CNAplot:白血病与淋巴瘤等位失衡及读深比分析软件与数据
该数据集围绕白血病和淋巴瘤临床场景中拷贝中性染色体缺失的检测,涉及等位失衡与读深比比较方法,主题涵盖计算机与信息科学、工程、医学健康与生命科学,可用于相关基因组变异检测方法的复现与应用(

基本信息
资源简介
CNAplot:白血病与淋巴瘤等位失衡及读深比分析软件与数据
CNAplot 是一个面向肿瘤与白血病研究方向的公开数据集,来源于 search.dataone.org。该数据集汇集了 Hansen MC 论文《Integrating the detection of copy neutral chromosomal losses in a clinical setting in leukemia and lymphoma by means of allelic imbalance and read depth ratio comparison》中所使用的软件与数据,围绕白血病和淋巴瘤临床场景中拷贝中性染色体缺失的检测问题,涉及等位失衡与读深比比较的方法思路。其主题标签覆盖计算机与信息科学、工程以及医学、健康与生命科学,体现出该方法在计算方法、工程实现与临床医学应用之间的交叉属性。该数据集可用于相关基因组变异检测方法的复现与应用,为关注拷贝中性染色体缺失检测的研究者提供可参考的软件与数据基础。
【数据集背景】
该数据集对应的工作聚焦于白血病和淋巴瘤临床环境下的拷贝中性染色体缺失检测。拷贝中性染色体缺失是一类不伴随拷贝数整体改变、但涉及等位失衡的染色体异常,其识别在临床分析中具有方法学上的挑战性。相关论文提出以等位失衡与读深比比较相结合的方式进行检测,并强调将这一检测能力整合进临床场景。CNAplot 即为该论文所配套的软件与数据集合,服务于上述方法的研究、验证与复现。
【数据内容】
该数据集包含论文中使用的软件与数据两部分内容。软件部分对应论文所提出或使用的分析实现,数据部分则为支撑该论文分析过程的数据集合。数据集的主题标签涵盖计算机与信息科学、工程、医学、健康与生命科学,说明其内容同时涉及算法与软件层面的信息学要素以及医学健康领域的应用背景。关于数据的具体文件构成、样本数量、数据规模与格式细节,源站未提供。
【采集与来源】
该数据集来源于 search.dataone.org,并在本站归入肿瘤 / 白血病分类。其源站描述明确指出,该数据集为 Hansen MC 论文中使用的软件与数据,论文主题为在白血病和淋巴瘤临床场景中通过等位失衡与读深比比较整合拷贝中性染色体缺失的检测。关于样本采集地点、采集时间、纳入排除标准以及原始数据获取流程等更细的信息,源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于白血病和淋巴瘤相关的基因组变异检测研究,尤其是围绕拷贝中性染色体缺失检测的方法复现与应用。由于内容同时涉及软件与数据,其适用对象包括希望重现论文分析流程的研究人员,以及关注等位失衡分析与读深比比较方法在临床检测场景中落地的技术与医学人员。其跨计算机与信息科学、工程、医学健康与生命科学的主题属性,也使其可用于方法学比较与教学演示等用途。关于具体的临床诊断性能或验证结论,源站未提供。
【使用方法】
该数据集以论文配套软件与数据的形式提供,使用时应结合论文所述方法理解其分析流程,即基于等位失衡与读深比比较开展拷贝中性染色体缺失检测。关于软件的安装部署方式、运行环境要求、输入输出格式、参数设置以及数据的具体读取与处理步骤,源站未提供。
【质量与限制】
该数据集为单篇论文配套的软件与数据集合,其内容范围与论文研究目标直接相关。关于数据质量评估指标、误差水平、数据完整性检验结果以及方法在更广泛样本或不同临床条件下的适用性边界,源站未提供。使用者在复现与应用时需注意其来源为特定研究工作的配套材料这一属性。
【引用与许可】
该数据集对应 Hansen MC 的论文《Integrating the detection of copy neutral chromosomal losses in a clinical setting in leukemia and lymphoma by means of allelic imbalance and read depth ratio comparison》,使用时应引用该论文。关于数据的具体许可协议、使用条款与再分发条件,源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务(收技术服务费,非数据销售)
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
Hansen MC所著论文《通过等位基因失衡与读取深度比值比较,在白血病和淋巴瘤临床环境中整合拷贝中性染色体缺失检测》中使用的软件和数据。
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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