全反式维甲酸降低NB4急性早幼粒细胞白血病细胞系心磷脂水平影响自噬与分化反应

该数据集来自EBI的Expression Atlas实验(Differential),物种为Homo sapiens,研究全反式维甲酸处理NB4急性早幼粒细胞白血病细胞系后心磷脂水平降低及其对自噬和分化反应的影响

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基因组回归Differential
E-MTAB-10267: All-trans retinoic reduces the levels of cardiolipins in the NB4 acute promyelocytic leukemia cell-line affecting the autophagy and differentiation responses

基本信息

模态
基因组
任务类型
回归
创建/更新时间
2026-10-09

资源简介

全反式维甲酸降低NB4急性早幼粒细胞白血病细胞系心磷脂水平影响自噬与分化反应

E-MTAB-10267 是一个来源于 EBI Expression Atlas 的差异表达实验数据集,物种为 Homo sapiens,聚焦于肿瘤领域中的白血病研究方向。该实验围绕全反式维甲酸(All-trans retinoic acid)处理 NB4 急性早幼粒细胞白血病细胞系后所引发的变化展开,核心观察是全反式维甲酸处理后心磷脂(cardiolipins)水平的降低,以及这一变化对自噬和分化反应所产生的影响。数据集以差异表达为实验类型,属于 Expression Atlas 中的 Differential 类实验,可用于了解该处理条件下基因表达层面的差异特征。整体而言,该数据集为研究急性早幼粒细胞白血病细胞在维甲酸诱导下的脂质变化与自噬、分化响应之间的关系提供了转录组层面的实验记录。

【数据集背景】

该数据集所属的研究背景为肿瘤学中的白血病方向,具体涉及急性早幼粒细胞白血病(APL)细胞系 NB4。实验关注的处理因素是全反式维甲酸,这是一种在急性早幼粒细胞白血病研究与治疗中具有重要意义的化合物。研究的核心问题在于:全反式维甲酸处理 NB4 细胞后,心磷脂水平出现降低,而这一脂质水平的变化又与自噬和分化反应相关联。因此,该实验试图从表达层面刻画这一处理过程所带来的差异,帮助理解维甲酸作用下细胞自噬与分化响应的分子背景。数据集来源于 EBI 的 Expression Atlas,属于差异表达实验类型。

【数据内容】

该数据集为 Expression Atlas 中的差异表达实验(Differential),物种为 Homo sapiens。其内容围绕全反式维甲酸处理 NB4 急性早幼粒细胞白血病细胞系后的表达差异展开,研究主题涉及心磷脂水平降低及其对自噬和分化反应的影响。数据集的主题标签为 Differential,表明其核心数据形式为处理组与对照条件之间的差异表达结果。关于具体的样本数量、基因数量、表达矩阵细节、统计阈值等,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ebi.ac.uk,属于 EBI Expression Atlas 中的实验记录,实验编号为 E-MTAB-10267。源站描述指出,该实验为 Expression Atlas experiment (Differential),物种为 Homo sapiens,研究内容为全反式维甲酸降低 NB4 急性早幼粒细胞白血病细胞系中心磷脂水平并影响自噬和分化反应。关于具体的实验平台、测序或芯片类型、样本制备流程、处理浓度与时间等采集细节,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于肿瘤尤其是白血病相关的研究场景,特别是围绕急性早幼粒细胞白血病细胞系 NB4 的分子机制探索。由于实验聚焦于全反式维甲酸处理后的差异表达,并关联心磷脂水平、自噬与分化反应,因此可用于分析与该处理相关的表达变化,或作为研究维甲酸诱导分化与自噬调控之间关系的参考数据。其 Differential 属性也使其适合用于差异表达结果的查询与比较。关于更具体的适用分析类型或下游应用,源站未提供。

【使用方法】

该数据集可通过 EBI Expression Atlas 获取,实验编号为 E-MTAB-10267。使用者可依据 Expression Atlas 中 Differential 实验的常规访问方式查询该实验的表达差异信息。关于具体的数据下载格式、分析工具、参数设置及操作步骤,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来源于 EBI Expression Atlas,属于经过整理的差异表达实验记录,物种与实验主题明确。其研究结论指向全反式维甲酸处理 NB4 细胞后心磷脂水平降低,并影响自噬和分化反应。但关于样本规模、重复数、统计显著性、批次效应、平台偏倚等质量相关信息,源站未提供。因此,在使用时需注意这些限制,源站未提供进一步的质量评估细节。

【引用与许可】

该数据集的来源站为 ebi.ac.uk,实验编号为 E-MTAB-10267。关于具体的引用文献、作者信息、许可条款及使用限制,源站未提供。

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数据集获取

源站:https://ebi.ac.uk/gxa/experiments/E-MTAB-10267

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
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    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

表达图谱实验(差异表达)。物种:智人。全反式维甲酸降低NB4急性早幼粒细胞白血病细胞系中心磷脂的水平,影响自噬和分化反应。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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