PRJNA386992：伴MYC双微体扩增的急性髓系白血病基因组与转录组特征（AML-dmin）
该数据集来自NCBI，聚焦伴MYC双微体（dmin）扩增的急性髓系白血病（AML）病例，采用Illumina下一代测序技术开展全基因组测序（WGS）与转录组测序（RNA-seq），并以Affymetrix CytoScan HD平台SNP array进行基因组谱分析
基本信息
资源简介
PRJNA386992：伴MYC双微体扩增的急性髓系白血病基因组与转录组特征（AML-dmin）
该数据集来自NCBI，聚焦伴MYC双微体（dmin）扩增的急性髓系白血病（AML）病例，采用Illumina下一代测序技术开展全基因组测序（WGS）与转录组测序（RNA-seq），并以Affymetrix CytoScan HD平台SNP array进行基因组谱分析。数据可用于解析8q24扩增子结构的分子异质性及其单核苷酸分辨率内部组织，刻画基因表达特征、融合转录本与突变模式，为研究dmin形成机制及转录影响提供原始序列数据（来源 ncbi.nlm.nih.gov）。
【数据内容】
源站描述（机器翻译，仅供参考）：双微体（dmin）在急性髓系白血病（AML）中罕见，其形成机制及转录影响仍不清楚。在此，我们应用Illumina下一代测序技术，研究一组以dmin形式存在MYC扩增的AML病例中的这些结构。通过全基因组测序（WGS），我们剖析了数据集中8q24扩增子结构的分子异质性，并在单核苷酸分辨率水平重建了其内部组织。同时，通过对相同病例进行转录组测序（RNA-seq），我们分析了与dmin存在相关的基因表达特征、融合转录本和突变模式。相同病例还通过SNP array技术进行基因组谱分析（Affymetrix CytoScan HD平台，原始数据可在Array Express存储库中获取
【主题与分类】
主题标签：Raw sequence reads。本站分类：肿瘤/白血病。
【获取与许可】
源站页面：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA386992
下载信息
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使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA386992
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
双微体（dmin）在急性髓系白血病（AML）中较为罕见，其形成机制及转录层面的影响仍不明确。本研究采用Illumina下一代测序技术，对一组以dmin形式携带MYC扩增的AML病例中的这些结构进行了探究。通过全基因组测序（WGS），我们剖析了数据集中8q24扩增子结构的分子异质性，并在单核苷酸分辨率水平上重建了其内部组织。同时，通过对相同病例进行转录组测序（RNA-seq），我们分析了与dmin存在相关的基因表达特征、融合转录本及突变模式。相同病例还通过SNP芯片技术进行了基因组谱分析（Affymetrix CytoScan HD平台，原始数据存于Array Express数据库，登录号E-MTAB-5372）。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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