PRJNA1510241:venetoclax-decitabine治疗前后急性髓系白血病的单细胞转录组与表观基因组图谱

该数据集来自一项前瞻性临床试验(NCT03404193),对急性髓系白血病患者接受venetoclax-decitabine(VEN-DEC)治疗前后的配对样本进行单细胞转录组与表观基因组分析,涵盖外周血和骨髓单个核细胞的单细胞RNA测序数据,代表多个治疗应答组

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基因组分类Raw sequence reads
PRJNA1510241: Single-cell transcriptomic and epigenomic profiling of acute myeloid leukemia before and after venetoclax-decitabine therapy

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

PRJNA1510241:venetoclax-decitabine治疗前后急性髓系白血病的单细胞转录组与表观基因组图谱

PRJNA1510241 数据集聚焦于急性髓系白血病(AML)在 venetoclax-decitabine(VEN-DEC)治疗前后的单细胞转录组与表观基因组特征。AML 是一种异质性较强的血液系统恶性肿瘤,患者对 VEN-DEC 方案的应答存在明显差异。为探究与治疗应答和耐药相关的分子机制,该数据集收录了来自一项前瞻性临床试验(NCT03404193)的配对 AML 患者样本,在治疗前后分别进行单细胞层面的转录组与表观基因组分析。数据覆盖外周血与骨髓单个核细胞的单细胞 RNA 测序图谱,代表多个治疗应答组,可用于研究白血病细胞异质性、干样细胞群体、治疗相关的转录变化以及治疗耐药机制。

【数据集背景】

急性髓系白血病是一种异质性血液系统恶性肿瘤,患者对 venetoclax-decitabine(VEN-DEC)治疗的应答程度不一,部分患者出现治疗耐药。为在分子层面理解与治疗应答和耐药相关的机制,相关研究在一项前瞻性临床试验(NCT03404193)框架下,采集了 AML 患者在接受 VEN-DEC 治疗前后的配对样本,并开展单细胞转录组与表观基因组分析。该数据集即由此产生,旨在为白血病细胞异质性、干样细胞群体、治疗相关转录变化及耐药机制研究提供数据资源。

【数据内容】

该数据集包含单细胞 RNA 测序图谱,样本来源为外周血和骨髓单个核细胞,覆盖多个治疗应答组。数据同时涉及单细胞转录组与表观基因组两个层面的分析,样本为同一患者 VEN-DEC 治疗前后的配对样本。主题标签为原始序列读段(Raw sequence reads),表明数据以测序原始读段形式提供。关于样本数量、测序平台、读段长度、细胞数等具体参数,源站未提供。

【采集与来源】

数据来源于 ncbi.nlm.nih.gov。样本采集依托一项前瞻性临床试验(NCT03404193),对象为接受 VEN-DEC 治疗的急性髓系白血病患者,采集时点为治疗前后配对设计,组织类型包括外周血与骨髓单个核细胞。关于采集地点、采集时间跨度、伦理审批信息等,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于研究白血病细胞异质性、识别干样细胞群体、分析治疗前后转录组变化,以及探索 VEN-DEC 治疗应答与耐药的分子机制。由于涵盖多个治疗应答组的配对样本,也可用于比较不同应答组之间的单细胞层面差异。关于具体的分析流程或已验证的下游应用,源站未提供。

【使用方法】

数据以原始序列读段形式提供,可通过 NCBI 来源站点获取。关于具体的下载方式、数据处理流程、参考基因组版本及分析工具建议,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集基于前瞻性临床试验的配对样本设计,覆盖多个治疗应答组,具备治疗前后对比的研究价值。关于样本量、测序深度、数据完整性、批次效应等技术质量指标,以及数据使用的具体限制,源站未提供。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式与许可条款,源站未提供。

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数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1510241

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

急性髓系白血病(AML)是一种异质性血液系统恶性肿瘤,对维奈克拉-地西他滨(VEN-DEC)治疗的反应存在差异。为探究与治疗反应和耐药相关的分子机制,我们在一项前瞻性临床试验(NCT03404193)中,从VEN-DEC治疗前后采集的配对AML患者样本中生成了单细胞转录组和表观基因组数据集。该数据集包含来自外周血和骨髓单个核细胞的单细胞RNA测序图谱,涵盖多个治疗反应组。这些数据为研究白血病细胞异质性、类干细胞群体、治疗相关的转录变化以及治疗耐药机制提供了资源。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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