肾细胞癌细胞周期相关蛋白的组织病理学与低重免疫荧光数据集——苏格兰队列

该条目描述了来自爱丁堡(NHS Lothian)的透明细胞肾细胞癌(ccRCC)患者回顾性队列。共纳入120例未经治疗患者的存档肾切除标本

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医学影像图像分割肾癌ccRCC组织病理学多重免疫荧光全切片图像单细胞表型细胞周期蛋白
Histopathology and Lo-multiplex immunofluorescence dataset of cell‐cycle related proteins in renal cell carcinoma – Scottish cohort

基本信息

模态
医学影像
任务类型
图像分割
创建/更新时间
2026-10-09

资源简介

肾细胞癌细胞周期相关蛋白的组织病理学与低重免疫荧光数据集——苏格兰队列

该数据集收录了来自英国爱丁堡(NHS Lothian)的透明细胞肾细胞癌(ccRCC)患者回顾性队列,共纳入120例未经治疗的存档肾切除标本。所有120例均提供苏木精-伊红(H&E)染色的数字全切片图像,其中88例另有多重免疫荧光(mIF)染色图像。mIF panel包含p21^CDKN1A、MCM2与Lamin B1,并以Hoechst作为细胞核复染。全部切片使用Zeiss Axio Scan.Z1在20×放大倍率下扫描,生成CZI格式的高分辨率明场与荧光图像。数据集还包含由图像分析导出的单细胞表型表以及一份去标识化临床数据文件,图像分析借助HALO®软件与AI辅助的细胞核分割完成。该数据集面向肾癌病理与细胞周期相关蛋白研究,提供配对的组织形态与低重免疫荧光信息。

【数据集背景】

肾细胞癌是常见的泌尿系统恶性肿瘤,其中透明细胞肾细胞癌(ccRCC)为最主要的亚型。细胞周期调控异常与肿瘤发生发展密切相关,p21^CDKN1A、MCM2等蛋白是细胞周期相关研究中的常见标志物。该数据集来自爱丁堡(NHS Lothian)的回顾性队列,聚焦于未经治疗患者的肾切除标本,旨在为ccRCC的细胞周期相关蛋白表达与组织形态研究提供数字病理资源。源站未提供该数据集的具体研究背景、立项动机或相关论文信息。

【数据内容】

数据集包含三类主要数据。第一,数字全切片图像:全部120例均有H&E染色图像,88例有mIF染色图像;mIF panel由p21^CDKN1A、MCM2和Lamin B1组成,并使用Hoechst进行细胞核复染。第二,由图像分析导出的单细胞表型表,记录每个细胞的荧光强度等信息。第三,一份去标识化临床数据文件。所有切片均以20×放大倍率扫描,生成高分辨率明场与荧光图像,格式为CZI。源站未提供单细胞表型表的具体字段、临床数据文件的具体变量,以及各类文件的数量与体积。

【采集与来源】

标本为来自爱丁堡(NHS Lothian)的120例未经治疗患者的存档肾切除标本,属于透明细胞肾细胞癌(ccRCC)回顾性队列。全部切片使用Zeiss Axio Scan.Z1扫描仪在20×放大倍率下扫描,生成CZI格式的高分辨率明场与荧光图像。图像分析使用HALO®软件,并采用AI辅助的细胞核分割。源站未提供标本采集的具体时间范围、患者纳入与排除标准、伦理审批信息及扫描参数细节。

【适用场景】

该数据集适用于肾细胞癌特别是透明细胞肾细胞癌的数字病理研究,可用于细胞周期相关蛋白(如p21^CDKN1A、MCM2、Lamin B1)在组织中的表达与定位分析,也可用于H&E形态与mIF多通道荧光图像的配对观察。单细胞表型表可用于细胞水平的定量分析,去标识化临床数据文件可用于结合临床信息的探索性研究。源站未提供该数据集在具体研究任务中的验证结果或推荐应用场景。

【使用方法】

使用者可借助支持CZI格式的图像查看与分析软件打开全切片图像,对H&E与mIF图像进行观察与比对。单细胞表型表可用于统计分析每个细胞的荧光强度等指标。图像分析流程参考HALO®软件与AI辅助细胞核分割。源站未提供具体的数据下载方式、文件目录结构、软件版本要求或分析代码。

【质量与限制】

该数据集为回顾性队列,样本来自单一中心(爱丁堡,NHS Lothian),共120例,其中mIF图像仅覆盖88例。所有切片以20×扫描,图像为CZI格式。源站未提供图像质量评估、染色批次效应、扫描伪影、临床数据完整性或缺失情况等信息,也未说明该数据集在人群代表性或泛化能力方面的限制。

【引用与许可】

源站未提供该数据集的引用格式、许可协议或使用条款。

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源站:https://ebi.ac.uk/biostudies/studies/S-BIAD2454

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    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

S-BIAD2454 肾细胞癌中细胞周期相关蛋白的组织病理学与低多重免疫荧光数据集——苏格兰队列 2025-11-27 本条目描述了一个来自爱丁堡(NHS Lothian)的透明细胞肾细胞癌(ccRCC)患者回顾性队列。共120例

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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