PRJNA1218278：ABL的碱基编辑器筛选与深度突变扫描
该数据集来自NCBI，主题为ABL基因的碱基编辑器筛选与深度突变扫描，分类属肿瘤/白血病，包含原始序列读段。研究在同一实验室和细胞系中直接比较深度突变扫描与CRISPR碱基编辑对变异功能的注释能力，涉及sgRNA测序数据，可用于评估高通量碱基编辑测量与金标准深度突变扫描数据集的一致性，并探索从大规模
基本信息
资源简介
PRJNA1218278：ABL的碱基编辑器筛选与深度突变扫描
PRJNA1218278 是一个来自 NCBI 的数据集，主题为 ABL 基因的碱基编辑器筛选与深度突变扫描，本站将其归入肿瘤/白血病分类，数据内容为原始序列读段。该数据集围绕哺乳动物功能基因组学中的变异注释问题展开：深度突变扫描（DMS）是注释人类基因变异的成熟方法，而 CRISPR 碱基编辑（BE）正作为替代方案兴起，但高通量碱基编辑测量能否准确注释变异功能、以及需要多少下游实验验证，仍存疑问。该研究在同一实验室和同一细胞系中首次直接比较 DMS 与 BE，并涉及 sgRNA 测序数据，可用于评估高通量碱基编辑测量与“金标准”DMS 数据集的一致性，并探索从大规模 sgRNA 测序中直接注释变异功能的可行性。
【数据集背景】
变异注释是哺乳动物功能基因组学的重要目标。深度突变扫描（DMS）作为注释人类基因变异的成熟方法已被广泛采用，而 CRISPR 碱基编辑（BE）正在成为其替代方案。然而，高通量碱基编辑测量在多大程度上能够注释变异功能，以及需要多少下游实验验证，仍是未解的问题。该数据集对应的研究正是在这一背景下，针对 ABL 基因开展碱基编辑器筛选与深度突变扫描，并在同一实验室和同一细胞系中首次对 DMS 与 BE 进行直接比较。
【数据内容】
该数据集的主题标签为原始序列读段（Raw sequence reads），内容涉及 ABL 基因的碱基编辑器筛选与深度突变扫描，包含 sgRNA 测序数据。研究结果显示，聚焦于最可能发生的编辑以及最高效率的 sgRNA，可以提升“金标准”DMS 数据集与 BE 筛选之间的一致性；仅使用一个简单过滤器筛选在其窗口内产生单次编辑的 sgRNA，就足以直接从大型文库的 sgRNA 测序中注释相当大比例的变异。当多编辑向导不可避免时，源站描述在此处中断，未提供后续内容。
【采集与来源】
该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov，数据集英文名称为 PRJNA1218278: Base Editor Screen and Deep Mutational Scanning of ABL。研究在同一实验室和同一细胞系中完成 DMS 与 BE 的直接比较，数据以原始序列读段的形式提供，涉及 sgRNA 测序。其余采集细节源站未提供。
【适用场景】
该数据集可用于评估高通量碱基编辑测量与“金标准”深度突变扫描数据集之间的一致性，探索从大规模 sgRNA 测序中直接注释变异功能的可行性，并支持对 ABL 基因变异功能注释的研究。其分类归属为肿瘤/白血病，适用于相关领域的功能基因组学与变异注释研究场景。
【使用方法】
源站未提供。
【质量与限制】
源站描述指出，高通量碱基编辑测量能否很好地注释变异功能、以及需要多少下游实验验证，仍存在疑问；研究通过聚焦最可能编辑与最高效率 sgRNA 提升了一致性，并指出多编辑向导不可避免时的情况，但该处描述不完整。其余质量与限制信息源站未提供。
【引用与许可】
源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1218278
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
变异注释是哺乳动物功能基因组学的一个重要目标。深度突变扫描（DMS）是注释人类基因变异的一种成熟方法，而CRISPR碱基编辑（BE）正逐渐成为一种替代方案。然而，高通量碱基编辑测量在多大程度上能够注释变异功能，以及需要多少下游实验验证，这些问题仍然存在。本研究首次在同一实验室和同一细胞系中直接比较了DMS和BE。结果表明，聚焦于最可能的编辑和最高效率的sgRNA，能够增强“金标准”DMS数据集与BE筛选之间的一致性。一个简单的过滤器——筛选在其窗口内产生单次编辑的sgRNA——足以直接从大型文库的sgRNA测序中注释很大一部分变异。当多编辑向导不可避免时，直接测量文库中产生的变异，而非sgRNA丰度，可以在多重文库中恢复高质量的变异注释测量。综上所述，我们的数据显示，碱基编辑器数据与金标准深度突变扫描之间存在令人惊讶的高度相关性。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
数据缺失？
依托陕西、四川两大基地，我们与超过十家三甲医院建立直接合作关系，覆盖合规授权、采集治理、专业标注、数据交付的全流程，为AI医疗团队提供即拿即用的高质量临床数据。
⚡️ 需要数据支持或标注服务？立即联系我们获取专业方案。
