儿童急性淋巴细胞白血病化疗期间纵向粪便宏基因组
该数据集来自 NCBI，包含儿童急性淋巴细胞白血病患者在化疗前六个月内的系列粪便样本，采用鸟枪法宏基因组测序，样本采集于诊断时、诱导治疗结束及诊断后约六个月，用于刻画微生物分类组成与功能潜力的纵向变化
基本信息
资源简介
儿童急性淋巴细胞白血病化疗期间纵向粪便宏基因组
PRJNA1508239 是一个来自 NCBI 的纵向粪便宏基因组数据集，聚焦儿童急性淋巴细胞白血病患者在化疗期间的肠道微生物变化。该数据集对患者在诊断时、诱导治疗结束以及诊断后约六个月三个时间点采集的系列粪便样本进行鸟枪法宏基因组测序，原始序列读段以 Raw sequence reads 形式提供。样本来自一项前瞻性饮食咨询研究，并已做去标识化处理。数据集所属分类为肿瘤 / 白血病，可用于考察化疗前六个月内微生物分类组成与功能潜力的纵向演变，为理解白血病治疗过程中肠道菌群的动态特征提供原始测序数据基础。
【数据集背景】
该数据集关注儿童急性淋巴细胞白血病患者在化疗期间的肠道微生物组。急性淋巴细胞白血病是儿童期常见的恶性肿瘤，化疗是其主要治疗手段之一。患者在化疗前六个月内会经历多个治疗阶段，肠道微生物群可能随之发生改变。该数据集通过纵向采样策略，在诊断时、诱导治疗结束和诊断后约六个月三个关键时间点收集粪便样本，旨在刻画微生物 taxonomic composition 与 functional potential 随时间的动态变化。样本采集嵌入一项前瞻性饮食咨询研究之中，提示样本来源具有研究队列背景，但具体饮食干预内容与设计细节源站未提供。
【数据内容】
数据集的核心内容是鸟枪法宏基因组测序产生的原始序列读段（Raw sequence reads）。测序对象为儿童急性淋巴细胞白血病患者在化疗前六个月内多个时间点采集的系列粪便样本。样本覆盖诊断时、诱导治疗结束以及诊断后约六个月三个时间节点，形成纵向样本系列。数据可用于分析微生物群落的分类组成和功能潜力，但源站未提供样本数量、测序平台、读段长度、数据量等具体技术参数。
【采集与来源】
样本采集自儿童急性淋巴细胞白血病患者，采集时间点包括诊断时、诱导治疗结束和诊断后约六个月。样本类型为粪便，采集过程发生在一项前瞻性饮食咨询研究框架内。所有样本均已去标识化处理。数据来源于 NCBI，站点分类为肿瘤 / 白血病。源站未提供采集地点、参与者数量、纳入排除标准、伦理审批信息及饮食咨询研究的具体方案。
【适用场景】
该数据集适用于研究儿童急性淋巴细胞白血病化疗期间肠道微生物组的纵向变化，包括微生物分类组成的演替和功能潜力的改变。可用于宏基因组分析流程中的物种注释、功能注释、差异分析以及时间序列比较等场景。由于样本来自前瞻性饮食咨询研究，也可能用于探索饮食相关因素与微生物组变化的关联，但源站未提供饮食数据或相关变量信息。该数据集为原始读段，适合具备宏基因组数据处理能力的科研人员使用。
【使用方法】
使用者可从 NCBI 获取原始序列读段，按照鸟枪法宏基因组标准分析流程进行质量控制、去宿主序列、组装或比对、物种分类注释和功能注释。由于样本具有纵向结构，分析时可按照诊断时、诱导治疗结束和诊断后约六个月三个时间点进行分组比较或时间序列建模。使用时应关注样本标识与时间点信息的对应关系。源站未提供具体的分析流程、参考数据库推荐或数据处理脚本。
【质量与限制】
该数据集为原始测序读段，未提供预处理数据或分析结果。源站未提供测序深度、读段质量、样本量、缺失数据情况等质量指标。样本来自单一研究背景（前瞻性饮食咨询研究），源站未提供多中心验证信息。由于数据已去标识化，源站未提供与临床变量（如治疗方案、感染事件、抗生素使用等）的关联信息。使用者在解释微生物组变化时需考虑这些限制。源站未提供具体的质量控制说明和局限性描述。
【引用与许可】
源站未提供引用方式、许可协议或数据使用条款。使用该数据集时应遵循 NCBI 的相关数据使用政策，并建议查阅原始项目页面获取最新引用信息。源站未提供具体的文献引用或致谢要求。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1508239
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
对急性淋巴细胞白血病患儿在化疗前六个月期间连续采集的粪便样本进行了鸟枪法宏基因组测序。样本分别于诊断时、诱导治疗结束时以及诊断后约六个月时获取，以描述微生物分类组成和功能潜力的纵向变化。该数据集包含在一项前瞻性饮食咨询研究中采集的去标识化样本。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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