Lin-白血病BCR-ABL与BCR-ABL/MSI2-HOXA9细胞移植后Bulk RNA测序分析

数据集获取

源站：https://search.dataone.org/view/sha256%3A6a38d511461c0f1376ceb0fb5ece42a3b30eb7a8ea324c47b71cfd364a184ef5

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

为了理解MSI2-HOXA9易位如何触发急变期CML（bcCML），我们比较了BCR-ABL和BCR-ABL/MSI2-HOXA9驱动疾病的基因表达模式。对单独由BCR-ABL或BCR-ABL与MSI2-HOXA9组合建立的白血病中的谱系阴性细胞进行了RNA-seq分析。使用非冗余功能分组对所有差异表达基因（q值<0.05）进行网络映射，揭示了代谢过程与致癌途径和发育程序的富集。由MSI2/HOXA9主导上调的程序是那些参与发育的程序，包括Aldh1a1、Erbb3和Kit，这与BCR-ABL/MSI2-HOXA9驱动更未分化的疾病一致，已知的致癌基因，包括Frat1、Map7和Fzd3，以及线粒体组分包括mt-Co2、mt-Atp8和mt-Nd5。在&nb…中最富集的基因中，从移植了BCR-ABL/对照或BCR-ABL/MSI2-HOXA9转导的KLS细胞的小鼠中分选了Lin-白血病细胞。使用RNAeasy Micro Plus试剂盒（QIAGEN）分离总RNA。使用Illumina的TruSeq Stranded mRNA Sample PrepKit（Illumina）从150ng RNA生成RNA文库。

文库合并后，使用High output V2试剂盒（Illumina）在Illumina NextSeq 500平台上进行单端测序（1x75）。所得fastq文件使用Kallisto进行转录本水平的伪比对汇总。转录本水平的汇总结果使用Sleuth处理为基因水平的汇总，并使用Wald检验进行差异表达分析。# Lin-白血病BCR-ABL和BCR-ABL/MSI2-HOXA9细胞（移植后）的批量RNA测序分析 数据集DOI：10.5061/dryad.sbcc2frm6 ## 数据和文件结构描述 为了解MSI2-HOXA9易位如何触发bcCML，我们比较了BCR-ABL和BCR-ABL/MSI2-HOXA9驱动的白血病中的基因表达模式。为此，对以下样本进行了RNA-seq分析：

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。