TCGA-LIHC 系列的 DICOM 转换幻灯片显微图像

该数据集对应于美国国家癌症研究所成像数据共享平台(IDC)提供的一组图像和/或图像衍生数据。该数据集由 IDC 团队转换为 DICOM 表示并收录

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2026-10-07 更新
浏览 7
医学影像分类肿瘤肝癌TCGA-LIHCDICOM幻灯片显微图像IDC病理影像
DICOM converted Slide Microscopy images for the TCGA-LIHC collection

基本信息

模态
医学影像
大小
0.000301088 GB
任务类型
分类
许可
Creative Commons Attribution 3.0 Unported
创建/更新时间
2026-10-07

资源简介

TCGA-LIHC 系列的 DICOM 转换幻灯片显微图像

该数据集英文名为 DICOM converted Slide Microscopy images for the TCGA-LIHC collection,属于肿瘤 / 肝癌分类,来源于 doi.org。其对应美国国家癌症研究所成像数据共享平台(IDC)提供的一组图像和/或图像衍生数据,由 IDC 团队转换为 DICOM 表示并收录。数据集作者包括 Clunie, David、Clifford, William、Pot, David、Wagner, Ulrike、Farahani, Keyvan、Kim, Erika 与 Fedorov, Andrey,机构为 Zenodo,发布时间为 2026 年,采用 Creative Commons Attribution 3.0 Unported 许可。该数据集面向肝癌相关影像研究,提供经 DICOM 标准转换的幻灯片显微图像,便于在支持 DICOM 的环境中探索、可视化与下载使用。

【数据集背景】

该数据集与 TCGA-LIHC 集合相关,即肝细胞癌(LIHC)患者的图像资源。根据源站描述,癌症成像计划(CIP)正与参与 TCGA 的机构的主要研究者直接合作,以获取并加载与 TCGA 数据门户中存储的基因组、临床和病理数据相关的图像。该 CT 和 MR 多序列图像集合目前可通过每个唯一病例标识符,与同一病例来自 TCGA 的广泛基因和表达数据进行匹配。该数据集由 IDC 团队转换为 DICOM 表示并收录,属于 IDC 提供的图像和/或图像衍生数据集合的一部分。

【数据内容】

该数据集对应一组图像和/或图像衍生数据,具体为 DICOM 转换后的幻灯片显微图像(Slide Microscopy images),面向 TCGA-LIHC 集合。源站描述提到,该数据集包含图像和/或图像衍生数据,并可通过 IDC Portal 探索和可视化相应图像。源站还提到,该 CT 和 MR 多序列图像集合可依据唯一病例标识符与同一病例的基因和表达数据进行匹配。关于该数据集中图像的具体数量、分辨率、染色方法、扫描设备参数、文件大小或病例数等细节,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于美国国家癌症研究所成像数据共享平台(IDC)。源站描述指出,该数据集对应于 IDC 提供的一组图像和/或图像衍生数据,并由 IDC 团队转换为 DICOM 表示并收录。癌症成像计划(CIP)与参与 TCGA 的机构的主要研究者合作,获取并加载与 TCGA 数据门户中基因组、临床和病理数据相关的图像。该 CT 和 MR 多序列图像集合可依据唯一病例标识符与同一病例的基因和表达数据进行匹配。关于原始图像的采集机构、采集时间、扫描协议或具体设备信息,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于需要在 DICOM 环境中探索、可视化或下载 TCGA-LIHC 相关幻灯片显微图像的研究场景。用户可通过 IDC Portal 探索和可视化相应图像,也可使用 Zenodo 记录中包含的清单(manifests)按照下载说明下载该集合。由于源站描述提到该 CT 和 MR 多序列图像集合可通过唯一病例标识符与同一病例的基因和表达数据进行匹配,该数据集可能用于影像与基因组、临床或病理数据的关联研究。关于具体的分析任务、算法验证或临床诊断用途,源站未提供。

【使用方法】

源站描述指出,用户可以使用 IDC Portal 探索和可视化相应图像。用户可以使用 Zenodo 记录中包含的清单(manifests)下载该集合,并遵循下载说明进行操作。该数据集已转换为 DICOM 表示,因此可在支持 DICOM 的工具或平台中使用。关于具体的下载步骤、软件要求、数据组织方式或访问权限,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集由 IDC 团队转换为 DICOM 表示并收录,源站描述未提供关于图像质量、标注完整性、病例覆盖范围或数据偏差的具体信息。该数据集与 TCGA-LIHC 集合相关,源站描述提到其 CT 和 MR 多序列图像集合可依据唯一病例标识符与同一病例的基因和表达数据进行匹配,但未说明匹配的完整性或可用性。关于数据的使用限制、伦理审批或隐私处理,源站未提供。

【引用与许可】

该数据集的作者为 Clunie, David、Clifford, William、Pot, David、Wagner, Ulrike、Farahani, Keyvan、Kim, Erika 与 Fedorov, Andrey,机构为 Zenodo,发布时间为 2026 年。该数据集采用 Creative Commons Attribution 3.0 Unported 许可。关于具体的引用格式、DOI 或源站要求的致谢方式,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://doi.org/10.5281/zenodo.22837382

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 301.1 KB。

数据说明

该数据集对应于美国国家癌症研究所影像数据共享平台(IDC)提供的一系列图像和/或源自图像的数据。此数据集已被IDC团队转换为DICOM格式并收录。您可以通过IDC门户探索并可视化相应的图像。利用本Zenodo记录中包含的清单,按照下方下载指南即可下载该集合。癌症影像计划(CIP)正与参与TCGA的机构的主要研究者直接合作,获取并加载与TCGA数据门户中存储的基因组、临床和病理数据相关的图像。目前,这个包含肝细胞癌(LIHC)患者的CT和MR多序列图像集合,可以通过每个独特病例标识符与来自癌症基因组图谱数据门户的同一病例的广泛基因和表达数据相匹配,以研究临床表型与组织基因组之间的联系。访问TCGA-LIHC页面,了解更多关于这些图像的信息,并获取此集合的任何支持性元数据。

包含的文件 清单文件的名称指示了集合数据某个版本首次引入时所对应的IDC数据发布版本。例如,tcga_lihc-idc_v22-aws.s5cmd 对应于IDC数据发布版本v22中引入的tcga_lihc集合内容。tcga_lihc-idc_v25-aws.s5cmd:AWS下载清单 tcga_lihc-idc_v25-gcs.s5cmd:GCS下载清单 tcga_lihc-idc_v25-dcf.dcf:DCF下载清单 以-aws.s5cmd结尾的清单文件引用Amazon Web Services(AWS)存储桶中的文件;以-gcs.s5cmd结尾的清单文件引用Google Cloud Storage中的文件。实际文件完全相同,并在AWS与GCP之间互为镜像。下载说明 每个清单文件在其头部包含有关如何下载所含文件的说明。要使用.s5cmd清单下载文件:安装idc-index:pip install --upgrade idc-index 下载清单中引用的文件,该清单包含在

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

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