变肝细胞癌转录组特征

E-GEOD-55048 是一个以肝细胞癌（Hepatocellular Carcinoma）为研究对象的转录组学数据集，全称为“Transcriptomic characterization of Hepatocellular Carcinoma with CTNNB1 mutation”。该数据集来源于 ebi.ac.uk，在分类上归属于肿瘤 / 肝癌方向，主题标签为 Differential，属于 Expression Atlas 中的差异表达实验。其核心内容围绕携带 CTNNB1 突变的肝细胞癌样本展开基因表达差异分析，可用于识别与 CTNNB1 突变相关的转录组变化，并支持肝癌分子分型、突变相关标志物筛选以及差异表达研究。整体而言，该数据集为研究 CTNNB1 突变在肝细胞癌转录组层面所产生的影响提供了可用的表达谱资源。

【数据集背景】

肝细胞癌是常见的恶性肿瘤之一，其发生发展涉及多种分子层面的改变，其中 CTNNB1 基因突变是较为重要的分子事件之一。E-GEOD-55048 正是围绕这一背景构建的转录组学数据集，旨在从基因表达层面刻画携带 CTNNB1 突变的肝细胞癌特征。该数据集所属物种为 Homo sapiens，属于 Expression Atlas 中的差异表达实验，说明其设计目标是比较不同条件下基因表达的差异，从而揭示与 CTNNB1 突变相关的转录组变化。对于肝癌分子机制研究而言，此类数据有助于将特定基因突变与全局表达改变联系起来。

【数据内容】

该数据集的主题标签为 Differential，表明其内容以差异表达分析为核心。数据覆盖肝细胞癌样本的基因表达差异分析，可用于识别与 CTNNB1 突变相关的转录组变化。其潜在应用方向包括肝癌分子分型、突变相关标志物筛选及差异表达研究。数据集名称中明确包含“Transcriptomic characterization”，说明其内容属于转录组层面的表征数据。关于样本数量、具体基因数量、表达值矩阵等细节，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ebi.ac.uk，源站描述其为 Expression Atlas experiment (Differential)，物种为 Homo sapiens，主题为肝细胞癌伴 CTNNB1 突变的转录组表征。除上述来源信息外，关于具体的采集平台、实验流程、样本处理方式、测序或芯片技术细节等，源站未提供。

【适用场景】

基于其差异表达实验的定位，该数据集适用于以下研究方向：识别与 CTNNB1 突变相关的转录组变化；支持肝癌分子分型研究；辅助突变相关标志物的筛选；开展差异表达分析。对于关注 CTNNB1 突变在肝细胞癌中作用的研究者，该数据集可作为转录组层面的参考资源，用于比较突变相关样本与对照之间的表达差异，进而提出候选标志物或分子分型假设。

【使用方法】

该数据集来源于 ebi.ac.uk 的 Expression Atlas，属于公开的转录组实验资源。使用者通常可通过来源站访问该实验的差异表达结果，并结合自身研究目的进行基因表达差异的解读与分析。关于具体的下载方式、数据格式、分析工具及操作步骤，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为 Expression Atlas 中的差异表达实验，来源站为 ebi.ac.uk，具备一定的公共数据资源背景。然而，关于样本量、批次效应、数据完整性、归一化方法及验证情况等质量相关信息，源站未提供。因此，在使用时应注意其适用范围，避免超出差异表达分析的基本定位进行推断。此外，该数据集仅涉及 Homo sapiens 的肝细胞癌样本，结论不宜直接外推至其他物种或其他肿瘤类型。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式与许可条款，源站未提供。使用者如需引用或使用该数据集，应参考来源站 ebi.ac.uk 上该实验对应的官方页面说明。

原始链接

https://ebi.ac.uk/gxa/experiments/E-GEOD-55048

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ebi.ac.uk/gxa/experiments/E-GEOD-55048

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

Expression Atlas experiment (Differential). Species: Homo sapiens. Transcriptomic characterization of Hepatocellular Carcinoma with CTNNB1 mutation

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别