乳腺癌免疫组化(BCI)数据集1

该数据集包含4872对结构级对齐的H&E与IHC染色病理图像对,属于医学图像模态,主要用于研究从H&E到IHC染色图像的深度学习转换算法,以生成高质量的免疫组化图像,辅助乳腺癌的病理诊断与治疗规划。

北京朝阳医院,首都医科大学北京朝阳医院,首都医科大学
arXiv
2023-09-22 更新
浏览 36
breast cancerHER2immunohistochemicalIHCHEimage generationpathologypix2pix
Breast Cancer Immunohistochemical (BCI) Dataset 1

基本信息

创建/更新时间
2023-09-22

资源简介

乳腺癌免疫组化(BCI)数据集1

【一句话概览】

乳腺癌HER2表达评估对精准治疗至关重要,但常规免疫组化检测费用高昂。为此,研究者首次提出乳腺癌免疫组化基准BCI,尝试直接由配对的HE染色图像合成IHC数据。该数据集包含4870对配准图像,覆盖多种HER2表达水平。基于BCI,研究者进一步构建金字塔pix2pix图像生成方法,其HE到IHC转换效果优于现有流行算法。实验表明,BCI为图像转换研究带来新挑战,也为基于合成IHC图像的HER2表达评估病理研究开辟了道路(来源 bupt-ai-cz.github.io)。

【数据集背景】

本数据集源站标题为《BCI: Breast Cancer Immunohistochemical Image Generation through Pyramid Pix2pix》。

【数据内容】

源站原始描述:The evaluation of human epidermal growth factor receptor 2 (HER2) expression is essential to formulate a precise treatment for breast cancer. The routine evaluation of HER2 is conducted with immunohistochemical techniques (IHC), which is very expensive. Therefore, for the first time, we propose a breast cancer immunohistochemical (BCI) benchmark attempting to synthesize IHC data directly with the paired hematoxylin and eosin (HE) stained images. The dataset contains 4870 registered image pairs,…

中文译文(机器翻译,仅供快速理解,请以原文为准):人表皮生长因子受体2(HER2)表达评估对于制定乳腺癌精准治疗方案至关重要。HER2的常规评估采用免疫组织化学技术(IHC),费用高昂。因此,我们首次提出乳腺癌免疫组化(BCI)基准,旨在直接利用配对的苏木精-伊红(HE)染色图像合成IHC数据。该数据集包含4870对配准图像,涵盖多种HER2表达水平。基于BCI,作为次要贡献,我们进一步构建了金字塔pix2pix图像生成方法,其HE到IHC的转换效果优于当前其他流行算法。大量实验表明,BCI对现有图像转换研究提出了新挑战。此外,BCI还为未来基于合成IHC图像的HER2表达评估病理学研究打开了大门。BCI数据集可从https://bupt-ai-cz.github.io/BCI下载。

【主题与分类】

主题标签:breast cancer、HER2、immunohistochemical、IHC、HE、image generation、pathology、pix2pix。

【获取与许可】

源站页面:https://bupt-ai-cz.github.io/BCI

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下载信息

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使用方式

数据集获取

源站:https://bupt-ai-cz.github.io/BCI

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

BCI数据集是由北京朝阳医院和首都医科大学合作创建的乳腺癌免疫组化图像数据集,专注于从H&E染色图像生成IHC染色图像。该数据集包含4872对已结构级对齐的H&E和IHC染色图像对,通过切片准备、扫描、投影变换、elastix注册、图像精化和补丁选择等步骤构建。该数据集的主要应用方向是支持基于深度学习的图像转换算法研究,用于从H&E图像生成高质量的IHC染色图像,以辅助乳腺癌的诊断分析和治疗计划制定。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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