复现数据：scRNA-seq揭示复发T-ALL患者免疫微环境及JUN介导的NK细胞耗竭

数据集获取

源站：https://search.dataone.org/view/sha256%3Ab968b6b0176430e5d1379b65f3ad6d0954a6ec34ff3d25b43f1d11161c2df801

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

T细胞急性淋巴细胞白血病（T-ALL）是一种以高复发率为特征的异质性疾病。通过单细胞转录组分析，我们表征了T-ALL患者骨髓免疫微环境，鉴定出13个主要细胞簇。这些患者表现出HSCs和GMPs的异常扩增，以及CD4+T、CD8+T和NK细胞的免疫抑制特征。对CD4+T细胞进行细分，揭示了两个在Th1/Th2之间转换的亚群：ANXA1-GATA3-CD4+T和ANXA1+GATA3+CD4+T。此外，NK细胞在复发T-ALL患者的肿瘤微环境中表现出耗竭，JUN被鉴定为关键因子。此外，JUN在T-ALL中也高表达，并且对维持其增殖至关重要。JUN抑制剂对白血病细胞表现出成功的杀伤作用，并在复发T-ALL细胞系以及CDX、PDX和NOTCH1突变小鼠模型中改善了NK细胞耗竭。

总之，我们的发现加深了对……的理解。，# 复制数据来源：scRNA-seq揭示复发T-ALL患者的免疫微环境和JUN介导的NK细胞耗竭 ## 数据及文件结构描述 本数据集包含来自3名正常供者、3名初诊T-ALL患者和3名复发T-ALL患者的单细胞转录组测序数据。还包括T-ALL PDX模型小鼠在第7天、第12天和第21天的单细胞转录组测序技术，以模拟初诊、缓解和复发的疾病状态。最后，该数据集还包括T-ALL NOTCH1基因突变小鼠模型中JNK-IN-8治疗组和对照组的RNA-seq数据。 ## 代码/软件 数据质量控制 为了将原始BCL文件转换为FASTQ格式，采用了10xGenomics Cell Ranger（版本3.1.0）应用程序。随后，该格式被用于比对和计数定量。在比对到参考基因组之前，所有读数都经过了唯一分子标识符的检查……

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。