基于循环游离DNA表观遗传标志物mSEPT9检测肝硬化中的肝细胞癌

数据集获取

源站：https://clinicaltrials.gov/study/NCT03311152

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数据说明

疾病：肝细胞癌、肝硬化。临床试验依据与设计 表观遗传学改变是人类恶性肿瘤的一个基本标志。尽管个别表观遗传生物标志物已开始进入临床实践，但其转化验证仍然有限。这一局限性在肝细胞癌（HCC）——最常见的原发性肝脏恶性肿瘤——中尤为明显。甲胎蛋白（AFP）长期以来一直被用作HCC的诊断生物标志物；然而，正如美国肝病研究学会和欧洲肝脏研究学会的国际指南所述，AFP在有效筛查或早期检测方面缺乏足够的敏感性和特异性。异常DNA甲基化事件是恶性转化的常见分子特征，可通过基于聚合酶链反应的检测方法在癌症患者循环中检测到。在表观遗传靶点中，SEPT9基因已成为细胞分裂的关键调节因子和一种肿瘤抑制因子，其启动子高甲基化与癌变密切相关。

实验证据表明SEPT9参与肝癌发生的早期阶段，并且在人肝细胞癌中持续观察到SEPT9启动子高甲基化。由于启动子异常甲基化导致SEPT9表达缺失或下调，也在其他几种恶性肿瘤中有报道。基于在法国进行的概念验证研究和在德国进行的独立重复研究，我们此前已证明血浆甲基化SEPT9（mSEPT9）——一种基于循环游离DNA的表观遗传生物标志物——在肝硬化患者肝细胞癌的无创诊断中显示出强大潜力（EBioMedicine 2018:30:138-147）。SEPT9_CROSS研究是一项III期、多中心、横断面诊断准确性研究，旨在验证血浆甲基化SEPT9（mSEPT9）在639例c期患者的大规模队列中诊断肝细胞癌的临床性能。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。