PRJNA89537：TARGET：肾透明细胞肉瘤（CCSK）
该数据集来自 NCBI，属于 TARGET 计划下儿童肾透明细胞肉瘤（CCSK）研究，共包含 13 例患者病例。每例病例均提供基因表达、甲基化及全面的下一代测序数据，包括肿瘤/正常配对的全基因组测序和 mRNA-seq
基本信息
资源简介
PRJNA89537：TARGET：肾透明细胞肉瘤（CCSK）
该数据集来自 NCBI，属于 TARGET 计划下儿童肾透明细胞肉瘤（CCSK）研究，共包含 13 例患者病例。每例病例均提供基因表达、甲基化及全面的下一代测序数据，包括肿瘤/正常配对的全基因组测序和 mRNA-seq。CCSK 是一种通常发生于 3 岁以下儿童的罕见侵袭性肾肿瘤，其生物学特征尚不清楚。该数据可用于探索 CCSK 的分子特征、基因表达与甲基化模式，并支持儿童肿瘤亚型的预测与分析研究（来源 ncbi.nlm.nih.gov）。
【数据内容】
源站描述（机器翻译，仅供参考）：为了进一步探索 OCG 已在研究的儿童癌症中一些更具侵袭性的亚型，CGCI 正与 TARGET 计划合作，支持对三种难以治疗的儿童癌症进行广泛的测序分析：对治疗耐药的急性髓系白血病病例，以及两种罕见肾肿瘤——肾透明细胞肉瘤（CCSK）和横纹肌样瘤。CCSK 是一种罕见的侵袭性肾肿瘤，通常发生于 3 岁以下儿童，对该疾病的生物学知之甚少。CCSK 数据集包含 13 例患者病例，每例均有基因表达、甲基化和全面的下一代测序，包括肿瘤/正常配对的全基因组测序和 mRNA-seq。请访问 TARGET 网站 dbGaP 研究页面。）
【主题与分类】
主题标签：Phenotype or Genotype。本站分类：肿瘤/白血病。
【获取与许可】
源站页面：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA89537
下载信息
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源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA89537
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- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
为进一步探索OCG已在研究的一些更具侵袭性的儿童癌症亚型，CGCI正与TARGET计划合作，支持对三种难以治疗的儿童癌症进行广泛的测序分析：难治性急性髓系白血病病例，以及两种罕见肾脏肿瘤——肾透明细胞肉瘤（CCSK）和横纹肌样瘤。CCSK是一种罕见的侵袭性肾脏肿瘤，通常发生于3岁以下儿童，人们对该病的生物学特性知之甚少。CCSK数据集中有13例患者病例，每例均包含基因表达、甲基化及全面的下一代测序数据，包括肿瘤/正常配对的全基因组测序和mRNA-seq。请访问TARGET网站，https://www.cancer.gov/ccg/research…（更多内容见dbGaP研究页面。）
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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