靶向SERPINA1*E342K编码位点治疗α-1抗胰蛋白酶缺乏相关肝病数据集
该数据集来自 doi.org，聚焦 α-1 抗胰蛋白酶（AAT）缺乏相关肝病，包括肝硬化和肝细胞癌。数据基于突变型 AAT 晶体结构开展分子对接，筛选可能结合并稳定 342K 结构口袋的候选化合物，并鉴定出可在体外抑制肝细胞内 AAT 积聚的化合物
基本信息
资源简介
靶向SERPINA1*E342K编码位点治疗α-1抗胰蛋白酶缺乏相关肝病数据集
Dataset for: Targeting the site encoded by SERPINA1*E342K for treating alpha-1 antitrypsin deficiency associated liver diseases
该数据集来自 doi.org，聚焦 α-1 抗胰蛋白酶（AAT）缺乏相关肝病，包括肝硬化和肝细胞癌。数据基于突变型 AAT 晶体结构开展分子对接，筛选可能结合并稳定 342K 结构口袋的候选化合物，并鉴定出可在体外抑制肝细胞内 AAT 积聚的化合物。数据集含 1 个文件，样例为 Supplemental data_rsedit.docx，发布于 2019-07-31，配套论文发表于 FEBS Letters。可用于研究突变编码结构位点的药物结合及构象转变调控，为 AAT 缺乏相关肝病治疗提供结构基础的候选化合物预测（来源 figshare，CC0 许可）。
【数据集背景】
配套论文《Targeting the site encoded by SERPINA1*E342K for treating alpha‐1 antitrypsin deficiency‐associated liver diseases》发表于 FEBS Letters（2019），DOI：10.1002/1873-3468.13452。源站首次发布：2019-07-31。
【数据内容】
源站描述（机器翻译，仅供参考）：α1-抗胰蛋白酶（AAT）缺乏使个体易患肺气肿以及肝硬化、肝细胞癌等肝脏疾病。该缺乏由 SERPIN1A 基因突变引起，这些突变编码的 AAT 分子导致其在肝细胞内质网中滞留并产生肝毒性。由于 E342K 突变是导致失稳并进而引发肺和肝脏病理的基础，我们以突变型 AAT 的晶体结构为基础，通过分子对接筛选可能结合并稳定 342K 结构口袋的候选化合物。我们鉴定出可在体外抑制肝细胞中 AAT 细胞内积聚的化合物。这些数据表明，药物与由 AAT 缺乏相关突变所编码的结构位点结合，有可能通过调节构象转变而具有临床实用价值。
【数据结构与技术规格】
文件数 1 个，合计 6.25 MB。数据集 DOI：10.6084/m9.figshare.8153828.v1。
【主题与分类】
源站学科分类：Animal physiology - biophysics、Human biophysics、Synthetic biology、Biochemistry and cell biology not elsewhere classified、Plant biology not elsewhere classified、Virology。主题标签：alpha-1 antitrypsin、liver disease、structure-based drug discovery、molecular docking、Biophysics、Synthetic Biology、Biochemistry、Plant Biology、Virology、Computational Biology。本站分类：肿瘤/肝癌。
【适用方向】
源站学科分类标注为 Animal physiology - biophysics、Human biophysics、Synthetic biology、Biochemistry and cell biology not elsewhere classified、Plant biology not elsewhere classified、Virology。
【获取与许可】
源站页面：https://wiley.figshare.com/articles/dataset/Dataset_for_Targeting_the_site_encoded_by_SERPINA1_E342K_for_treating_alpha-1_antitrypsin_deficiency_associated_liver_diseases/8153828
使用许可：CC0（https://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/）。
规范引用：Zhang, Xiaojuan; Kien, Pham; Li, Danmeng; Schutte, Ryan; Brantly, Mark; Liu, Chen; et al. (2019). Dataset for: Targeting the site encoded by SERPINA1*E342K for treating alpha-1 antitrypsin deficiency associated liver diseases. Wiley. Dataset
【使用注意】
· 源站最后修改于 2023-06-01，引用时请注意版本时效。
下载信息
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使用方式
数据集获取
源站：https://doi.org/10.6084/m9.figshare.8153828.v1
标准获取流程：
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- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据集大小约 6.3 MB。
数据说明
α1-抗胰蛋白酶（AAT）缺乏使个体易患肺气肿及肝硬化、肝细胞癌等肝脏疾病。该缺乏症源于编码AAT分子的SERPIN1A基因突变，导致AAT在内质网内滞留并产生肝毒性。由于E342K突变是导致失稳并引发肺和肝脏病理的基础，我们利用突变型AAT的晶体结构作为分子对接的基础，筛选可能结合并稳定342K结构口袋的候选化合物。我们鉴定出能在体外抑制肝细胞内AAT胞内积聚的化合物。这些数据表明，药物与由AAT缺乏相关突变编码的结构位点结合，有可能通过调节构象转变而具有临床实用价值。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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