组织病理学诊断中的肿瘤分子异质性报告数据

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5061/dryad.hf93m

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 9.99 GB。

数据说明

背景：随着靶向治疗的出现，检测肿瘤分子异质性已变得至关重要。用于检测的分析应全面、及时，并基于常规可获得的肿瘤样本。目的：评估靶向多基因二代测序（TM-NGS）在表征胃肠道肿瘤分子异质性方面的诊断潜力。方法：采用基于Ion Torrent半导体测序的TM-NGS，对35例胃肠道肿瘤（肠型胃癌、胰腺导管腺癌、胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤、Vater壶腹癌、肝细胞癌、胆管癌、胰腺实性假乳头状肿瘤各5例）的46个癌症相关基因突变进行评估。一株Vater壶腹癌细胞系和一例肝癌肉瘤用于评估检测灵敏度。TP53、PIK3CA、KRAS和BRAF突变通过常规Sanger测序进行验证。结果：TM-NGS在配对的新鲜冷冻和福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织上获得了相互吻合的结果，对新鲜冷冻高分子量DNA的突变检测限为1%，对FFPE部分降解DNA为2%。在所有受检肿瘤中均观察到至少一种体细胞突变；在20/35（57%）的肿瘤中检测到多种改变。7例癌症在不同突变的等位基因频率上显示出显著差异，提示存在瘤内分子异质性；这一现象在选定样本中通过p53和Smad4免疫组织化学得到证实，并与突变分析结果一致。结论：TM-NGS能够从有限量的DNA中检测并定量多种基因改变，使我们在整合形态学、免疫表型及多基因突变分析的下一代组织病理学诊断方面更近一步；这种诊断基于常规处理的组织，对个体化癌症治疗至关重要。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。