一例CLL患者29年间单细胞DNA与RNA测序展示多细胞克隆演化

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA336365

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

慢性淋巴细胞白血病（CLL）是一种常见的B细胞恶性肿瘤，其特征为反复出现的体细胞染色体改变和低水平的点突变。本文对一名CLL患者进行了长达29年的观察和治疗，并对其进行了单核苷酸多态性（SNP）微阵列分析，同时在选定时间点进行了转录组和全基因组测序。我们在早期细胞克隆中鉴定出13q14-、6q-和12q+的染色体改变，治疗后克隆群体消失，随后出现一个含有12三体和染色体10拷贝中性杂合性缺失（LOH）的克隆，该克隆在死亡时成为主要优势群体。连续单细胞RNA测序显示，在需要治疗的急性疾病出现之前，FOS、JUN和KLF4基因的mRNA表达升高。这种基因表达模式在治疗后变得不可检测，但在复发后再次出现。转录组进化表明……（更多内容见dbGaP研究页面。）

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。