UPenn CAR T细胞应答者与非应答者数据集

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/dbgap/phs001707

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

将自体T细胞经基因修饰表达CD19特异性、4-1BB/CD3zeta信号传导嵌合抗原受体（CAR；CTL019）后进行过继转移，在B细胞急性淋巴细胞白血病患者中已显示出显著活性。类似疗法可为复发/难治性慢性淋巴细胞白血病（CLL）患者诱导长期缓解，但仅见于小部分受试者。CLL中CTL019治疗应答与耐药的決定因素尚未完全明确。我们采用RNA二代测序（RNA-seq）来识别CTL019治疗应答的预测指标。我们对来自经过重度预处理且具高危疾病患者的白细胞分离产物及制备的输注产品T细胞进行了RNA-seq。为表征效力，我们还对CAR特异性刺激后的细胞输注产品进行了RNA-seq。

我们的研究结果表明，慢性淋巴细胞白血病（CLL）的持久缓解与早期记忆T细胞分化的基因表达特征（例如STAT3）相关，而反应不佳或无反应患者的T细胞则表现出晚期记忆及效应T细胞分化、凋亡、有氧糖酵解、缺氧和耗竭等关键调控因子表达升高。这些基因表达特征连同其他免疫学生物标志物，可用于识别最有可能对细胞疗法产生反应的患者，并提出可能促进生成最大效力输注产品的生产改造建议。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。